[日本語] English
万見
- PDB-5ktb: Structure of a complex between S. cerevisiae Csm1 and Mam1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ktb
タイトルStructure of a complex between S. cerevisiae Csm1 and Mam1
要素
  • Monopolin complex subunit CSM1
  • Monopolin complex subunit MAM1
キーワードREPLICATION (DNA複製) / monopolin
機能・相同性
機能・相同性情報


meiotic sister chromatid cohesion involved in meiosis I / microtubule site clamp / chromosome, centromeric core domain / monopolin complex / meiotic sister chromatid segregation / spindle attachment to meiosis I kinetochore / protein localization to nucleolar rDNA repeats / meiotic chromosome segregation / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / rDNA chromatin condensation ...meiotic sister chromatid cohesion involved in meiosis I / microtubule site clamp / chromosome, centromeric core domain / monopolin complex / meiotic sister chromatid segregation / spindle attachment to meiosis I kinetochore / protein localization to nucleolar rDNA repeats / meiotic chromosome segregation / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / rDNA chromatin condensation / homologous chromosome segregation / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / 紡錘体 / 動原体 / 核膜 / 核小体 / identical protein binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Monopolin complex, subunit Mam1 / Monopolin complex protein MAM1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #80 / Monopolin complex subunit Csm1/Pcs1, C-terminal / Csm1/Pcs1, C-terminal domain superfamily / Monopolin complex subunit Csm1/Pcs1 / Csm1 N-terminal domain / Chromosome segregation protein Csm1/Pcs1 / Csm1 N-terminal domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #340 ...Monopolin complex, subunit Mam1 / Monopolin complex protein MAM1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #80 / Monopolin complex subunit Csm1/Pcs1, C-terminal / Csm1/Pcs1, C-terminal domain superfamily / Monopolin complex subunit Csm1/Pcs1 / Csm1 N-terminal domain / Chromosome segregation protein Csm1/Pcs1 / Csm1 N-terminal domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #340 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Monopolin complex subunit CSM1 / Monopolin complex subunit MAM1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Corbett, K.D. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2012
タイトル: Molecular architecture of the yeast monopolin complex.
著者: Corbett, K.D. / Harrison, S.C.
履歴
登録2016年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2016年7月20日ID: 4EMC
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Monopolin complex subunit CSM1
B: Monopolin complex subunit CSM1
C: Monopolin complex subunit MAM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5953
ポリマ－51,5953
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7580 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area21240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.851, 101.851, 225.077
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 Monopolin complex subunit CSM1 / / Chromosome segregation in meiosis protein 1


分子量: 21776.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CSM1, SPO86, YCR086W, YCR86W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25651
#2: タンパク質 Monopolin complex subunit MAM1 / / Monopolar microtubule attachment during meiosis 1 protein 1


分子量: 8042.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MAM1, YER106W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40065

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 6.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES, pH 7.5, 100 mM magnesium chloride, 6% PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月21日
放射モノクロメーター: cryo-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 26073 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 93.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 3.05→3.22 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.991 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3N4X

3n4x


解像度: 3.05→24.92 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2406 1312 5.04 %
Rwork0.2132 --
obs0.2146 26017 98.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→24.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2834 0 0 0 2834
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092876
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1583883
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0671761
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007494
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0501-3.1720.35991460.35822701X-RAY DIFFRACTION99
3.172-3.31610.34371410.31112725X-RAY DIFFRACTION99
3.3161-3.49050.31721490.27182718X-RAY DIFFRACTION99
3.4905-3.70850.29831490.25372736X-RAY DIFFRACTION99
3.7085-3.99380.24811500.20122759X-RAY DIFFRACTION99
3.9938-4.39370.18911500.17362763X-RAY DIFFRACTION99
4.3937-5.0250.18261700.16282740X-RAY DIFFRACTION99
5.025-6.31380.26071450.22382783X-RAY DIFFRACTION98
6.3138-24.92040.2231120.19882780X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4599-0.09220.7915-0.0191-0.34692.1066-0.13780.2950.04170.40180.2923-0.03960.36590.0843-0.10641.12440.6009-0.25750.80840.01540.6206-66.837125.325122.2876
20.4245-0.53030.69190.8243-1.2231.4669-0.17760.50830.11450.41360.1175-0.1470.19760.0402-0.12621.02890.5386-0.19440.9161-0.04140.6269-59.406619.192612.164
30.4195-0.0553-0.29710.3597-0.4070.76070.25430.27360.2425-0.9212-0.16620.1491-0.0770.14290.16431.41970.5987-0.25880.9823-0.13730.7629-48.15686.306321.7697
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る