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万見
- PDB-5mhs: T1L reovirus sigma1 complexed with 5C6 Fab fragments -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mhs
タイトルT1L reovirus sigma1 complexed with 5C6 Fab fragments
要素
  • 5C6 Fab heavy chain
  • 5C6 Fab light chain
  • Outer capsid protein sigma-1
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / reovirus sigma1 / virus antibody complex / neutralization / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral outer capsid / カプシド / 細胞接着 / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能
Virus attachment protein , globular domain / Viral attachment sigma 1, reoviral / Reovirus viral attachment protein sigma 1 / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenovirus pIV-like, attachment domain / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer capsid protein sigma-1
類似検索 - 構成要素
生物種Reovirus type 1
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Stehle, T. / Dietrich, M.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of HealthR01 AI118887 米国
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2017
タイトル: Structural Insights into Reovirus sigma 1 Interactions with Two Neutralizing Antibodies.
著者: Dietrich, M.H. / Ogden, K.M. / Katen, S.P. / Reiss, K. / Sutherland, D.M. / Carnahan, R.H. / Goff, M. / Cooper, T. / Dermody, T.S. / Stehle, T.
履歴
登録2016年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月8日Group: Database references
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer capsid protein sigma-1
B: Outer capsid protein sigma-1
C: Outer capsid protein sigma-1
D: 5C6 Fab light chain
E: 5C6 Fab heavy chain
F: 5C6 Fab light chain
G: 5C6 Fab light chain
H: 5C6 Fab heavy chain
N: 5C6 Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,7359
ポリマ－200,7359
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16340 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area79280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)223.610, 129.080, 87.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.24, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Outer capsid protein sigma-1 / Sigma1 / Cell attachment protein / Hemagglutinin


分子量: 19386.654 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Reovirus type 1 (strain Lang) (ウイルス)
遺伝子: S1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04506
#2: 抗体 5C6 Fab light chain


分子量: 23808.357 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 5C6 Fab heavy chain


分子量: 23716.637 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 9.5-11.5% (w/v) PEG8000, 0.1 M MES (pH 5.5-6.5), 0.2 M zinc acetate
PH範囲: 5.5-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→48.991 Å / Num. obs: 26263 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.957 % / Biso Wilson estimate: 90.718 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rrim(I) all: 0.295 / Net I/σ(I): 7.94
反射 シェル解像度: 3.7→3.8 Å / 冗長度: 12.4 % / CC1/2: 0.748 / Rrim(I) all: 1.619 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GU3 and 5MHR

4gu3

5mhr


解像度: 3.7→48.991 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2779 1312 5 %
Rwork0.261 --
obs0.2618 26240 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→48.991 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11874 0 0 0 11874
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00412191
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81316787
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5897009
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481909
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062219
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7-3.84810.37961440.32612751X-RAY DIFFRACTION100
3.8481-4.02320.31621460.30922756X-RAY DIFFRACTION100
4.0232-4.23520.28861440.27282744X-RAY DIFFRACTION100
4.2352-4.50030.28891440.23192749X-RAY DIFFRACTION100
4.5003-4.84750.23531470.22392781X-RAY DIFFRACTION100
4.8475-5.33480.26051450.22692772X-RAY DIFFRACTION100
5.3348-6.10550.28931460.27292758X-RAY DIFFRACTION100
6.1055-7.68750.29921460.29122775X-RAY DIFFRACTION100
7.6875-48.99550.25371500.25692842X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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