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万見
- PDB-5m6n: Small Molecule inhibitors of IAP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m6n
タイトルSmall Molecule inhibitors of IAP
要素Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
キーワードAPOPTOSIS / XIAP / metal-binding / inhibitor / Xiap#1
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ripoptosome assembly involved in necroptotic process / regulation of cysteine-type endopeptidase activity / FBXO family protein binding / regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of necroptotic process / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway ...negative regulation of ripoptosome assembly involved in necroptotic process / regulation of cysteine-type endopeptidase activity / FBXO family protein binding / regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of necroptotic process / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / CD40 receptor complex / XY body / negative regulation of necroptotic process / regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of protein monoubiquitination / TNFR1-induced proapoptotic signaling / non-canonical NF-kappaB signal transduction / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of innate immune response / regulation of cell differentiation / Apoptotic cleavage of cellular proteins / necroptotic process / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / canonical NF-kappaB signal transduction / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / response to cAMP / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / ubiquitin binding / positive regulation of protein ubiquitination / placenta development / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Regulation of TNFR1 signaling / NOD1/2 Signaling Pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / Regulation of necroptotic cell death / cytoplasmic side of plasma membrane / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / regulation of inflammatory response / regulation of cell population proliferation / protein-folding chaperone binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transferase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of apoptotic process / response to ethanol / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / response to hypoxia / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / apoptotic process / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
BIRC2/BIRC3, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / Caspase recruitment domain / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain ...BIRC2/BIRC3, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / Caspase recruitment domain / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Death-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7H9 / Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Williams, P.A.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Discovery of a Potent Nonpeptidomimetic, Small-Molecule Antagonist of Cellular Inhibitor of Apoptosis Protein 1 (cIAP1) and X-Linked Inhibitor of Apoptosis Protein (XIAP).
著者: Tamanini, E. / Buck, I.M. / Chessari, G. / Chiarparin, E. / Day, J.E.H. / Frederickson, M. / Griffiths-Jones, C.M. / Hearn, K. / Heightman, T.D. / Iqbal, A. / Johnson, C.N. / Lewis, E.J. / ...著者: Tamanini, E. / Buck, I.M. / Chessari, G. / Chiarparin, E. / Day, J.E.H. / Frederickson, M. / Griffiths-Jones, C.M. / Hearn, K. / Heightman, T.D. / Iqbal, A. / Johnson, C.N. / Lewis, E.J. / Martins, V. / Peakman, T. / Reader, M. / Rich, S.J. / Ward, G.A. / Williams, P.A. / Wilsher, N.E.
履歴
登録2016年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,96511
ポリマ－27,3332
非ポリマー1,6329
水6,287349
1
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4355
ポリマ－13,6661
非ポリマー7684
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5316
ポリマ－13,6661
非ポリマー8645
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.745, 70.130, 119.034
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Baculoviral IAP repeat-containing protein 2 / Cellular inhibitor of apoptosis 1 / C-IAP1 / IAP homolog B / Inhibitor of apoptosis protein 2 / ...Cellular inhibitor of apoptosis 1 / C-IAP1 / IAP homolog B / Inhibitor of apoptosis protein 2 / hIAP2 / RING finger protein 48 / TNFR2-TRAF-signaling complex protein 2


分子量: 13666.410 Da / 分子数: 2
変異: Deletion 1-266, deletion 364-619, insertion 266 MGSSHHHHHH SSGLVPRGSHM
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC2, API1, MIHB, RNF48 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q13490, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-7H9 / 1-[6-[(4-fluorophenyl)methyl]-3,3-dimethyl-2~{H}-pyrrolo[3,2-b]pyridin-1-yl]-2-[(2~{R},5~{R})-5-methyl-2-[[(3~{R})-3-methylmorpholin-4-yl]methyl]piperazin-4-ium-1-yl]ethanone


分子量: 510.667 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H41FN5O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: .65M (NH4)2SO4 10% Glycerol .4M Li2SO4 .005M TCEP .1M pH=5.6 Na3 citrate/HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.691→26.275 Å / Num. obs: 24908 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 27.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.89 Å / Rmerge(I) obs: 0.198 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 48.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.8→23.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / Rfactor Rfree error: 0.01 / SU R Cruickshank DPI: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.146 / SU Rfree Blow DPI: 0.129 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.117
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 1124 5.16 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs0.168 21769 88.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.137 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5654 Å20 Å20 Å2
2---0.5029 Å20 Å2
3----2.0625 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→23.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1576 0 101 349 2026
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0131858HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.952612HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d627SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes40HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes267HARMONIC16
X-RAY DIFFRACTIONt_it1858HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.91
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.95
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion198SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2467SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.89 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 -4.87 %
Rwork0.199 1407 -
all0.199 1479 -
obs--46.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0172-0.05930.05290.88840.22320.3778-0.00890.06350.0267-0.0928-0.04860.0397-0.0092-0.03720.0575-0.051-0.0022-0.00560.0164-0.0376-0.018-12.6786-4.45212.56
20.8933-1.27140.83042.3129-1.82231.9856-0.1611-0.0870.11420.1990.0531-0.0751-0.2129-0.03650.108-0.0598-0.0019-0.0291-0.01010.0071-0.0367-0.767-16.713235.2853
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|258 - A|1001 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|260 - B|1001 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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