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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5luf | ||||||
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タイトル | Cryo-EM of bovine respirasome | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Mitochondria (ミトコンドリア) / supercomplex / respiratory chain (電子伝達系) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TP53 Regulates Metabolic Genes / respiratory chain complex IV assembly / Cytoprotection by HMOX1 / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / mitochondrial respiratory chain complex IV / regulation of oxidative phosphorylation / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III / シトクロムcオキシダーゼ ...TP53 Regulates Metabolic Genes / respiratory chain complex IV assembly / Cytoprotection by HMOX1 / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / mitochondrial respiratory chain complex IV / regulation of oxidative phosphorylation / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III / シトクロムcオキシダーゼ / mitochondrial respirasome / quinol-cytochrome-c reductase / 酸化的リン酸化 / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / ubiquinone binding / respirasome / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / respiratory electron transport chain / central nervous system development / ミトコンドリア / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metalloendopeptidase activity / ミトコンドリア内膜 / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / ミトコンドリア / タンパク質分解 / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.1 Å | ||||||
データ登録者 | Sousa, J.S. / Mills, D.J. / Vonck, J. / Kuehlbrandt, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2016 タイトル: Functional asymmetry and electron flow in the bovine respirasome. 著者: Joana S Sousa / Deryck J Mills / Janet Vonck / Werner Kühlbrandt / 要旨: Respirasomes are macromolecular assemblies of the respiratory chain complexes I, III and IV in the inner mitochondrial membrane. We determined the structure of supercomplex IIIIIV from bovine heart ...Respirasomes are macromolecular assemblies of the respiratory chain complexes I, III and IV in the inner mitochondrial membrane. We determined the structure of supercomplex IIIIIV from bovine heart mitochondria by cryo-EM at 9 Å resolution. Most protein-protein contacts between complex I, III and IV in the membrane are mediated by supernumerary subunits. Of the two Rieske iron-sulfur cluster domains in the complex III dimer, one is resolved, indicating that this domain is immobile and unable to transfer electrons. The central position of the active complex III monomer between complex I and IV in the respirasome is optimal for accepting reduced quinone from complex I over a short diffusion distance of 11 nm, and delivering reduced cytochrome to complex IV. The functional asymmetry of complex III provides strong evidence for directed electron flow from complex I to complex IV through the active complex III monomer in the mammalian supercomplex. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5luf.cif.gz | 1.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5luf.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5luf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/5luf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/5luf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 9種, 18分子 clmneqfrgshtiujvkw
#1: タンパク質 | 分子量: 49266.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P31800 #2: タンパク質 | 分子量: 46575.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P23004 #5: タンパク質 | 分子量: 21640.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase #6: タンパク質 | 分子量: 13371.190 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00129 #7: タンパク質 | 分子量: 9606.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13271 #8: タンパク質 | 分子量: 9189.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00126 #9: タンパク質 | 分子量: 7964.259 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase #10: タンパク質 | 分子量: 7209.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00130 #11: タンパク質 | 分子量: 6370.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07552 |
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+タンパク質 , 28種, 30分子 bodpABCDEFGHIJKLMNOPQSTVWXYaUZ
-Cytochrome c oxidase subunit ... , 13種, 13分子 xyz1234567890
#12: タンパク質 | 分子量: 57065.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00396, シトクロムcオキシダーゼ |
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#13: タンパク質 | 分子量: 26040.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P68530 |
#14: タンパク質 | 分子量: 29943.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00415 |
#15: タンパク質 | 分子量: 17179.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00423 |
#16: タンパク質 | 分子量: 12453.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00426 |
#17: タンパク質 | 分子量: 10684.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00428 |
#18: タンパク質 | 分子量: 9452.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07471 |
#19: タンパク質 | 分子量: 10039.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00429 |
#20: タンパク質 | 分子量: 8494.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P04038 |
#21: タンパク質 | 分子量: 6682.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07470 |
#22: タンパク質 | 分子量: 6365.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13183 |
#23: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5449.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00430 |
#24: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4967.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P10175 |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 R
#42: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4017.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) |
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-非ポリマー , 8種, 22分子
#52: 化合物 | ChemComp-HEM / #53: 化合物 | #54: 化合物 | #55: 化合物 | #56: 化合物 | ChemComp-MG / | #57: 化合物 | #58: 化合物 | ChemComp-ZN / | #59: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RespirasomeSupercomplex / タイプ: COMPLEX / 詳細: supercomplex of complex I, III and IV / Entity ID: #1-#51 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 1.7 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
緩衝液 | pH: 7.7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: 10 s blotting |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 59000 X / 倍率(補正後): 57797 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm / Calibrated defocus min: 1300 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 4300 nm / Cs: 2.2 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 70 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING / フィルム・検出器のモデル: その他 / 実像数: 3592 / 詳細: Falcon III |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 46 / 利用したフレーム数/画像: 2-46 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 156519 / 詳細: particles were selected manually | ||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 9.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17093 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL |