+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5nr4 | ||||||
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Title | Crystal structure of Clasp2 TOG1 domain | ||||||
Components | CLIP-associating protein 2 | ||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / Microtubules / TOG domain / Tubulin | ||||||
Function / homology | Function and homology information cortical microtubule plus-end / positive regulation of basement membrane assembly involved in embryonic body morphogenesis / negative regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / regulation of gastrulation / vesicle targeting / microtubule anchoring / basal cortex / positive regulation of extracellular matrix disassembly / microtubule organizing center organization / kinetochore microtubule ...cortical microtubule plus-end / positive regulation of basement membrane assembly involved in embryonic body morphogenesis / negative regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / regulation of gastrulation / vesicle targeting / microtubule anchoring / basal cortex / positive regulation of extracellular matrix disassembly / microtubule organizing center organization / kinetochore microtubule / establishment of mitotic spindle localization / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / regulation of epithelial to mesenchymal transition / dystroglycan binding / negative regulation of focal adhesion assembly / microtubule nucleation / negative regulation of microtubule depolymerization / exit from mitosis / microtubule plus-end binding / regulation of microtubule-based process / negative regulation of stress fiber assembly / microtubule organizing center / regulation of axon extension / establishment or maintenance of cell polarity / positive regulation of epithelial cell migration / regulation of microtubule polymerization / cytoplasmic microtubule / Golgi organization / cell leading edge / positive regulation of exocytosis / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / mitotic spindle assembly / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / axonal growth cone / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / protein tyrosine kinase binding / mitotic spindle organization / protein localization to plasma membrane / RHO GTPases Activate Formins / regulation of actin cytoskeleton organization / trans-Golgi network / spindle microtubule / kinetochore / ruffle membrane / microtubule cytoskeleton organization / Separation of Sister Chromatids / actin filament binding / cell cortex / microtubule binding / microtubule / cell division / centrosome / Golgi apparatus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.198 Å | ||||||
Authors | Sharma, A. / Olieric, N. / Weinert, T. / Olieric, V. / Steinmetz, M.O. | ||||||
Citation | Journal: Dev. Cell / Year: 2018 Title: CLASP Suppresses Microtubule Catastrophes through a Single TOG Domain. Authors: Aher, A. / Kok, M. / Sharma, A. / Rai, A. / Olieric, N. / Rodriguez-Garcia, R. / Katrukha, E.A. / Weinert, T. / Olieric, V. / Kapitein, L.C. / Steinmetz, M.O. / Dogterom, M. / Akhmanova, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5nr4.cif.gz | 194.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5nr4.ent.gz | 155.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5nr4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/5nr4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/5nr4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25754.064 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CLASP2, KIAA0627 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O75122 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.02 Å3/Da / Density % sol: 39.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 30mM Sodium fluoride; 30mM Sodium bromide; 30mM Sodium iodide; 100mM Tris(Base)/Bicine pH 8.5; 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG1000; 12.5% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 26, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.19→38.5 Å / Num. obs: 128081 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 6.2 % / Net I/σ(I): 13.42 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.198→38.491 Å / SU ML: 0.13 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 22.21
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.198→38.491 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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