PDB-5jxu: Structural basis for the catalytic activity of Thermomonospora cu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jxu

タイトル

Structural basis for the catalytic activity of Thermomonospora curvata heme-containing DyP-type peroxidase.

要素

Dyp-type peroxidase family

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / heme-containing

機能・相同性

機能・相同性情報

peroxidase activity /

heme binding /

metal ion binding /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermomonospora curvata (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.751 Å

データ登録者

Ramyar, K.X. / Carlson, E.A. / Li, P. / Geisbrecht, B.V.

引用

ジャーナル: ACS Catal / 年: 2016
タイトル: Identification of Surface-Exposed Protein Radicals and A Substrate Oxidation Site in A-Class Dye-Decolorizing Peroxidase from Thermomonospora curvata.
著者: Shrestha, R. / Chen, X. / Ramyar, K.X. / Hayati, Z. / Carlson, E.A. / Bossmann, S.H. / Song, L. / Geisbrecht, B.V. / Li, P.

履歴

登録	2016年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jxu.cif.gz	314.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jxu.ent.gz	255.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jxu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/5jxu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/5jxu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gt2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5map-d 6gzw-d 6qzo-3 6qzo-1 4gt2-2 4gt2-1 6phy-d 6qzo-4 3o72-2 4fnq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (2)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (2)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dyp-type peroxidase family

B: Dyp-type peroxidase family

ヘテロ分子

88.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.296, 92.319, 97.187
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Dyp-type peroxidase family / 分子量: 43678.023 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 31-403 / 由来タイプ: 組換発現詳細: CRYSTALLIZABLE PRODUCT GENERATED BY SUBTILISIN A TREATMENT. 由来: (組換発現) Thermomonospora curvata (バクテリア) 遺伝子: Tcur_2987 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: D1A807
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 593 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.03 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM Sodium succinate, 15% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月25日
放射	モノクロメーター: Si (220) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7508→50 Å / Num. obs: 70570 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / B_iso Wilson estimate: 27.61 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/av σ(I): 23.36 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.7508→1.81 Å / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. measured obs: 6938 / CC_1/2: 0.415 / R_pim(I) all: 0.704 / Χ²: 1.046

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2386: ???)	精密化
HKL-2000	2.3.8	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000	2.3.8	データ削減
PHENIX	dev_1839	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GT2

4gt2

解像度: 1.751→35.913 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2248	7058	10.01 %
R_work	0.1646	-	-
obs	0.1704	70539	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.751→35.913 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5578	0	86	593	6257

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.024	5816
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.206	7932
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.114	3438
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.267	828
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1060

