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- PDB-5nva: Substrate-bound outward-open state of a Na+-coupled sialic acid s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nva
タイトルSubstrate-bound outward-open state of a Na+-coupled sialic acid symporter reveals a novel Na+-site
要素Putative sodium:solute symporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / membrane transporter (膜輸送体) / sialic acid (シアル酸) / Outward-open / sodium-coupled
機能・相同性Sodium/solute symporter / Sodium/glucose symporter superfamily / Sodium:solute symporter family / Sodium:solute symporter family profile. / symporter activity / sodium ion transport / 生体膜 / N-acetyl-beta-neuraminic acid / Putative sodium:solute symporter
機能・相同性情報
生物種Proteus mirabilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Wahlgren, W.Y. / North, R.A. / Dunevall, E. / Goyal, P. / Grabe, M. / Dobson, R. / Abramson, J. / Ramaswamy, S. / Friemann, R.
資金援助 スウェーデン, イタリア, 米国, インド, ニュージーランド, 英国, 9件
組織認可番号国
Swedish Research Council2011-5790 スウェーデン
Swedish Research Council2010-1759 スウェーデン
Swedish Research Council221-2013-730 スウェーデン
The Swedish Governmental Agency for Innovation Systems (VINNOVA)2013-04655 スウェーデン
Italian Ministry of Instruction University and ResearchPON01_00937 イタリア
National Institutes of HealthR01GM078844 and R01GM089740 米国
Indo-Swedish grant by the Department of BiotechnologyBT/IN/Sweden/41/SR/2013 インド
Royal Society of New ZealandUOC1506 ニュージーランド
Wellcome TrustWT/099165/Z/12/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Substrate-bound outward-open structure of a Na+-coupled sialic acid symporter reveals a new Na+site.
著者: Wahlgren, W.Y. / Dunevall, E. / North, R.A. / Paz, A. / Scalise, M. / Bisignano, P. / Bengtsson-Palme, J. / Goyal, P. / Claesson, E. / Caing-Carlsson, R. / Andersson, R. / Beis, K. / Nilsson, ...著者: Wahlgren, W.Y. / Dunevall, E. / North, R.A. / Paz, A. / Scalise, M. / Bisignano, P. / Bengtsson-Palme, J. / Goyal, P. / Claesson, E. / Caing-Carlsson, R. / Andersson, R. / Beis, K. / Nilsson, U.J. / Farewell, A. / Pochini, L. / Indiveri, C. / Grabe, M. / Dobson, R.C.J. / Abramson, J. / Ramaswamy, S. / Friemann, R.
履歴
登録2017年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp / reflns_shell / Item: _chem_comp.type
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative sodium:solute symporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6324
ポリマ－54,2761
非ポリマー3553
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area590 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area18320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.788, 97.764, 151.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Putative sodium:solute symporter


分子量: 54276.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Proteus mirabilis (strain HI4320) (バクテリア)
遺伝子: PMI2976 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EZY7
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 糖 ChemComp-SLB / N-acetyl-beta-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / O-sialic acid / 5-N-ACETYL-BETA-D-NEURAMINIC ACID / BETA-SIALIC ACID / N-アセチル-β-ノイラミン酸 / N-アセチルノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.09 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M sodium citrate pH5, 0.2-0.25M potassium chloride, 30-40% (w/v) pentaerythritol propoxylate (5/4/PO/OH)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→82.18 Å / Num. obs: 33923 / % possible obs: 96.64 % / 冗長度: 4.9 % / Net I/σ(I): 8.39

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.26→82.176 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.09
詳細: A NA IS MODELLED AT THE NA3 BINDING SITE BOND DISTANCES ARE BETWEEN 2.1 TO 2.5A WHICH IS CONSISTENT WITH NA, AS WELL AS THE COORDINATION NUMBER 5.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2608 3602 5.88 %
Rwork0.2243 --
obs0.2264 61303 93.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→82.176 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3639 0 23 164 3826
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023761
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5065122
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.8732941
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038613
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004619
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.26-2.28980.34021430.33522068X-RAY DIFFRACTION86
2.2898-2.32120.35761390.31542187X-RAY DIFFRACTION91
2.3212-2.35430.32011400.30232178X-RAY DIFFRACTION94
2.3543-2.38950.30061380.29842219X-RAY DIFFRACTION93
2.3895-2.42680.34171400.28182290X-RAY DIFFRACTION95
2.4268-2.46660.32361400.27812205X-RAY DIFFRACTION94
2.4666-2.50910.37691420.29072236X-RAY DIFFRACTION94
2.5091-2.55480.31191370.28332282X-RAY DIFFRACTION95
2.5548-2.60390.32761380.27482249X-RAY DIFFRACTION95
2.6039-2.6570.31351390.25672235X-RAY DIFFRACTION94
2.657-2.71480.22631390.24832249X-RAY DIFFRACTION94
2.7148-2.7780.30681400.24152210X-RAY DIFFRACTION94
2.778-2.84750.32641340.23152259X-RAY DIFFRACTION95
2.8475-2.92440.28641400.22692253X-RAY DIFFRACTION94
2.9244-3.01050.30791400.21592229X-RAY DIFFRACTION94
3.0105-3.10770.28821400.21672231X-RAY DIFFRACTION94
3.1077-3.21880.21561420.21422258X-RAY DIFFRACTION94
3.2188-3.34760.25021310.20412207X-RAY DIFFRACTION94
3.3476-3.50.2331420.19552237X-RAY DIFFRACTION93
3.5-3.68450.23981350.19522216X-RAY DIFFRACTION94
3.6845-3.91540.27181360.20612217X-RAY DIFFRACTION93
3.9154-4.21770.25251330.19872225X-RAY DIFFRACTION93
4.2177-4.64210.20821420.18682207X-RAY DIFFRACTION93
4.6421-5.31370.21561360.20432214X-RAY DIFFRACTION92
5.3137-6.69420.26211350.2352154X-RAY DIFFRACTION91
6.6942-82.22990.18691410.18762186X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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