[日本語] English
万見
- PDB-5kve: Zika specific antibody, ZV-48, bound to ZIKA envelope DIII -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kve
タイトルZika specific antibody, ZV-48, bound to ZIKA envelope DIII
要素
  • Genome polyprotein
  • ZV-48 Antibody scFv
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / Zika virus (ジカウイルス) / envelope protein (エンベロープ (ウイルス)) / viral protein (ウイルスタンパク質) / single-chain variable fragment (単鎖可変領域フラグメント) / structural genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / molecular adaptor activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ヘリカーゼ / symbiont entry into host cell / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / virus-mediated perturbation of host defense response / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / 中心体 / エンベロープ (ウイルス) / lipid binding / host cell nucleus / virion attachment to host cell / GTP binding / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #350 / : / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus ...Immunoglobulin-like - #350 / : / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / 抗体 / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus (ジカ熱ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Zhao, H. / Nelson, C.A. / Fremont, D.H. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Structural Basis of Zika Virus-Specific Antibody Protection.
著者: Zhao, H. / Fernandez, E. / Dowd, K.A. / Speer, S.D. / Platt, D.J. / Gorman, M.J. / Govero, J. / Nelson, C.A. / Pierson, T.C. / Diamond, M.S. / Fremont, D.H.
履歴
登録2016年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月24日Group: Database references
改定 2.02019年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.pdbx_PDB_ins_code / _atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_ins_code / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _entity_poly_seq.entity_id / _entity_poly_seq.num / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_asym_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_ligand_distance / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id / _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.selection_details / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_asym_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_asym_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_asym_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code / _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_seq_id / _struct_site_gen.pdbx_auth_ins_code

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
E: Genome polyprotein
L: ZV-48 Antibody scFv
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,07212
ポリマ－38,3622
非ポリマー70910
水11,115617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area15220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.240, 87.980, 147.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-642-

HOH

21E-728-

HOH

31E-778-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 EL

#1: タンパク質 Genome polyprotein


分子量: 11935.734 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 589-697 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: refolded / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 株: Mr 766 / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: A0A142DS37, UniProt: A0A024B7W1*PLUS
#2: 抗体 ZV-48 Antibody scFv


分子量: 26426.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6, Irf3 knockout / 解説: HYBRIDOMA MONOCLONAL ANTIBODY / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 627分子

