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- PDB-5kwr: Crystal structure of rat Cerebellin-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kwr
タイトルCrystal structure of rat Cerebellin-1
要素Cerebellin-1
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / Synapse Protein (シナプス) / Extracellular Protein / Glycoprotein (糖タンパク質) / Nervous System (神経系)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of inhibitory synapse assembly / cerebellar granule cell differentiation / positive regulation of long-term synaptic depression / maintenance of synapse structure / regulation of postsynaptic density assembly / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / positive regulation of synapse assembly / parallel fiber to Purkinje cell synapse / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / regulation of presynapse assembly ...negative regulation of inhibitory synapse assembly / cerebellar granule cell differentiation / positive regulation of long-term synaptic depression / maintenance of synapse structure / regulation of postsynaptic density assembly / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / positive regulation of synapse assembly / parallel fiber to Purkinje cell synapse / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / regulation of presynapse assembly / protein secretion / synaptic cleft / synapse assembly / establishment of localization in cell / synapse organization / postsynaptic membrane / glutamatergic synapse / シナプス / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
C1q domain / C1q domain / C1q domain profile. / Complement component C1q domain. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.795 Å
データ登録者Cheng, S. / Ozkan, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Klingenstein Foundation 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Conformational Plasticity in the Transsynaptic Neurexin-Cerebellin-Glutamate Receptor Adhesion Complex.
著者: Cheng, S. / Seven, A.B. / Wang, J. / Skiniotis, G. / Ozkan, E.
履歴
登録2016年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cerebellin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7832
ポリマ－16,2121
非ポリマー5711
水1,45981
1
A: Cerebellin-1
ヘテロ分子

A: Cerebellin-1
ヘテロ分子

A: Cerebellin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3496
ポリマ－48,6373
非ポリマー1,7123
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_635-y+1,x-y-2,z1
crystal symmetry operation3_865-x+y+3,-x+1,z1
Buried area7560 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area17520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.740, 82.740, 50.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C3 (3回回転対称))
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1067-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cerebellin-1 / Precerebellin


分子量: 16212.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cbln1 / 細胞株 (発現宿主): High Five (BTI-TN-5B1-4) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P63182
#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.93 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Tris pH 7.5, 3 M Sodium formate. Grown in the presence of Neurexin-beta

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03321 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月30日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.795→50 Å / Num. obs: 18152 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 6.46 % / Biso Wilson estimate: 39.49 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 3.15 % / Rmerge(I) obs: 0.644 / Mean I/σ(I) obs: 1.74 / CC1/2: 0.729 / % possible all: 83.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2471: ???)精密化
XDSVersion Oct 15, 2015データ削減
XDSVersion Oct 15, 2015データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
Coot0.8.3モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OUM

4oum


解像度: 1.795→41.37 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.3 / 詳細: TLS refinement
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1888 1774 9.78 %
Rwork0.1601 --
obs0.1629 18144 98.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.795→41.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1103 0 38 81 1222
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051188
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.741612
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.106696
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057180
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004205
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7955-1.8440.33431120.33151050X-RAY DIFFRACTION84
1.844-1.89830.27381370.26171212X-RAY DIFFRACTION95
1.8983-1.95960.23091350.19181218X-RAY DIFFRACTION97
1.9596-2.02960.19541380.16331285X-RAY DIFFRACTION100
2.0296-2.11090.20451400.15481276X-RAY DIFFRACTION100
2.1109-2.20690.19871310.16741294X-RAY DIFFRACTION100
2.2069-2.32330.19441420.16221250X-RAY DIFFRACTION100
2.3233-2.46880.17691440.16071285X-RAY DIFFRACTION100
2.4688-2.65940.23281360.17731298X-RAY DIFFRACTION100
2.6594-2.9270.22121340.16941285X-RAY DIFFRACTION100
2.927-3.35030.18531430.1521290X-RAY DIFFRACTION100
3.3503-4.22040.16461400.13431295X-RAY DIFFRACTION100
4.2204-41.3810.16881420.15781332X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.517-1.824-1.52639.85076.29834.16430.16550.59190.0365-1.2492-0.07220.1936-1.46640.1927-0.06630.2622-0.0267-0.06040.3060.01550.3126113.9444-21.256-27.2764
25.58144.6081-0.35536.9208-0.46884.42620.1572-0.32990.42680.6245-0.13470.8288-0.1412-0.6007-0.02560.23050.02350.03840.3488-0.03080.3472102.4179-22.5429-7.3266
31.9705-0.1482-0.69181.93261.83946.4193-0.02420.3317-0.0331-0.1858-0.00020.1913-0.2214-0.48350.02260.1994-0.0317-0.01620.30940.01860.2853110.8462-24.6044-20.7717
43.66280.0883-0.31797.89871.59863.8081-0.124-0.5224-0.00060.72670.15460.12320.08930.05070.02980.2017-0.00580.03360.3450.03680.2531113.5934-28.5757-3.0594
52.6852-0.7034-0.93313.91831.46724.7537-0.1321-0.0861-0.10960.17160.10220.25220.316-0.09240.07320.1656-0.02930.00260.24990.03510.2517111.7132-28.2525-11.8013
68.217-1.2378-2.94323.227-1.85354.50340.08320.7669-0.3813-0.6127-0.14170.12930.2057-0.13940.11960.1692-0.032-0.03970.2066-0.00550.2143117.7841-29.2484-27.5856
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 57 through 67 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 68 through 87 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 88 through 120 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 121 through 150 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 151 through 183 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 184 through 195 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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