PDB-5nok: Polysaccharide Lyase BACCELL_00875

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nok

タイトル

Polysaccharide Lyase BACCELL_00875

要素

BACCELL_00875

キーワード

LYASE (リアーゼ) / Polysaccharide Lyase /

Arabinogalactan /

L-Rhamnose (ラムノース) /

Glucuronic Acid (グルクロン酸)

機能・相同性

Six-hairpin glycosidase superfamily / carbohydrate metabolic process / Six-hairpin glycosidase

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides cellulosilyticus DSM 14838 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.24 Å

データ登録者

Cartmell, A. / Munoz-Munoz, J. / Terrapon, N. / Basle, A. / Henrissat, B. / Gilbert, H.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: An evolutionarily distinct family of polysaccharide lyases removes rhamnose capping of complex arabinogalactan proteins.
著者: Munoz-Munoz, J. / Cartmell, A. / Terrapon, N. / Basle, A. / Henrissat, B. / Gilbert, H.J.

履歴

登録	2017年4月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2017年8月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nok.cif.gz	273.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nok.ent.gz	228.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nok.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/5nok ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/5nok	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5no8C 5noaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5no8-2 3zdu-1 6a0h-d 5z06-2 4r5z-2 1ock-d 3zbn-1 4r2n-2 5tvf-2 4wbt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BACCELL_00875

B: BACCELL_00875

ヘテロ分子

162 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BACCELL_00875

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
80.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: BACCELL_00875

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
80.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.730, 116.730, 228.487
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	BACCELL_00875 分子量: 80706.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides cellulosilyticus DSM 14838 (バクテリア) 遺伝子: BACCELL_00875 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2N9D0
#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤) 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG1500, 0.1 M MMT buffer, pH 4.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.24→47.48 Å / Num. obs: 76640 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 43.2 % / R_merge(I) obs: 0.0131 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.24→2.29 Å / R_merge(I) obs: 0.3201

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
SHELXCD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.24→47.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 7.078 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.273 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24925	3842	5 %	RANDOM
R_work	0.19499	-	-	-
obs	0.19768	72698	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.015 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.09 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.09 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.24→103.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10688	0	12	244	10944

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	10971
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	9700
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.483	1.951	14892
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.978	3	22418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.771	5	1334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.574	23.872	563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.217	15	1652
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.251	15	74
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	12433
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2425
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.285	3.977	5345
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.284	3.977	5344
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.47	5.959	6676
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.47	5.959	6677
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.851	4.244	5626
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.851	4.244	5626
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.567	6.244	8217
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.021	46.105	12158
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.021	46.098	12157
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.24→2.298 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	295	-
R_work	0.289	5268	-
obs	-	-	99.98 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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