+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5kii | ||||||
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Title | PSEUDO T4 LYSOZYME MUTANT - Y88PHE-METHYL | ||||||
Components | EndolysinLysin | ||||||
Keywords | HYDROLASE / HALOGEN BONDS / T4 LYSOZYME | ||||||
Function / homology | Function and homology information viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Enterobacteria phage T4 (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.56 Å | ||||||
Authors | Scholfield, M.R. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2017 Title: Structure-Energy Relationships of Halogen Bonds in Proteins. Authors: Scholfield, M.R. / Ford, M.C. / Carlsson, A.C. / Butta, H. / Mehl, R.A. / Ho, P.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5kii.cif.gz | 59.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5kii.ent.gz | 40.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5kii.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/5kii ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/5kii | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5khzC 5ki1C 5ki2C 5ki3C 5ki8C 5kigC 5kimC 5kioC 1l63S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19455.271 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterobacteria phage T4 (virus) / Plasmid: PBAD / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)PLYSS / References: UniProt: P00720, lysozyme |
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#2: Chemical | ChemComp-HED / |
#3: Chemical | ChemComp-PO4 / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.9 Details: 2.0M KP04, 50mM 2-HYDROXYETHYLDISULFIDE, 50mM 2-MERCAPTOETHANOL, PH 6.9 PH range: 6.6-7.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-003 / Wavelength: 1.54 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 200K / Detector: PIXEL / Date: Mar 1, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.56→50 Å / Num. obs: 29084 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 16.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 2.252 / Net I/av σ(I): 43.565 / Net I/σ(I): 18 / Num. measured all: 361463 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1L63 Resolution: 1.56→45.787 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 22.09
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 58.78 Å2 / Biso mean: 19.8427 Å2 / Biso min: 8.46 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.56→45.787 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27
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