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- PDB-5n2c: Crystal structure of the peptidoglycan-associated lipoprotein fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n2c
タイトルCrystal structure of the peptidoglycan-associated lipoprotein from Burkholderia cenocepacia
要素Putative OmpA family lipoprotein
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / outer membrane protein A like domain / lipoprotein (リポタンパク質) / antigen (抗原)
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / 細胞周期 / 細胞分裂
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan-associated lipoprotein, C-terminal / Peptidoglycan-associated lipoprotein / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. / OmpA-like domain / Outer membrane protein, bacterial / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / OmpA-like domain profile. ...Peptidoglycan-associated lipoprotein, C-terminal / Peptidoglycan-associated lipoprotein / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. / OmpA-like domain / Outer membrane protein, bacterial / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / OmpA-like domain profile. / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / シュウ酸塩 / Peptidoglycan-associated lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cenocepacia J2315 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Matterazzo, E. / Bolognesi, M. / Gourlay, L.J.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Cariplo/Regione Lombardia42666248 イタリア
引用ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2017
タイトル: Designing Probes for Immunodiagnostics: Structural Insights into an Epitope Targeting Burkholderia Infections.
著者: Capelli, R. / Matterazzo, E. / Amabili, M. / Peri, C. / Gori, A. / Gagni, P. / Chiari, M. / Lertmemongkolchai, G. / Cretich, M. / Bolognesi, M. / Colombo, G. / Gourlay, L.J.
履歴
登録2017年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative OmpA family lipoprotein
B: Putative OmpA family lipoprotein
C: Putative OmpA family lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,17818
ポリマ－61,7033
非ポリマー1,47515
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4630 Å2
ΔGint19 kcal/mol
Surface area18550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.433, 104.532, 110.436
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-344-

HOH

21A-351-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Putative OmpA family lipoprotein


分子量: 20567.738 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The signal peptide was removed
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia J2315 (バクテリア)
遺伝子: BCAL3204 / プラスミド: pET151-D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: B4EDC1

-
非ポリマー , 5種, 204分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸 / CAPS (buffer)


分子量: 221.317 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン / シュウ酸塩


分子量: 88.019 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 2M NaH2PO4/ 0.8M KH2PO4; 0.1M CAPS pH 10.5; 0.2M LiSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→38 Å / Num. obs: 38124 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.196 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.714 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 2222 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4B5C

4b5c


解像度: 1.8→37.958 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2187 1905 5 %
Rwork0.1778 --
obs0.1798 38090 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.958 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2822 0 96 189 3107
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013037
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0824104
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6791882
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056420
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007556
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8450.28091340.21362549X-RAY DIFFRACTION100
1.845-1.89490.23351350.19552545X-RAY DIFFRACTION100
1.8949-1.95070.26491330.18652547X-RAY DIFFRACTION100
1.9507-2.01360.24531360.18242573X-RAY DIFFRACTION100
2.0136-2.08560.23361340.18222568X-RAY DIFFRACTION100
2.0856-2.16910.23791350.17792552X-RAY DIFFRACTION100
2.1691-2.26780.26441350.16862568X-RAY DIFFRACTION100
2.2678-2.38730.22581340.17312554X-RAY DIFFRACTION100
2.3873-2.53690.1971370.16652588X-RAY DIFFRACTION100
2.5369-2.73270.21411360.16962579X-RAY DIFFRACTION100
2.7327-3.00760.20631360.1762595X-RAY DIFFRACTION100
3.0076-3.44250.20581370.17992601X-RAY DIFFRACTION100
3.4425-4.33630.18161390.16342631X-RAY DIFFRACTION100
4.3363-37.96680.21181440.192735X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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