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万見
- PDB-5lg7: Solution NMR structure of Tryptophan to Arginine mutant of Arkadi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lg7
タイトルSolution NMR structure of Tryptophan to Arginine mutant of Arkadia RING domain
要素E3 ubiquitin-protein ligase Arkadia
キーワードLIGASE (リガーゼ) / Arkadia (アルカディア県) / Rnf111 / E3 Ubiquitin ligase (ユビキチンリガーゼ) / RING domain / Tryptophan (トリプトファン) / TGF-b (TGF-β) / UbcH5b / E2 enzyme (ユビキチン結合酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO polymer binding / global genome nucleotide-excision repair / pattern specification process / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD binding / positive regulation of protein ubiquitination / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / RING-type E3 ubiquitin transferase / PML body ...SUMO polymer binding / global genome nucleotide-excision repair / pattern specification process / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD binding / positive regulation of protein ubiquitination / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / RING-type E3 ubiquitin transferase / PML body / Formation of Incision Complex in GG-NER / protein polyubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / protein-containing complex / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase Arkadia, N-terminal / E3 ubiquitin-protein ligase Arkadia N-terminus / Ring finger domain / 薬指 / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase Arkadia
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular mechanics
データ登録者Birkou, M. / Chasapis, C.T. / Loutsidou, A.K. / Bentrop, D. / Lelli, M. / Herrmann, T. / Episkopou, V. / Spyroulias, G.A.
資金援助 ギリシャ, 1件
組織認可番号国
FP7-CAPACITIES - Research Potentials REGPOT "SEE-DRUG"285950 ギリシャ
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: A Residue Specific Insight into the Arkadia E3 Ubiquitin Ligase Activity and Conformational Plasticity.
著者: Birkou, M. / Chasapis, C.T. / Marousis, K.D. / Loutsidou, A.K. / Bentrop, D. / Lelli, M. / Herrmann, T. / Carthy, J.M. / Episkopou, V. / Spyroulias, G.A.
履歴
登録2016年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 / pdbx_database_related
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.database_code
改定 1.22017年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase Arkadia
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0623
ポリマ－7,9311
非ポリマー1312
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6540 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)31 / 31target function
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase Arkadia / RING finger protein 111


分子量: 7931.018 Da / 分子数: 1 / 断片: RING domain, UNP Residues 927-994 / 変異: W972R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNF111 / プラスミド: pGex-47-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q6ZNA4, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
171isotropic23D 1H-15N NOESY
1111isotropic23D HNHA
122isotropic23D CBCA(CO)NH
132isotropic23D HNCA
142isotropic23D HN(CA)CB
152isotropic23D HNCO
162isotropic23D HBHA(CO)NH
182isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
192isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
1102isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1122isotropic22D 1H-13C HSQC
1131isotropic12D 1H-15N HSQC
1141isotropic13D 1H-15N NOESY
1152isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1162isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1172isotropic14D APSY-HACANH
1182isotropic15D APSY-CBCA(CO)NH
1192isotropic15D APSY-(HA)CA(CO)NH

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.6 mM [U-99% 15N] ARKADIA RING W972R, 50 mM potassium phosphate, 2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O15N-Sample90% H2O/10% D2O
solution20.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] ARKADIA RING W972R, 50 mM potassium phosphate, 2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O13C/15N-Sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMARKADIA RING W972R[U-99% 15N]1
50 mMpotassium phosphatenatural abundance1
2 mMDSSnatural abundance1
0.6 mMARKADIA RING W972R[U-99% 13C; U-99% 15N]2
50 mMpotassium phosphatenatural abundance2
2 mMDSSnatural abundance2
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: Conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker SB Avance IIIBrukerSB Avance III10001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARA1.8.4Keller and Wuthrichchemical shift assignment
UNIO10Torsten Herrmannchemical shift assignment
UNIO10Torsten Herrmannstructure calculation
Amber5Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: molecular mechanics / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 31 / 登録したコンフォーマーの数: 31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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