#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 617 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate,15 %(w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年5月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→37.441 Å / Num. obs: 44574 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 20.95 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 18.76
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.65-1.690.9892.040.711100
1.69-1.740.8012.590.767199.9
1.74-1.790.593.440.8541100
1.79-1.840.4574.180.9051100
1.84-1.910.4754.080.925194.4
1.91-1.970.2716.570.971194.2
1.97-2.050.2018.980.979199.9
2.05-2.130.1611.950.985199.8
2.13-2.220.12814.280.992199.2
2.22-2.330.10816.470.992197
2.33-2.460.08220.770.9961100
2.46-2.610.06526.390.9971100
2.61-2.790.05330.850.9981100
2.79-3.010.04137.510.9991100
3.01-3.30.03344.210.9991100
3.3-3.690.03245.840.999199.9
3.69-4.260.03148.130.999199.7
4.26-5.220.02460.690.999199.9
5.22-7.380.02261.190.9991100
7.380.02161.040.999194.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.7→48.497 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2127 2078 5.15 %
Rwork0.1868 --
obs0.1881 44558 97.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.497 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2554 0 39 617 3210
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032648
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6673591
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7391563
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046390
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004449
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.7370.32191460.30992547X-RAY DIFFRACTION96
1.737-1.77740.33841430.30012555X-RAY DIFFRACTION96
1.7774-1.82180.29991460.282585X-RAY DIFFRACTION97
1.8218-1.87110.25261260.25442620X-RAY DIFFRACTION97
1.8711-1.92610.25041540.25132581X-RAY DIFFRACTION97
1.9261-1.98830.23421410.22072579X-RAY DIFFRACTION97
1.9883-2.05940.23861390.19952598X-RAY DIFFRACTION98
2.0594-2.14180.23431370.19642630X-RAY DIFFRACTION98
2.1418-2.23930.23871260.19262640X-RAY DIFFRACTION98
2.2393-2.35740.21921540.19572644X-RAY DIFFRACTION98
2.3574-2.50510.22831470.18992641X-RAY DIFFRACTION98
2.5051-2.69850.19711360.18042687X-RAY DIFFRACTION98
2.6985-2.970.21751360.17822683X-RAY DIFFRACTION99
2.97-3.39970.20871470.16192707X-RAY DIFFRACTION99
3.3997-4.28280.18781610.1462713X-RAY DIFFRACTION99
4.2828-48.51620.15781560.16452853X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5584-0.00051.60462.6381-1.33567.1618-0.1741-0.24430.13480.08440.07150.0744-0.65380.32940.10.206-0.060.0050.2152-0.03080.149743.31315.8589165.1202
21.315-0.00050.87472.4058-0.35.85550.00690.2847-0.0803-0.18680.1217-0.2561-0.17940.5077-0.13010.1662-0.04420.03180.21050.02540.200941.988512.4882149.5055
36.37540.43632.67261.0238-0.48462.4069-0.1772-0.15930.19580.07440.0432-0.0349-0.35310.13130.12320.1763-0.02870.01960.17660.01680.100936.175414.5613162.8277
42.0225-2.2185-4.32993.73362.78853.7942-0.4866-0.3705-0.36810.41110.323-0.09560.49720.41260.12820.19710.0253-0.01560.2330.03430.191234.39955.2907158.6356
55.75894.24052.46138.04793.06576.0003-0.20090.31350.0626-0.19410.1514-0.3707-0.3910.98070.03430.1725-0.03870.02460.33750.03240.232448.055514.8436159.5551
62.0415-0.16375.15932.1907-0.27639.4955-0.0930.1037-0.2849-0.50820.16770.1751-0.0201-0.02120.03880.1196-0.01690.02140.13310.00930.207130.239.4413152.0991
72.00780.67220.21232.0046-1.14152.0082-0.0219-1.1331.23030.35760.01171.1422-1.0417-0.22920.03050.34280.02850.01140.314-0.08620.43733.507521.6842164.0568
86.66910.68112.28915.65692.12399.8548-0.09070.51540.0573-0.3802-0.05350.25710.0653-0.42520.09240.2179-0.0522-0.0010.14860.06870.147731.360312.5351148.4889
94.07871.3664-3.04822.88711.1699.6928-0.3768-0.1152-0.45540.143-0.011-0.03870.91580.30770.36210.2650.02760.05240.17980.05060.267919.0254-3.5579171.5716
100.7389-0.5339-1.08632.85342.04762.2658-0.354-0.4326-0.2080.42690.18340.31530.7180.13530.14720.3076-0.01150.06630.47030.10320.226110.22575.388190.968
118.8827-5.0619-8.9889.87289.89522.0077-0.0809-0.63480.0456-0.03510.2032-0.18220.57280.4468-0.08620.23190.050.03030.28270.06450.172218.94391.8257182.2884
125.74781.1178-1.30081.7333-2.17344.8892-0.1092-0.1908-0.1962-0.1277-0.1251-0.13450.17930.61140.21270.13310.03090.01310.20060.0450.121630.73525.2439169.1561
