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- PDB-5kn0: Native bovine skeletal calsequestrin, low-Ca2+ form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kn0
タイトルNative bovine skeletal calsequestrin, low-Ca2+ form
要素Calsequestrin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / calsequestrin / polymer (重合体) / calcium (カルシウム) / glycosylation (グリコシル化)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / regulation of store-operated calcium entry / Stimuli-sensing channels / Ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum organization / sarcomere organization / protein polymerization / sarcoplasmic reticulum membrane / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol ...regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / regulation of store-operated calcium entry / Stimuli-sensing channels / Ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum organization / sarcomere organization / protein polymerization / sarcoplasmic reticulum membrane / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Z disc / response to heat / ミトコンドリアマトリックス / calcium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Calsequestrin / Calsequestrin, conserved site / Calsequestrin, middle TRX-fold domain / Calsequestrin, N-terminal TRX-fold domain / Calsequestrin, C-terminal TRX-fold domain / Calsequestrin / Calsequestrin signature 1. / Calsequestrin signature 2. / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Calsequestrin / Calsequestrin, conserved site / Calsequestrin, middle TRX-fold domain / Calsequestrin, N-terminal TRX-fold domain / Calsequestrin, C-terminal TRX-fold domain / Calsequestrin / Calsequestrin signature 1. / Calsequestrin signature 2. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.729 Å
データ登録者Lewis, K.M. / Byrd, S. / Kang, C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM11125401 米国
M.J. Murdock Charitable Trust 米国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2016
タイトル: Characterization of Post-Translational Modifications to Calsequestrins of Cardiac and Skeletal Muscle.
著者: Lewis, K.M. / Munske, G.R. / Byrd, S.S. / Kang, J. / Cho, H.J. / Rios, E. / Kang, C.
履歴
登録2016年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calsequestrin
B: Calsequestrin
C: Calsequestrin
D: Calsequestrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,61437
ポリマ－166,2174
非ポリマー3,39733
水59433
1
A: Calsequestrin
B: Calsequestrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,74619
ポリマ－83,1092
非ポリマー1,63717
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8850 Å2
ΔGint-185 kcal/mol
Surface area33110 Å2
手法PISA
2
C: Calsequestrin
D: Calsequestrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,86818
ポリマ－83,1092
非ポリマー1,75916
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8680 Å2
ΔGint-171 kcal/mol
Surface area33650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.342, 92.994, 101.849
Angle α, β, γ (deg.)71.12, 84.57, 73.48
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Calsequestrin /


分子量: 41554.277 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 35-395 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q05JF3

-
糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 62分子

#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES, 27.5 % 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.729→49.664 Å / Num. obs: 52550 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.0318 / Net I/σ(I): 14.84
反射 シェル解像度: 2.729→2.827 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.3289 / Mean I/σ(I) obs: 2.55 / Num. measured obs: 5026 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
HKL-2000v712データ削減
HKL-2000v712データスケーリング
PHENIX1.10_2155位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3trp

