+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5nyw | |||||||||
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Title | Anbu (ancestral beta-subunit) from Yersinia bercovieri | |||||||||
Components | Proteasome subunit | |||||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / ANBU / ANCESTRAL / PROTEASOME / BETA-SUBUNIT / 20S / HSLV / NTN-HYDROLASE | |||||||||
Function / homology | AZIDE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / UNKNOWN / : Function and homology information | |||||||||
Biological species | Yersinia bercovieri (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.501 Å | |||||||||
Authors | Piasecka, A. / Czapinska, H. / Vielberg, M. / Szczepanowski, R.H. / Reed, S. / Groll, M. / Bochtler, M. | |||||||||
Funding support | Poland, United Kingdom, 2items
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Citation | Journal: J. Mol. Biol. / Year: 2018 Title: The Y. bercovieri Anbu crystal structure sheds light on the evolution of highly (pseudo)symmetric multimers. Authors: Piasecka, A. / Czapinska, H. / Vielberg, M.T. / Szczepanowski, R.H. / Kiefersauer, R. / Reed, S. / Groll, M. / Bochtler, M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5nyw.cif.gz | 2.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5nyw.ent.gz | 2.1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5nyw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/5nyw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/5nyw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5nygS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 28 molecules ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ12
#1: Protein | Mass: 28101.844 Da / Num. of mol.: 28 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Yersinia bercovieri (bacteria) / Gene: ERS008506_03702 / Plasmid: PET20B / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A0T9RXH3 |
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-Non-polymers , 7 types, 1837 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | ChemComp-UNK / #6: Chemical | ChemComp-AZI / | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.36 Å3/Da / Density % sol: 63.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.9 Details: 0.1M BIS-TRIS PROPANE/HCL (pH 6.9); 18% w/v PEG 3350; 7.5% v/v ETHYLENE GLYCOL; 0.2M NA2SO4 PH range: 6.7 - 6.9 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 0.97935 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 22, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97935 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 325849 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 5.78 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 14.63 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.57 Å / Redundancy: 5.69 % / Rmerge(I) obs: 1.078 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Rsym value: 0.98 / % possible all: 95.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5NYG Resolution: 2.501→49.185 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 25.42 Details: NCS restraints have been used. TLS refinement has been performed. The assignment of ions and PEG molecules is tentative only and their coordination is perturbed due to the limited resolution ...Details: NCS restraints have been used. TLS refinement has been performed. The assignment of ions and PEG molecules is tentative only and their coordination is perturbed due to the limited resolution (we have not restrained the protein-ion distances beyond the standard routines of the PHENIX software).
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.501→49.185 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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