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- PDB-5nqh: Structure of the human Fe65-PTB2 homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nqh
タイトルStructure of the human Fe65-PTB2 homodimer
要素Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Alzheimers disease / phosphotyrosine-binding (PTB) domain / homodimerization
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / proline-rich region binding / low-density lipoprotein particle receptor binding / smooth muscle contraction / 軸索誘導 / positive regulation of protein secretion / positive regulation of neuron projection development / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / lamellipodium / chromatin organization ...negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / proline-rich region binding / low-density lipoprotein particle receptor binding / smooth muscle contraction / 軸索誘導 / positive regulation of protein secretion / positive regulation of neuron projection development / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / lamellipodium / chromatin organization / amyloid-beta binding / histone binding / 成長円錐 / transcription coactivator activity / molecular adaptor activity / nuclear speck / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / シナプス / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 小胞体 / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Amyloid beta precursor protein binding family B member 1/2/3 / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / WWドメイン / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues ...Amyloid beta precursor protein binding family B member 1/2/3 / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / WWドメイン / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / WWドメイン / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid beta precursor protein binding family B member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Feilen, L.P. / Haubrich, K. / Sinning, I. / Konietzko, U. / Kins, S. / Simon, B. / Wild, K.
引用ジャーナル: Front Mol Neurosci / : 2017
タイトル: Fe65-PTB2 Dimerization Mimics Fe65-APP Interaction.
著者: Feilen, L.P. / Haubrich, K. / Strecker, P. / Probst, S. / Eggert, S. / Stier, G. / Sinning, I. / Konietzko, U. / Kins, S. / Simon, B. / Wild, K.
履歴
登録2017年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1
B: Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1
C: Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1
D: Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,87615
ポリマ-61,8394
非ポリマー1,03711
1,40578
1
A: Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1
C: Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5809
ポリマ-30,9192
非ポリマー6617
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area13500 Å2
手法PISA
2
B: Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1
D: Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2966
ポリマ-30,9192
非ポリマー3764
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area13840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.578, 104.279, 60.578
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.040, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 1 / Protein Fe65


分子量: 15459.690 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APBB1, FE65, RIR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00213
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.08 M sodium acetate, 1.6 M ammonium sulfate, 20 % (v/v) glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49.44 Å / Num. obs: 19955 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 39.04 Å2 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3dxc
解像度: 2.6→49.44 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2405 1016 5.1 %
Rwork0.1927 --
obs0.1952 19931 99.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 153.03 Å2 / Biso mean: 50.7225 Å2 / Biso min: 16.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→49.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3832 0 60 78 3970
Biso mean--76.53 44.41 -
残基数----501
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023973
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5835397
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041618
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003678
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5112336
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.73710.39481200.30062703282398
2.7371-2.90860.28141440.25182670281499
2.9086-3.13310.26531410.22762710285199
3.1331-3.44830.23121350.21022700283599
3.4483-3.94710.23441640.178326952859100
3.9471-4.97220.21561520.14782714286699
4.9722-49.44870.21761600.17662723288399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6112-0.012-0.54041.9253-0.53432.75120.0213-0.7358-0.45230.2336-0.09010.18020.3193-0.49960.07220.2742-0.06060.01730.4368-0.01140.2553-25.1228-2.6807-7.7178
22.1568-2.3843-1.23413.58310.00095.70.273-0.6877-0.03490.1979-0.0612-0.27680.11440.3742-0.15260.4006-0.1041-0.030.64390.02160.3867-22.3523-0.44052.1714
38.25331.14314.47768.6504-2.18363.37770.55-2.10580.22451.8281-0.0693-0.7558-0.9097-2.0899-0.45990.51430.0017-0.04440.8522-0.20790.5188-33.78687.02490.6691
47.8497-2.12451.796.03840.82374.0866-0.0476-0.19810.3836-0.10810.0205-0.12640.03050.33110.03440.1819-0.0417-0.01830.2291-0.00950.284-28.439-1.4949-9.4316
59.9176-5.71176.55054.8824-4.78314.85730.1157-0.1986-0.5013-0.13740.0232-0.08830.0386-0.0235-0.17490.3108-0.00670.00130.31090.02280.291-45.4309-1.33-15.6401