138.69580.1115-1.48370.7585-0.79612.1407-0.0478-0.11560.21030.00170.03180.18140.089-0.49280.0270.1650.00290.02210.3363-0.01210.132711.2411.5044175.4161
143.41330.6424-1.57572.1701-1.14464.53290.0298-0.34020.16360.26250.00060.1211-0.4419-0.062-0.00430.2071-0.00640.00640.2837-0.00730.15621.051915.0538179.4649
152.0411-7.9998-7.72252.04532.00292.023-0.6765-0.9573-0.41570.77720.32070.24040.94340.68770.33830.21980.02390.03250.4036-0.01470.246622.42394.6834181.4963
166.52883.26154.81145.47992.8097.0980.0346-0.09320.29030.0633-0.22020.0454-0.2575-0.31630.15090.18920.04440.0180.3795-0.01730.18078.903114.1825188.2427
171.2359-0.0388-0.17421.44770.6252.1149-0.1993-0.1813-0.22860.08610.0470.09270.32910.12920.12690.16250.01910.02280.16450.02040.153916.9464.0918169.907
184.0985-0.9766-2.34126.88053.62292.0064-0.7938-0.3703-0.55860.8268-0.32011.08220.9881-0.85191.1280.2564-0.02660.08280.59980.03160.29985.44695.344187.8546
196.46936.51450.29042.0695-0.72295.1790.1949-0.19031.32430.2323-0.55611.6439-0.3065-0.5540.40990.21330.08040.00820.2282-0.1060.533-0.134715.055161.4059
206.11533.32791.02537.69471.32283.27850.01070.05330.0391-0.1431-0.36910.0437-0.2035-0.24610.34250.14330.05-0.02580.1799-0.00740.13755.16113.8209155.4598
217.10060.3814-0.79366.0420.14364.56740.0373-0.6826-0.28250.3624-0.17830.54280.4888-0.4190.12420.162-0.03710.02670.2423-0.00910.14338.16325.3477164.4452
225.5537-1.97840.14733.51-1.9279.294-0.13460.37450.1162-0.2931-0.2326-0.2585-0.03270.38210.29810.11380.0064-0.01540.1426-0.01410.147814.63269.374154.62
237.99273.8586-0.09384.6687-0.50094.46350.22670.4893-0.5253-0.0254-0.2286-0.01660.40020.1102-0.02880.23550.02920.01220.1892-0.05720.189712.103-0.8935154.7122
241.7513-1.2880.05158.0682-2.77353.32020.11710.275-0.058-0.2694-0.17650.28410.0259-0.18750.05660.16560.0118-0.04130.1888-0.02460.16575.687812.3932150.8389
254.8920.40751.54431.40341.11574.7254-0.126-0.0451-0.2058-0.108-0.14760.12490.2745-0.08350.28380.14040.01250.03330.1157-0.00140.1216.43416.4614162.4275
262.13365.43134.06177.2053.19025.6248-0.1254-0.29280.07510.0671-0.16490.69880.1406-0.3350.33120.1326-0.01260.0640.2676-0.08660.2552.28119.7573164.6076
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN E AND RESID 303:311 )E303 - 311
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN E AND RESID 312:329 )E312 - 329
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN E AND RESID 330:348 )E330 - 348
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN E AND RESID 349:358 )E349 - 358
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN E AND RESID 359:375 )E359 - 375
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN E AND RESID 376:386 )E376 - 386
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN E AND RESID 387:392 )E387 - 392
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN E AND RESID 393:400 )E393 - 400
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN L AND RESID 0:7 )L0 - 7
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN L AND RESID 8:18 )L8 - 18
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN L AND RESID 19:25 )L19 - 25
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN L AND RESID 26:38 )L26 - 38
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN L AND RESID 39:54 )L39 - 54
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN L AND RESID 55:73 )L55 - 73
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN L AND RESID 74:81 )L74 - 81
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN L AND RESID 82:89 )L82 - 89
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN L AND RESID 90:107 )L90 - 107
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN L AND RESID 108:114 )L108 - 114
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN L AND RESID 129:140 )L129 - 140
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN L AND RESID 141:160 )L141 - 160
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN L AND RESID 161:173 )L161 - 173
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN L AND RESID 174:185 )L174 - 185
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN L AND RESID 186:195 )L186 - 195
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN L AND RESID 196:214 )L196 - 214
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN L AND RESID 215:231 )L215 - 231
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN L AND RESID 232:243 )L232 - 243

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る