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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5na5 | ||||||
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タイトル | Pseudomonas fluorescens kynurenine 3-monooxygenase (KMO) apo structure | ||||||
要素 | Kynurenine 3-monooxygenaseキヌレニン-3-モノオキシゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / KMO | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 キヌレニン-3-モノオキシゲナーゼ / kynurenine 3-monooxygenase activity / kynurenine metabolic process / quinolinate biosynthetic process / anthranilate metabolic process / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / tryptophan catabolic process / NAD metabolic process / FAD binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.94 Å | ||||||
データ登録者 | Rowland, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Structural and mechanistic basis of differentiated inhibitors of the acute pancreatitis target kynurenine-3-monooxygenase. 著者: Hutchinson, J.P. / Rowland, P. / Taylor, M.R.D. / Christodoulou, E.M. / Haslam, C. / Hobbs, C.I. / Holmes, D.S. / Homes, P. / Liddle, J. / Mole, D.J. / Uings, I. / Walker, A.L. / Webster, S.P. ...著者: Hutchinson, J.P. / Rowland, P. / Taylor, M.R.D. / Christodoulou, E.M. / Haslam, C. / Hobbs, C.I. / Holmes, D.S. / Homes, P. / Liddle, J. / Mole, D.J. / Uings, I. / Walker, A.L. / Webster, S.P. / Mowat, C.G. / Chung, C.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5na5.cif.gz | 376.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5na5.ent.gz | 305.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5na5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/5na5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/5na5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50739.520 Da / 分子数: 2 / 変異: C252S C461S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: kmo, qbsG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q84HF5, キヌレニン-3-モノオキシゲナーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.66 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% glycerol, 14.4% PEG 8000, 0.08 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.16 M calcium acetate or 20% glycerol, 16% PEG 8000, 0.08M sodium cacodylate pH 6.5, 0.16M magnesium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92819 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→134 Å / Num. obs: 71621 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 27.72 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 16.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.94→1.98 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 3201 / CC1/2: 0.542 / % possible all: 86.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.94→133.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9389 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9248 / SU R Cruickshank DPI: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.178 / SU Rfree Blow DPI: 0.151 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.149
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原子変位パラメータ | Biso mean: 33.85 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.254 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.94→133.68 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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