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Yorodumi- PDB-5mpw: Crystal structure of Arabidopsis thaliana RNA editing factor MORF1 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5mpw | ||||||
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Title | Crystal structure of Arabidopsis thaliana RNA editing factor MORF1 | ||||||
Components | Multiple organellar RNA editing factor 1, mitochondrial | ||||||
Keywords | PLANT PROTEIN / NFLD-related fold | ||||||
Function / homology | Function and homology information mitochondrial mRNA modification / chloroplast RNA modification / mitochondrial RNA modification / cytidine to uridine editing / chloroplast / mRNA processing / protein dimerization activity / mitochondrion Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arabidopsis thaliana (thale cress) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.499 Å | ||||||
Authors | Haag, S. / Schindler, M. / Berndt, L. / Brennicke, A. / Takenaka, M. / Weber, G. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2017 Title: Crystal structures of the Arabidopsis thaliana organellar RNA editing factors MORF1 and MORF9. Authors: Haag, S. / Schindler, M. / Berndt, L. / Brennicke, A. / Takenaka, M. / Weber, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5mpw.cif.gz | 206.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5mpw.ent.gz | 174.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5mpw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/5mpw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/5mpw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13017.480 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: MORF1, RIP8, At4g20020 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O49429 #2: Chemical | ChemComp-BR / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion / Details: 0.1 M Tris, pH 8.0 2.8 M NH4SO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.916 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 22, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.916 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.499→50 Å / Num. obs: 66951 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 6.5 % / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 10.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.54 Å / Redundancy: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 4771 / CC1/2: 0.563 / Rsym value: 0.79 / % possible all: 94 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.499→37.982 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / Phase error: 17.91
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 109.69 Å2 / Biso mean: 22.2694 Å2 / Biso min: 5.99 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.499→37.982 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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