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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nf9 | ||||||
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タイトル | Structure of Galectin-3 CRD in complex with compound 2 | ||||||
要素 | Galectin-3ガレクチン3 | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / Galectin-3 CRD / cation-Pi interactions | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of immunological synapse formation / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / disaccharide binding / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / IgE binding / negative regulation of endocytosis / positive regulation of mononuclear cell migration ...negative regulation of protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of immunological synapse formation / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / disaccharide binding / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / IgE binding / negative regulation of endocytosis / positive regulation of mononuclear cell migration / eosinophil chemotaxis / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / protein phosphatase inhibitor activity / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / positive chemotaxis / regulation of T cell proliferation / positive regulation of calcium ion import / macrophage chemotaxis / chemoattractant activity / monocyte chemotaxis / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / ficolin-1-rich granule membrane / 免疫シナプス / laminin binding / epithelial cell differentiation / 好中球 / RNA splicing / secretory granule membrane / molecular condensate scaffold activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein localization to plasma membrane / spliceosomal complex / positive regulation of protein-containing complex assembly / 転写後修飾 / carbohydrate binding / protein phosphatase binding / collagen-containing extracellular matrix / ミトコンドリア内膜 / 自然免疫系 / Neutrophil degranulation / 細胞膜 / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å | ||||||
データ登録者 | Ronin, C. / Atmanene, C. / Gautier, F.M. / Djedaini Pilard, F. / Teletchea, S. / Ciesielski, F. / Vivat Hannah, V. / Grandjean, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017 タイトル: Biophysical and structural characterization of mono/di-arylated lactosamine derivatives interaction with human galectin-3. 著者: Atmanene, C. / Ronin, C. / Teletchea, S. / Gautier, F.M. / Djedaini-Pilard, F. / Ciesielski, F. / Vivat, V. / Grandjean, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5nf9.cif.gz | 46.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5nf9.ent.gz | 31.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5nf9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/5nf9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/5nf9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16458.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931 |
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#2: 化合物 | ChemComp-8VW / ~{ |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.82 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100mM Tris HCl pH7.5; 30-34% PEG4000; 100mM MgCl2; 400mM NaSCN; 8mM beta-mercaptoethanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→50 Å / Num. obs: 11662 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.2 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 22.17 |
反射 シェル | 解像度: 1.87→1.98 Å / Rsym value: 0.144 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3ZSL 解像度: 1.87→31.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.582 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.138 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.476 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.87→31.82 Å
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拘束条件 |
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