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- PDB-5lbh: Crystal structure of Helicobacter cinaedi CAIP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lbh
タイトルCrystal structure of Helicobacter cinaedi CAIP
要素CAIP
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / dps-like protein Neutrophile activating protein mini-ferritin
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on metal ions / ferric iron binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Dps protein family signature 2. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / フェリチン / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Neutrophil-activating protein
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter cinaedi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.553 Å
データ登録者Zanotti, G. / Valesse, F. / Codolo, G. / De Bernard, M.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
MIURPRIN 2015KH7Z5K イタリア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: The Helicobacter cinaedi antigen CAIP participates in atherosclerotic inflammation by promoting the differentiation of macrophages in foam cells.
著者: D'Elios, M.M. / Vallese, F. / Capitani, N. / Benagiano, M. / Bernardini, M.L. / Rossi, M. / Rossi, G.P. / Ferrari, M. / Baldari, C.T. / Zanotti, G. / de Bernard, M. / Codolo, G.
履歴
登録2016年6月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAIP
B: CAIP
C: CAIP
D: CAIP
E: CAIP
F: CAIP
G: CAIP
H: CAIP
I: CAIP
J: CAIP
K: CAIP
L: CAIP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,26024
ポリマ－197,58912
非ポリマー67012
水5,152286
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33310 Å2
ΔGint-382 kcal/mol
Surface area65640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.746, 135.918, 93.445
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
CAIP


分子量: 16465.781 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter cinaedi (バクテリア)
遺伝子: HCN_0606 / プラスミド: pSM214G-NapA / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 株 (発現宿主): SMS 118 / 参照: UniProt: I7H4K9*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.1 M SPG (pH 4.0) and 25% w/v poly(ethylene glycol) 1500 as a precipitant (solution number 1 PACT Premier HT-96 kit; Molecular Dimensions, Suffolk, UK)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→49.53 Å / Num. obs: 66294 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.859 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 61.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JI4

1ji4


解像度: 2.553→46.533 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.41
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2479 3297 5.08 %Random
Rwork0.1872 ---
obs0.1902 64909 98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.553→46.533 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13728 0 12 286 14026
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00914004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08518900
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0458424
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0622100
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062400
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5525-2.5890.37161080.31321941X-RAY DIFFRACTION74
2.589-2.62760.3131490.25712559X-RAY DIFFRACTION99
2.6276-2.66870.39011370.25252608X-RAY DIFFRACTION99
2.6687-2.71240.28641230.23992570X-RAY DIFFRACTION99
2.7124-2.75920.3081430.23232583X-RAY DIFFRACTION99
2.7592-2.80930.27311480.2112554X-RAY DIFFRACTION99
2.8093-2.86340.27281350.22072561X-RAY DIFFRACTION99
2.8634-2.92180.29841310.20332611X-RAY DIFFRACTION99
2.9218-2.98530.27811140.21672593X-RAY DIFFRACTION99
2.9853-3.05480.2881270.22422600X-RAY DIFFRACTION99
3.0548-3.13110.27931390.22342588X-RAY DIFFRACTION99
3.1311-3.21580.30051440.21762617X-RAY DIFFRACTION99
3.2158-3.31040.30841390.21662583X-RAY DIFFRACTION99
3.3104-3.41720.28051460.20542566X-RAY DIFFRACTION99
3.4172-3.53930.22941410.18882574X-RAY DIFFRACTION99
3.5393-3.68090.26541190.17942616X-RAY DIFFRACTION99
3.6809-3.84840.22471440.17112600X-RAY DIFFRACTION99
3.8484-4.05120.21931230.1612627X-RAY DIFFRACTION99
4.0512-4.30480.18541720.13832575X-RAY DIFFRACTION99
4.3048-4.63690.1811360.1412607X-RAY DIFFRACTION99
4.6369-5.10310.2261550.15072607X-RAY DIFFRACTION99
5.1031-5.84030.24151450.19042611X-RAY DIFFRACTION99
5.8403-7.35340.22081650.18722592X-RAY DIFFRACTION99
7.3534-46.54110.24341140.17242669X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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