+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5jn2 | ||||||
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Title | Crystal structure of TgCDPK1 bound to NVPACU106 | ||||||
Components | Calmodulin-domain protein kinase 1 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Kinase / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
Function / homology | Function and homology information calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calmodulin-dependent protein kinase activity / calmodulin binding / intracellular signal transduction / phosphorylation / calcium ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Toxoplasma gondii (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | El Bakkouri, M. / Walker, J.R. / Loppnau, P. / Graslund, S. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Lovato, D.V. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of TgCDPK1 bound to NVPACU106 Authors: El Bakkouri, M. / Walker, J.R. / Loppnau, P. / Graslund, S. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Lovato, D.V. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5jn2.cif.gz | 343.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5jn2.ent.gz | 278.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5jn2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/5jn2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/5jn2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4ih8S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 59533.410 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Toxoplasma gondii (eukaryote) / Gene: CDPK1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9BJF5 |
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#2: Chemical | ChemComp-6LO / |
#3: Chemical | ChemComp-CA / |
#4: Chemical | ChemComp-EDO / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.96 Å3/Da / Density % sol: 37.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 25% PEG 8000, 0.2 M NaCl, 0.1 M Hepes pH7.5, 15 % Glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.97915 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Aug 12, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 22622 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 57.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 1.436 / Net I/av σ(I): 38.653 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 95997 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4IH8 Resolution: 2.2→48.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9296 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9161 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.308 / SU Rfree Blow DPI: 0.225
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Displacement parameters | Biso max: 172.07 Å2 / Biso mean: 73.72 Å2 / Biso min: 30 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.342 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.2→48.12 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.31 Å / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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