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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ku7
タイトルCrystal structure of the TIR domain from the Muscadinia rotundifolia disease resistance protein RPV1
要素TIR-NB-LRR type resistance protein RPV1
キーワードSIGNALING PROTEIN / TIR domain / plant NLR
機能・相同性
機能・相同性情報


NADP+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / positive regulation of programmed cell death / defense response to fungus / ADP binding / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat 3 / ロイシンリッチリピート / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. ...Leucine-rich repeat 3 / ロイシンリッチリピート / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
マロン酸 / Disease resistance protein RPV1
類似検索 - 構成要素
生物種Vitis rotundifolia (マスカディンブドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Williams, S.J. / Ericsson, D.J. / Kobe, B.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号
Australian Research Council (ARC)DP120100685 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP160102244 オーストラリア
引用ジャーナル: Front Plant Sci / : 2016
タイトル: Structure and Function of the TIR Domain from the Grape NLR Protein RPV1.
著者: Williams, S.J. / Yin, L. / Foley, G. / Casey, L.W. / Outram, M.A. / Ericsson, D.J. / Lu, J. / Boden, M. / Dry, I.B. / Kobe, B.
履歴
登録2016年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TIR-NB-LRR type resistance protein RPV1
B: TIR-NB-LRR type resistance protein RPV1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6954
ポリマ-41,4872
非ポリマー2082
61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area16650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.855, 89.117, 113.858
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 TIR-NB-LRR type resistance protein RPV1


分子量: 20743.279 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-193 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vitis rotundifolia (マスカディンブドウ)
遺伝子: RPV1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V9M2S5
#2: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸 / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C3H4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 16% PEG3350, 0.1M Tris pH 8.5 and 2% Tacsimate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→35.947 Å / Num. obs: 19672 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 27.5 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.927 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC1/2: 0.784 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4csr
解像度: 2.3→35.947 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2346 1963 10 %
Rwork0.1799 --
obs0.1853 19625 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 48.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.947 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2810 0 14 34 2858
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082891
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.033894
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8371072
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044400
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005508
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.35750.28641380.24281243X-RAY DIFFRACTION100
2.3575-2.42120.29621370.22121231X-RAY DIFFRACTION100
2.4212-2.49250.2911380.23381240X-RAY DIFFRACTION100
2.4925-2.57290.28021370.23091232X-RAY DIFFRACTION100
2.5729-2.66480.27181380.22291242X-RAY DIFFRACTION100
2.6648-2.77150.28031400.21251252X-RAY DIFFRACTION100
2.7715-2.89760.28641380.20591246X-RAY DIFFRACTION100
2.8976-3.05030.29551370.2161238X-RAY DIFFRACTION100
3.0503-3.24130.25841400.19371254X-RAY DIFFRACTION100
3.2413-3.49130.24441420.18341279X-RAY DIFFRACTION100
3.4913-3.84230.24211390.17581258X-RAY DIFFRACTION100
3.8423-4.39740.19411420.14481272X-RAY DIFFRACTION100
4.3974-5.53710.1781440.14531304X-RAY DIFFRACTION100
5.5371-35.95140.20291530.16011371X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.04050.4064-0.06014.43780.23312.51240.0184-0.13480.07470.1640.0101-0.2717-0.00090.3121-0.03290.295-0.0139-0.02560.3993-0.02580.37643.727327.229159.3363
23.05340.72150.25784.8423-0.24593.4993-0.0274-0.5727-0.17670.4416-0.0664-0.22890.2620.26920.09280.32320.0450.00040.39090.01980.274242.212918.729469.5324
30.97290.3791-1.27932.0921-3.21666.61330.3483-0.9255-0.30270.4187-0.1768-1.28190.18411.1191-0.07770.70290.1187-0.1370.73880.17630.726550.14749.849874.3709
45.2249-4.27574.04124.6011-4.93397.2166-0.1087-0.676-0.55620.25450.310.60420.026-0.4658-0.2020.3862-0.04380.06930.41730.03940.379530.672620.598968.3136
54.6023.92263.52998.55866.05874.8618-0.065-0.15540.18910.2763-0.22640.2692-0.2247-0.5910.27920.32270.02240.02670.24320.03230.329732.168937.13969.0303
63.04541.1893-0.61992.65030.63781.3123-0.1125-0.07880.1161-0.18650.0010.22920.0575-0.31390.13550.2638-0.0197-0.05520.3858-0.02040.34717.248229.504843.9049
74.6855-1.33740.1596.2286-0.90844.53140.01260.81270.0236-0.4465-0.19540.52420.1123-0.33970.10310.3857-0.0421-0.07460.6282-0.09930.445616.648323.292133.8062
82.19050.71380.30372.96030.91721.5415-0.24460.9087-0.4099-0.67930.08820.11020.2898-0.1948-0.09110.5113-0.0828-0.00540.5584-0.17780.386322.789217.895231.6441
96.9787-5.24834.08019.6552-5.07528.05930.41960.84260-0.1186-0.4544-0.64510.21130.5573-0.01940.2996-0.0092-0.00590.408-0.09350.456736.800328.146545.302
108.1567-0.05670.96716.3589-0.15572.8771-0.27571.28440.5596-0.66130.2418-0.4768-0.67720.0613-0.08430.3642-0.0106-0.0350.30370.03340.381529.10941.926737.2196
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 22:68)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 69:141)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 142:149)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 150:171)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 172:192)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 22:83)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 84:109)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 110:165)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 166:178)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 179:188)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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