3trp


解像度: 2.729→49.664 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 30.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2405 2000 3.81 %
Rwork0.1963 --
obs0.198 52529 98.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.729→49.664 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11267 0 99 33 11399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00511604
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70615797
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8076937
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471729
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042085
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7287-2.79690.40421330.35493351X-RAY DIFFRACTION92
2.7969-2.87250.35141430.32823645X-RAY DIFFRACTION98
2.8725-2.95710.3921420.31043571X-RAY DIFFRACTION98
2.9571-3.05250.34321440.29523633X-RAY DIFFRACTION99
3.0525-3.16160.3061440.28533648X-RAY DIFFRACTION99
3.1616-3.28810.30811430.25373609X-RAY DIFFRACTION99
3.2881-3.43770.29861440.22823648X-RAY DIFFRACTION99
3.4377-3.61890.26211430.21683602X-RAY DIFFRACTION99
3.6189-3.84560.23631440.19553625X-RAY DIFFRACTION99
3.8456-4.14240.22341440.1683651X-RAY DIFFRACTION99
4.1424-4.5590.18711440.1433644X-RAY DIFFRACTION99
4.559-5.21810.17661440.14083638X-RAY DIFFRACTION99
5.2181-6.57180.22141440.17743642X-RAY DIFFRACTION99
6.5718-49.67180.20831440.16943622X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5679-0.6097-0.32140.7714-0.05391.29820.06260.02670.09820.0872-0.16270.0698-1.1640.1220.00020.88980.0824-0.03020.5916-0.02340.5766-69.5257-87.690739.1665
20.96690.0953-0.86451.14910.39360.96980.2594-0.13310.00610.4437-0.1534-0.2295-0.56530.24990.00020.94960.0268-0.08360.5785-0.04970.5324-63.7042-90.87241.8177
30.05480.0608-0.11330.0575-0.17661.44960.19480.11250.2352-0.1491-0.1574-0.0755-0.0823-0.36080.00010.62060.0472-0.06970.7204-0.04560.535-75.0966-105.532232.2316
40.5002-0.35660.49741.4552-1.21411.10140.20410.0862-0.1804-0.656-0.15910.15890.0101-0.40570.00030.5820.003-0.15910.7976-0.12620.7458-84.6703-118.089432.1545
50.1292-0.1730.14480.5566-0.52280.49150.1329-0.5485-0.8007-0.3487-0.3285-0.16790.0138-0.16570.00020.5671-0.1471-0.04310.6989-0.00160.6713-78.0687-122.367139.123
61.49650.7725-0.3850.7855-0.32860.1553-0.1148-0.0368-0.2063-0.52980.17290.24590.0285-0.1275-0.00030.6293-0.0404-0.08910.49390.06150.6545-59.1752-116.698829.5464
70.3780.1387-0.13330.0495-0.04910.0462-0.5946-0.1894-0.9178-0.5514-0.0873-0.3188-0.3396-1.05130.00360.8644-0.13160.13390.67430.04320.7811-64.4044-129.676429.718
80.77620.3562-0.54660.39850.22421.3401-0.0494-0.0467-0.22850.2035-0.0794-0.33530.1004-0.02120.00010.58630.0034-0.04380.54480.06890.7396-50.4042-116.224227.9412
90.2193-0.08220.10830.0277-0.04080.0535-0.13950.2814-0.82210.64030.3122-0.7611-1.1482-0.0876-0.0011.13210.19110.28320.64550.02351.026-51.8031-131.740124.9583
100.42920.02150.09220.7703-0.56390.43410.0306-0.1342-0.1410.4387-0.0764-0.2364-0.50440.088800.6559-0.0626-0.13020.55440.03670.6059-42.813-88.883925.4947
111.66970.9343-0.01470.6224-0.14881.02540.0626-0.0340.18950.4001-0.1043-0.014-0.7830.10410.00020.6811-0.0577-0.09050.58830.06740.6673-48.3208-84.716222.3143
121.0469-0.6552-0.34221.06790.24911.9493-0.0322-0.0279-0.19830.0013-0.0853-0.33570.07410.1142-00.4547-0.01880.03980.50620.05510.6113-47.4088-107.35084.8879
130.3510.1586-0.40420.7846-0.54851.28380.52720.44370.1244-0.5353-0.4819-0.0065-0.1382-0.142100.71560.05590.02820.59950.00130.6223-52.1501-105.3117-7.1989
140.9141-0.1205-1.00921.61450.05462.5431-0.11750.25520.0319-0.2951-0.15440.1477-0.3248-0.63370.00010.58840.1175-0.12620.7226-0.08460.506-71.162-98.03338.2793
150.266-0.1013-0.16440.2825-0.04020.14040.3240.64210.1288-0.2379-0.05370.489-0.356-0.86980.00570.56940.12-0.11631.2408-0.14610.8073-83.8636-102.7672.299
161.10780.8751-0.14450.692-0.03520.6463-0.0574-0.1827-0.24990.23140.08730.39610.7041-1.02780.00030.6029-0.08990.04670.8315-0.06220.6742-81.5022-120.144868.0775
170.2059-0.03130.23720.17420.0080.27970.20290.1628-0.1846-0.3431-0.2092-0.04110.4331-0.3079-0.00010.6436-0.02930.05840.65930.03350.6702-71.2341-124.931267.4868
181.6131-0.12980.02860.221-0.2851.0136-0.26030.0778-0.1399-0.3381-0.09920.2138-0.0901-0.3397-0.00150.626-0.0683-0.00620.62930.01420.5959-73.1082-113.107663.1674
191.4735-0.5421-1.00191.1358-0.67311.7956-0.0175-0.15260.0713-0.1399-0.0183-0.0476-0.4836-0.08260.00020.75090.0934-0.00940.5681-0.02280.5369-71.3769-88.346174.1829
201.2833-0.17750.18131.9116-0.19181.9439-0.20980.1397-0.0076-0.32240.1726-0.1755-0.24350.12880.00010.5739-0.07470.12160.5486-0.01550.5959-50.4209-104.89374.9945
210.5989-0.5497-0.08130.49550.0740.0093-0.2901-0.03010.1385-0.0230.3342-1.1413-0.02720.93370.00190.569-0.11540.15460.8516-0.09060.9087-37.7887-101.116177.2846
220.40660.0599-0.70681.0132-0.17311.1572-0.26610.0297-0.151-0.68920.2201-0.26840.8352-0.04670.00010.82740.04970.07520.5729-0.00740.6693-57.1748-136.763378.6617
230.4161-0.2716-0.49590.3940.23270.6288-0.14210.9988-0.5113-0.25220.25750.02420.4782-0.11670.00050.7721-0.00780.02620.6180.030.6742-63.9003-132.185176.8656
240.7127-0.8863-0.13121.201-0.09690.6439-0.161-0.1902-0.41420.34550.1379-0.04750.3048-0.238-00.72450.01790.14790.53580.05280.6179-60.3914-134.673389.1599
251.73880.0723-0.19511.2055-0.51812.15690.1996-0.07410.04550.0456-0.3022-0.3126-0.0790.06890.00010.5945-0.06790.00810.54130.06340.6873-47.4792-117.7215105.9938
260.8654-0.1660.76590.9691-0.50471.8724-0.0143-0.08150.05980.1696-0.01010.1286-0.1552-0.3316-00.54190.00270.10690.61620.00210.535-72.6024-112.401697.5234
270.4004-0.02140.11870.2147-0.13320.1073-0.0417-0.53550.14880.6566-0.12970.4368-0.1129-0.35510.00080.95070.29030.13150.9307-0.06630.7882-79.4785-101.2266104.4905
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 3:42)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 43:91)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 92:142)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 143:204)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 205:232)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 233:266)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 267:282)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 283:329)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 330:348)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 3:42)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 43:98)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 99:190)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 191:228)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 229:324)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 325:348)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain C and resid 4:37)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain C and resid 38:70)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain C and resid 71:123)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain C and resid 124:228)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain C and resid 229:319)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain C and resid 320:348)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain D and resid 3:42)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain D and resid 43:73)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain D and resid 74:123)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain D and resid 124:228)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain D and resid 229:324)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain D and resid 325:348)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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