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7508-1.7707	0.3862	191	0.3508	2064	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7707-1.7915	0.3861	266	0.3142	2042	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7915-1.8133	0.3559	220	0.316	2097	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8133-1.8363	0.3419	230	0.2898	2101	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8363-1.8605	0.305	252	0.2675	2073	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8605-1.8859	0.3086	192	0.2475	2151	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8859-1.9129	0.2916	248	0.2488	2060	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9129-1.9414	0.3216	261	0.2492	2087	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9414-1.9718	0.2968	197	0.2396	2124	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9718-2.0041	0.3116	251	0.2381	2077	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0041-2.0387	0.2864	233	0.2136	2105	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0387-2.0757	0.2612	233	0.2035	2079	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0757-2.1156	0.2338	224	0.1887	2117	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1156-2.1588	0.2332	240	0.183	2088	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1588-2.2058	0.2267	234	0.1854	2111	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2058-2.2571	0.2328	224	0.1779	2120	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2571-2.3135	0.2537	237	0.1819	2119	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3135-2.376	0.2461	246	0.181	2082	X-RAY DIFFRACTION	100
2.376-2.4459	0.2305	240	0.1733	2096	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4459-2.5249	0.2153	209	0.1761	2138	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5249-2.6151	0.2394	251	0.1735	2118	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6151-2.7197	0.2302	275	0.173	2081	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7197-2.8435	0.2219	158	0.1701	2189	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8435-2.9933	0.2395	303	0.1817	2066	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9933-3.1808	0.2118	280	0.1785	2100	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1808-3.4262	0.2457	89	0.1622	2293	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4262-3.7706	0.19	357	0.1374	2038	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7706-4.3154	0.1718	339	0.1296	2062	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3154-5.434	0.2415	21	0.1018	2414	X-RAY DIFFRACTION	100
5.434-35.9201	0.1982	357	0.1169	2189	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3071	0.288	0.4468	1.8236	0.3248	1.2908	0.1019	-0.0372	-0.1115	0.3246	-0.0041	-0.2571	0.0536	0.1454	-0.0512	0.194	-0.0068	-0.0475	0.1878	-0.0043	0.1857	-33.6505	-14.0943	16.6304
2	1.4891	1.5391	-1.5618	2.5839	-1.2895	2.6332	0.041	0.138	0.0556	-0.3792	0.0381	-0.245	-0.34	0.1049	-0.1045	0.376	-0.0698	0.0451	0.2777	-0.0135	0.2734	-28.0174	6.8772	-0.6258
3	1.23	-0.2206	0.2729	2.8364	0.2172	1.2138	0.0814	0.0624	-0.1139	0.0822	-0.0133	-0.39	-0.0612	0.2441	-0.0608	0.2418	-0.0536	-0.0604	0.2259	-0.0194	0.2649	-29.05	-3.82	15.3779
4	1.8083	-0.2284	0.0362	0.3343	-0.4655	0.7292	0.1661	0.2987	0.2346	-0.2554	-0.2796	0.2296	-0.577	-0.392	0.091	0.4144	0.1613	-0.0657	0.3366	-0.0307	0.2887	-62.099	4.0982	0.9885
5	2.9048	0.7935	-0.7404	6.1343	-1.6442	2.014	0.135	0.3595	0.3754	-0.3516	-0.2153	-0.0333	-0.8574	-0.2087	0.1222	0.4943	0.1021	-0.0058	0.3123	0.051	0.2586	-49.7905	3.5844	-4.2867
6	1.7996	-0.1434	-0.6183	0.9896	-0.1676	1.6334	0.0629	-0.0376	0.2524	0.1394	-0.2671	0.4677	-0.4819	-0.5212	0.0112	0.3085	0.09	0.0004	0.3444	-0.1743	0.3939	-69.4457	2.13	14.2849
7	3.7998	-2.0317	-1.7825	4.1168	1.3248	2.5625	0.3076	0.0559	0.6263	-0.0949	-0.111	-0.03	-0.6956	-0.0412	-0.144	0.2704	0.0011	-0.0032	0.1938	-0.036	0.2335	-54.9624	5.5033	9.0693
8	1.9584	-0.2819	-0.001	0.601	0.433	1.1014	-0.0117	0.1485	-0.0013	-0.0084	-0.2691	0.4582	-0.0495	-0.4579	0.0662	0.1845	0.017	-0.0259	0.3303	-0.1034	0.3532	-67.8078	-12.2418	7.0663
9	6.5259	4.8444	2.5423	6.2162	2.2894	2.2495	0.467	-0.3959	-0.6647	0.5644	-0.2041	-0.3026	0.3845	-0.1353	-0.2414	0.3986	-0.0568	0.028	0.2899	0.052	0.4076	-63.959	-28.6801	18.7501
10	1.7448	0.5669	-0.4597	3.0789	-0.9156	1.4595	-0.1635	0.0387	-0.3197	0.0807	0.1715	0.6732	0.3634	-0.4291	-0.0531	0.2897	-0.0729	0.0984	0.3142	-0.0722	0.4517	-73.0726	-22.7367	16.1949
11	9.0994	-1.3223	7.8233	2.4088	-0.834	8.1777	-0.0006	-0.5396	-0.1253	0.3716	-0.0421	0.1836	-0.0159	-0.2666	0.0577	0.2295	-0.0165	0.0892	0.2617	-0.0358	0.2074	-56.5972	-10.2196	20.6557
12	1.4749	-0.473	0.0427	1.7354	0.5685	1.2977	0.0408	0.0627	-0.0728	0.0329	-0.3269	0.5592	-0.1095	-0.6388	0.0456	0.2409	0.0698	0.0088	0.4433	-0.1698	0.3919	-72.5886	-5.4218	13.0011

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 44 through 252 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 253 through 327 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 328 through 397 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 44 through 94 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 95 through 113 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 114 through 165 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 166 through 193 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 194 through 252 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 253 through 289 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 290 through 327 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 328 through 346 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 347 through 397 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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