PDB-5k5y: Crystal structure of truncated FlgD (monoclinic form) from the hu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k5y

タイトル

Crystal structure of truncated FlgD (monoclinic form) from the human pathogen Helicobacter pylori (strain 26695)

要素

Basal-body rod modification protein FlgD

キーワード

MOTOR PROTEIN (モータータンパク質) /

flagellin component D (フラジェリン)

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Kekez, I. / Cendron, L. / Stojanovic, M. / Zanotti, G. / Matkovic-Calogovic, D.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Croatica Chemica Acta / 年: 2016
タイトル: Structure and Stability of FlgD from the Pathogenic 26695 Strain of Helicobacter pylori
著者: Kekez, I. / Cendron, L. / Stojanovic, M. / Zanotti, G. / Matkovic-Calogovic, D.

履歴

登録	2016年5月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5k5y.cif.gz	125.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5k5y.ent.gz	98.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5k5y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/5k5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/5k5y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zzkS 4zzf S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4zzf-1 1y4m-2 4gs7-d 1m7g-4 2y0f-2 4mbs-d 6akx-d 5hgi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Basal-body rod modification protein FlgD

B: Basal-body rod modification protein FlgD

C: Basal-body rod modification protein FlgD

D: Basal-body rod modification protein FlgD

65.8 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Basal-body rod modification protein FlgD

B: Basal-body rod modification protein FlgD

A: Basal-body rod modification protein FlgD

B: Basal-body rod modification protein FlgD

登録者が定義した集合体
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2

D: Basal-body rod modification protein FlgD

C: Basal-body rod modification protein FlgD

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3

C: Basal-body rod modification protein FlgD

D: Basal-body rod modification protein FlgD

登録者が定義した集合体
65.8 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.510, 34.000, 133.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.90, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 127 - 272 / Label seq-ID: 1 - 146

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Basal-body rod modification protein FlgD 分子量: 16448.518 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌) 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: HP_0907 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O25565
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: PEG 1500, succinic acid, sodium dihydrogen phosphate, glycine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.99988 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99988 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→76.58 Å / Num. obs: 16477 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 2.7 % / Net I/σ(I): 4.9
反射シェル	最高解像度: 2.8 Å / R_merge(I) obs: 0.586

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
iMOSFLM	7.2.1.	データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZZK

4zzk

解像度: 2.85→62.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 20.558 / SU ML: 0.365 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.424 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25561	798	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22678	-	-	-
obs	0.22825	14806	93.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.249 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	-0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	0.09 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.85→62.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4624	0	0	17	4641

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	4708
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	4496
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.488	1.967	6324
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.425	3	10424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.963	5	580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.236	26.379	232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.936	15	888
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.436	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	664
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	5380
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.403	6.618	2332
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.403	6.616	2331
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.684	9.905	2908
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.682	9.908	2909
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.476	7.094	2376
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.475	7.096	2377
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.096	10.381	3417
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	15.111	61.259	18530
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	15.111	61.264	18530
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	17062	0.09
1	2	B	17062	0.09
2	1	A	16910	0.1
2	2	C	16910	0.1
3	1	A	16950	0.09
3	2	D	16950	0.09
4	1	B	16792	0.1
4	2	C	16792	0.1
5	1	B	16808	0.1
5	2	D	16808	0.1
6	1	C	16946	0.09
6	2	D	16946	0.09

LS精密化シェル

解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.34	50	-
R_work	0.386	1051	-
obs	-	-	92.91 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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