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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nnm | ||||||
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タイトル | The crystal structure of dimeric LL-37 | ||||||
要素 | Cathelicidin antimicrobial peptide | ||||||
キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / AMP / LL-37 / LDAO / peptide-detergent complex / antimicrobial peptide (抗微生物ペプチド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytolysis / killing by host of symbiont cells / specific granule / cellular response to peptidoglycan / 好中球 / cellular response to interleukin-6 / 抗微生物ペプチド / cellular response to interleukin-1 / innate immune response in mucosa / cell projection ...cytolysis / killing by host of symbiont cells / specific granule / cellular response to peptidoglycan / 好中球 / cellular response to interleukin-6 / 抗微生物ペプチド / cellular response to interleukin-1 / innate immune response in mucosa / cell projection / lipopolysaccharide binding / specific granule lumen / positive regulation of angiogenesis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / tertiary granule lumen / cellular response to tumor necrosis factor / antibacterial humoral response / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / amyloid fibril formation / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / positive regulation of protein phosphorylation / 自然免疫系 / Neutrophil degranulation / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Zeth, K. / Sancho-Vaello, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: Structural remodeling and oligomerization of human cathelicidin on membranes suggest fibril-like structures as active species. 著者: Sancho-Vaello, E. / Francois, P. / Bonetti, E.J. / Lilie, H. / Finger, S. / Gil-Ortiz, F. / Gil-Carton, D. / Zeth, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5nnm.cif.gz | 27.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5nnm.ent.gz | 18.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5nnm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/5nnm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/5nnm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 1 - 31 / Label seq-ID: 1 - 31
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4504.351 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 134-170 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49913 #2: 化合物 | ChemComp-CO3 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.02 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15% Peg400, 0.1 M Tris, pH 8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1 Å | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月26日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 10991 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 7.75 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.9→38.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 6.802 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.032 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.832 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→38.6 Å
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拘束条件 |
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