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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ku7 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the TIR domain from the Muscadinia rotundifolia disease resistance protein RPV1 | |||||||||
要素 | TIR-NB-LRR type resistance protein RPV1 | |||||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / TIR domain / plant NLR | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NADP+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / positive regulation of programmed cell death / defense response to fungus / ADP binding / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Vitis rotundifolia (マスカディンブドウ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Williams, S.J. / Ericsson, D.J. / Kobe, B. | |||||||||
資金援助 | オーストラリア, 2件
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引用 | ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2016 タイトル: Structure and Function of the TIR Domain from the Grape NLR Protein RPV1. 著者: Williams, S.J. / Yin, L. / Foley, G. / Casey, L.W. / Outram, M.A. / Ericsson, D.J. / Lu, J. / Boden, M. / Dry, I.B. / Kobe, B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ku7.cif.gz | 155.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ku7.ent.gz | 123.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ku7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/5ku7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/5ku7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4csrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20743.279 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-193 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vitis rotundifolia (マスカディンブドウ) 遺伝子: RPV1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V9M2S5 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 16% PEG3350, 0.1M Tris pH 8.5 and 2% Tacsimate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→35.947 Å / Num. obs: 19672 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 27.5 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 19.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.927 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC1/2: 0.784 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4csr 解像度: 2.3→35.947 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.947 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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