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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5m91 | |||||||||
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タイトル | PCE reductive dehalogenase from S. multivorans in complex with 2,6-dibromophenol | |||||||||
![]() | Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytic subunit PceA | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kunze, C. / Bommer, M. / Hagen, W.R. / Uksa, M. / Dobbek, H. / Schubert, T. / Diekert, G. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cobamide-mediated enzymatic reductive dehalogenation via long-range electron transfer. 著者: Kunze, C. / Bommer, M. / Hagen, W.R. / Uksa, M. / Dobbek, H. / Schubert, T. / Diekert, G. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 378.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 306.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5m2gC ![]() 5m8uC ![]() 5m8wC ![]() 5m8xC ![]() 5m8yC ![]() 5m8zC ![]() 5m90C ![]() 5m92C ![]() 5ma0C ![]() 5ma1C ![]() 5ma2C ![]() 5maaC ![]() 4uquS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 52164.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Plasmid details: DSM-12446 / 参照: UniProt: W6EQP0 |
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-非ポリマー , 6種, 817分子 ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/BVQ.gif)
![](data/chem/img/BEN.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/94N.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BVQ.gif)
![](data/chem/img/BEN.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/94N.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / ![]() #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-BEN / | ![]() #5: 化合物 | ChemComp-GOL / ![]() #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % |
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結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 15 percent PEG 3350, 200 mM sodium malonate, 2 percent benzamidineHCl, and 50 mM TrisHCl, pH 7.5 under an atmosphere of 95 percent N2, 5 percent H2 and less than 10 ppm oxygen |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月19日 |
放射 | モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.719→30.2 Å / Num. obs: 103500 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 20.72 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0673 / Net I/σ(I): 22.07 |
反射 シェル | 解像度: 1.719→1.781 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.7619 / Mean I/σ(I) obs: 2.59 / CC1/2: 0.799 / % possible all: 99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 4UQU 解像度: 1.719→30.106 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 17.51
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.719→30.106 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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