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万見
- PDB-5mpg: Solution NMR structure of hnRNP A1 RRM1 in complex with 5'-UUAGGU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mpg
タイトルSolution NMR structure of hnRNP A1 RRM1 in complex with 5'-UUAGGUC-3' RNA
要素
  • Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
  • RNA UUAGGUC
キーワードSPLICING / RRM / RNA (リボ核酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to sodium arsenite / SARS-CoV-1-host interactions / import into nucleus / telomeric repeat-containing RNA binding / G-rich strand telomeric DNA binding / pre-mRNA binding / 核外搬出シグナル / RNA export from nucleus / miRNA binding / FGFR2 alternative splicing ...cellular response to sodium arsenite / SARS-CoV-1-host interactions / import into nucleus / telomeric repeat-containing RNA binding / G-rich strand telomeric DNA binding / pre-mRNA binding / 核外搬出シグナル / RNA export from nucleus / miRNA binding / FGFR2 alternative splicing / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / intracellular non-membrane-bounded organelle / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / regulation of RNA splicing / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA transport / cellular response to glucose starvation / localization / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / catalytic step 2 spliceosome / molecular condensate scaffold activity / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA 3'-UTR binding / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / single-stranded DNA binding / amyloid fibril formation / single-stranded RNA binding / ribonucleoprotein complex / protein domain specific binding / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
hnRNP A3, RNA recognition motif 2 / hnRNP A1, RNA recognition motif 1 / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1/A2, C-terminal / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1, LC domain / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily ...hnRNP A3, RNA recognition motif 2 / hnRNP A1, RNA recognition motif 1 / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1/A2, C-terminal / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1, LC domain / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Barraud, P. / Allain, F.H.-T.
資金援助 スイス, フランス, 6件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationNCCR structural biology スイス
Swiss National Science FoundationNCCR RNA and disease スイス
CNRS フランス
ETHPostdoctoral ETH Fellowship Program スイス
Novartis Foundation スイス
SMA Europe スイス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Tandem hnRNP A1 RNA recognition motifs act in concert to repress the splicing of survival motor neuron exon 7.
著者: Beusch, I. / Barraud, P. / Moursy, A. / Clery, A. / Allain, F.H.
履歴
登録2016年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
B: RNA UUAGGUC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2022
ポリマ－13,2022
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1760 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area6120 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #15medoid

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要素

#1: タンパク質 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 / hnRNP A1 / Helix-destabilizing protein / Single-strand RNA-binding protein / hnRNP core protein A1


分子量: 11003.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNRNPA1, HNRPA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09651
#2: RNA鎖 RNA UUAGGUC


分子量: 2198.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
124isotropic52D 1H-13C HSQC aliphatic
134isotropic42D 1H-13C HSQC aromatic
142isotropic13D HNCA
152isotropic13D HN(CA)CB
162isotropic13D CBCA(CO)NH
172isotropic13D HNCO
182isotropic33D HCc(CO)NH TOCSY
192isotropic33D hCC(CO)NH TOCSY
1101isotropic53D 1H-15N NOESY
1112isotropic53D 1H-13C NOESY aliphatic
1182isotropic53D 1H-13C NOESY aromatic
1173isotropic52D 1H-1H NOESY
1163isotropic52D 1H-1H TOCSY
1154isotropic32D F1fF2f 13C-filtered NOESY
1144isotropic13D F1eF3f 13C-filtered/edited NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.0 mM [U-99% 15N] hnRNP A1 RRM1, 1.0 mM RNA UUAGGUC, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
solution21.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] hnRNP A1 RRM1, 1.0 mM RNA UUAGGUC, 90% H2O/10% D2O13C15N_sample90% H2O/10% D2O
solution31.0 mM [U-99% 15N] hnRNP A1 RRM1, 1.0 mM RNA UUAGGUC, 100% D2O15N_sample_D2O100% D2O
solution41.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] hnRNP A1 RRM1, 1.0 mM RNA UUAGGUC, 100% D2O13C15N_sample_D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMhnRNP A1 RRM1[U-99% 15N]1
1.0 mMRNA UUAGGUCnatural abundance1
1.0 mMhnRNP A1 RRM1[U-99% 13C; U-99% 15N]2
1.0 mMRNA UUAGGUCnatural abundance2
1.0 mMhnRNP A1 RRM1[U-99% 15N]3
1.0 mMRNA UUAGGUCnatural abundance3
1.0 mMhnRNP A1 RRM1[U-99% 13C; U-99% 15N]4
1.0 mMRNA UUAGGUCnatural abundance4
試料状態イオン強度: 10 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III5001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7003
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7504
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9005

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
PROCHECK / PROCHECK-NMRLaskowski and MacArthurデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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