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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5k71 | ||||||
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タイトル | apo Dbr1 | ||||||
要素 | RNA lariat debranching enzyme, putative | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / metalloenzyme (金属タンパク質) / apo-enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA lariat debranching enzyme activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / RNA splicing, via transesterification reactions / mRNA splicing, via spliceosome / manganese ion binding / iron ion binding / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / zinc ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.57 Å | ||||||
データ登録者 | Clark, N.E. / Taylor, A.B. / Hart, P.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016 タイトル: The RNA lariat debranching enzyme Dbr1: metal dependence and branched RNA co-crystal structures 著者: Clark, N.E. / Katolik, A. / Roberts, K. / Taylor, A.B. / Holloway, S.P. / Schuermann, J.P. / Montemayor, E.J. / Stevens, S.W. / Fitzpatrick, P.F. / Damha, M.J. / Hart, P.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5k71.cif.gz | 722 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5k71.ent.gz | 606 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5k71.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/5k71 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/5k71 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41213.266 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ) 遺伝子: EHI_062730 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: C4M1P9 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 3350, lithium sulfate, glycerol, bis-tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.57→107.15 Å / Num. obs: 134191 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.57→2.63 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 4PEF 解像度: 2.57→107.15 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.25 / 位相誤差: 25.38 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.57→107.15 Å
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拘束条件 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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