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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lbn | ||||||
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タイトル | High-resolution crystal structure of the UBC core domain of UBE2E1/UbcH6 | ||||||
![]() | Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ISG15 transferase activity / ISG15-protein conjugation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / Phosphorylation of the APC/C / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Anandapadamanaban, M. / Moche, M. / Sunnerhagen, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of a TRIM21 - UBE2E1 complex reveals the specificity of E2 and ubiquitin recognition by TRIM E3 RINGs 著者: Anandapadamanaban, M. / Moche, M. / Sunnerhagen, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 81.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 60.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17619.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P51965, ![]() | ||
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#2: 化合物 | ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.8 % |
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結晶化![]() | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Sodium citrate pH 6 and 8% (w/v) PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.42→37.06 Å / Num. obs: 26209 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 11.568 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 33.21 |
反射 シェル | 解像度: 1.42→1.51 Å / 冗長度: 9.66 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Mean I/σ(I) obs: 13.15 / % possible all: 79.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 62.99 Å2 / Biso mean: 17.7812 Å2 / Biso min: 8.83 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.42→37.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.419→1.456 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 13.786 Å / Origin y: 4.237 Å / Origin z: 9.416 Å
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