66.2110.4537-0.80733.12691.30473.34380.1989-0.7729-0.09260.26690.1625-0.3169-0.32270.1051-0.37230.2199-0.06370.02820.2440.0130.2601-60.87478.0947-4.103
75.1630.21441.79565.37232.83143.22250.02650.2134-0.0366-0.1664-0.11890.5433-0.3244-0.78370.1820.3013-0.03980.12930.39060.05240.2667-65.48146.1274-13.4509
85.2424-5.3599-0.64465.51121.17524.4853-0.36640.52650.84341.28060.068-0.6914-0.8599-0.0720.28020.55220.09050.05070.39390.11290.3645-62.16226.773.0595
93.7221-0.6681-0.57593.7337-0.02024.09690.0472-0.0149-0.1877-0.1743-0.03680.1940.13210.1018-0.02630.15520.0009-0.0040.2368-0.01550.2339-59.7371.8204-9.822
106.10974.73060.77154.89321.61443.87970.6937-0.4565-0.73990.75250.73691.16391.4037-1.5687-0.89370.46330.0066-0.00290.48660.07690.4063-67.6169-11.5183-10.8826
113.04870.4137-0.00194.20630.73634.1886-0.01880.15980.2946-0.04480.1044-0.1728-0.21840.3241-0.0490.21840.00750.05330.2169-0.02510.246-56.49516.4985-9.3779
127.9549-1.46965.50133.78250.19175.89190.2458-0.9221-3.18040.35150.4583-0.10890.8740.2002-0.40550.5766-0.01340.2310.72010.04530.9744-45.2706-11.3015-5.1524
133.8453-2.1176-1.5014.80670.49324.2001-0.6384-0.08710.4689-0.72480.85440.14260.33060.5546-0.04110.3919-0.0861-0.02760.38380.0520.3097-41.08753.5876-38.0362
147.03461.07240.74424.08310.00166.6992-0.28970.2248-0.70770.41790.1111-0.04181.2120.07990.04470.5178-0.040.13980.1865-0.04810.3637-48.854-7.265-27.7992
157.9332-1.5144-3.01743.6979-1.97823.58640.07340.5902-0.9607-2.0181-1.2211-1.35621.91542.86491.23011.01620.37030.14531.3680.40070.6354-31.9224-7.3481-33.0837
167.0285-4.737-1.27473.58840.62176.5197-0.3080.45180.59490.42370.1274-0.70360.03611.10290.21630.28190.0338-0.02780.53880.08460.3278-39.39754.7521-43.7799
178.0204-2.1992-0.29672.42250.54620.22350.06370.9184-0.2368-0.3128-0.1280.3570.3491-0.317-0.05390.22970.0025-0.05830.249-0.03630.2731-51.26062.1157-39.3873
186.72282.9767-1.26646.4428-1.43995.2815-0.46790.1587-0.0853-0.4979-0.18930.08520.49730.31050.51170.33880.15230.04540.3313-0.0440.2715-45.8376-0.6594-31.9888
192.126-4.09690.88048.0604-0.60616.930.8520.40510.3469-0.712-0.80530.5489-0.4872-0.45710.01030.3960.07170.00220.5319-0.02120.3114-55.173812.3686-36.2132
202.8838-1.56470.78053.0431-0.64110.9173-0.4255-0.0519-0.158-0.10240.01510.43680.12180.55570.60820.65610.02740.08410.3057-0.07960.4393-57.249631.0466-34.0433
214.88141.89142.38397.1817-1.51422.0726-0.1896-0.18710.30431.03970.39441.2862-0.4115-1.2357-0.28190.5870.10120.20930.40080.16280.6482-69.909432.9127-22.7603
228.02614.35532.63486.75426.72037.273-0.6782-1.80291.12941.7424-1.28630.2452-0.476-0.35390.82510.7636-0.175-0.39160.48780.11870.7528-63.419544.8466-30.9934
237.0156-3.47383.34922.99350.25624.49440.0120.85180.0596-1.1542-0.4265-0.83180.08540.85570.38590.40760.07010.07530.40440.02910.4229-51.347931.2233-34.8924
240.18040.20690.17096.7322-3.42935.8135-0.1952-0.0598-0.15890.71510.19310.6951-0.8730.2970.06970.4038-0.10910.00650.30350.00290.394-61.002126.9981-27.3203
253.9006-2.8932-2.65168.7139-1.28943.4396-0.11850.0188-0.23170.40760.27410.68870.2832-0.1147-0.16780.3212-0.0385-0.00740.26470.0520.3466-62.590727.0711-29.3157
262.86982.838-0.59213.4818-2.55637.3886-0.09190.0369-0.50280.10320.1584-0.14210.13020.233-0.10430.25080.0720.03570.3626-0.06720.3422-53.39172.6254-20.3256
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 539 through 570 )A539 - 570
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 571 through 585 )A571 - 585
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 586 through 599 )A586 - 599
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 600 through 643 )A600 - 643
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 644 through 665 )A644 - 665
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 539 through 552 )B539 - 552
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 553 through 585 )B553 - 585
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 586 through 599 )B586 - 599
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 600 through 626 )B600 - 626
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 627 through 631 )B627 - 631
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 632 through 655 )B632 - 655
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 656 through 666 )B656 - 666
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 539 through 552 )C539 - 552
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 553 through 571 )C553 - 571
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 572 through 578 )C572 - 578
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 579 through 599 )C579 - 599
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 600 through 614 )C600 - 614
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 615 through 643 )C615 - 643
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 644 through 663 )C644 - 663
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 539 through 552 )D539 - 552
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 553 through 570 )D553 - 570
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 571 through 578 )D571 - 578
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 579 through 599 )D579 - 599
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 600 through 619 )D600 - 619
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 620 through 655 )D620 - 655
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 656 through 666 )D656 - 666

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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