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- PDB-5nw9: Crystal structure of the complex of Tdp1 with duplex DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nw9
タイトルCrystal structure of the complex of Tdp1 with duplex DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*A)-3')
  • Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) / DNA repair (DNA修復) / Nucleosidase / phosphotyrosine diesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA修復 ...3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA修復 / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tyrosyl-DNA phosphodiesterase I / Tyrosyl-DNA phosphodiesterase / Endonuclease Chain A / Endonuclease; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
Model detailsTdp1 with product of nucleoside cleavage
データ登録者Richardson, J.M. / Ruksenaite, E. / Morris, E.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBJ000884 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural basis for DNA 3'-end processing by human tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1.
著者: Flett, F.J. / Ruksenaite, E. / Armstrong, L.A. / Bharati, S. / Carloni, R. / Morris, E.R. / Mackay, C.L. / Interthal, H. / Richardson, J.M.
履歴
登録2017年5月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年6月27日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] ..._pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2]
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
C: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,2183
ポリマ－112,2183
非ポリマー00
水1,02757
1
A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
C: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*A)-3')

A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
C: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,9744
ポリマ－114,9744
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_6135x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area18770 Å2
手法PISA
2
B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7311
ポリマ－54,7311
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area17920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.010, 195.310, 50.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 / Tyr-DNA phosphodiesterase 1


分子量: 54731.195 Da / 分子数: 2 / 断片: delta 1-148 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDP1 / プラスミド: pHN1894s D1-148 / 詳細 (発現宿主): pet15C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9NUW8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*A)-3')


分子量: 2755.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: IDT DNA synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.51 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Ammonium sulphate, 0.1M HEPES, 25% w/v PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→52.05 Å / Num. obs: 69045 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 9.6 % / Net I/σ(I): 15.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0107精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 1JY1

1jy1


解像度: 2.04→52.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 17.861 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.186 / 詳細: molecular replacement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2709 3336 4.8 %RANDOM
Rwork0.2319 ---
obs0.2338 65640 99.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 144.24 Å2 / Biso mean: 56.481 Å2 / Biso min: 29.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.37 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.12 Å2-0 Å2
3----1.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.04→52.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6894 169 0 57 7120
Biso mean---62.72 -
残基数----871
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0197306
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026752
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2611.9239965
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.722315616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3765856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.79723.667300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.438151166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0041524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0218009
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021716
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.093 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.492 234 -
Rwork0.46 4664 -
all-4898 -
obs--97.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1308-0.07960.22620.7473-0.22330.4144-0.0222-0.00980.01640.0205-0.0001-0.0404-0.0064-0.04820.02230.1371-0.02040.0430.2743-0.05850.310526.9662793.0337.3376
21.5550.089-1.24530.34250.07121.3107-0.37480.61710.08730.35180.161-0.12390.5177-0.32660.21380.51430.0554-0.05190.41450.07630.608948.4883779.0386-1.4639
30.19950.3957-0.22131.4119-0.40020.35320.01560.1137-0.02820.30710.062-0.1851-0.0391-0.0887-0.07760.24320.0178-0.07820.1905-0.05680.328835.0449839.45441.2149
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A161 - 608
2X-RAY DIFFRACTION2C-8 - 0
3X-RAY DIFFRACTION3B161 - 608

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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