PDB-5ji6: Potent, Reversible MetAP2 Inhibitors via FBDD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ji6

タイトル

Potent, Reversible MetAP2 Inhibitors via FBDD

要素

Methionine aminopeptidase 2

メチオニルアミノペプチダーゼ

キーワード

Hydrolase4/Hydrolase Inhibitor /

Hydrolase (加水分解酵素) /

peptidase (プロテアーゼ) /

metal ion binding (金属) /

proteolysis (タンパク質分解) / Hydrolase4-Hydrolase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

N-terminal protein amino acid modification / peptidyl-methionine modification / initiator methionyl aminopeptidase activity /

メチオニルアミノペプチダーゼ /

metalloexopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity /

aminopeptidase activity / protein processing / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade /

RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Dougan, D.R. / Lawson, J.D.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Discovery of potent, reversible MetAP2 inhibitors via fragment based drug discovery and structure based drug design-Part 1.
著者: Cheruvallath, Z. / Tang, M. / McBride, C. / Komandla, M. / Miura, J. / Ton-Nu, T. / Erikson, P. / Feng, J. / Farrell, P. / Lawson, J.D. / Vanderpool, D. / Wu, Y. / Dougan, D.R. / Plonowski, A. ...

履歴

登録	2016年4月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月15日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ji6.cif.gz	160.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ji6.ent.gz	131.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ji6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/5ji6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/5ji6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jhuC 5jfr C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5d6e-d 1yw9-d 2ea2-d 2ga2-d 1r5g-d 1r5h-d 1yw7-d 7a14-d 1r58-d 5jfr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Methionine aminopeptidase 2

ヘテロ分子

41.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.962, 100.100, 99.469
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Methionine aminopeptidase 2 / メチオニルアミノペプチダーゼ / MetAP 2 / Initiation factor 2-associated 67 kDa glycoprotein / p67eIF2 / Peptidase M 分子量: 41355.977 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 87-455 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METAP2, MNPEP, P67EIF2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): sf9 参照: UniProt: P50579, メチオニルアミノペプチダーゼ
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-6KN / 4-(3-methylpyridin-4-yl)-6-(trifluoromethyl)-1H-indazole 分子量: 277.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₀F₃N₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: 24.% PEG MME 2000, 0.05M MES pH 5.9, 0.0175M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9765 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9765 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 24715 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Χ²: 1.071 / Net I/av σ(I): 23.083 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 135595

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.15-2.19	4.9	0.916	1	98.9
2.19-2.23	5.2	0.784	1	99.8
2.23-2.27	5.4	0.748	1	100
2.27-2.32	5.5	0.622	1	100
2.32-2.37	5.6	0.603	1	100
2.37-2.42	5.6	0.505	1	100
2.42-2.48	5.6	0.471	1	100
2.48-2.55	5.6	0.371	1	100
2.55-2.62	5.6	0.295	1	100
2.62-2.71	5.6	0.276	1	100
2.71-2.81	5.5	0.234	1	100
2.81-2.92	5.6	0.164	1	100
2.92-3.05	5.6	0.13	1	100
3.05-3.21	5.6	0.093	1	100
3.21-3.41	5.6	0.071	1	100
3.41-3.68	5.6	0.053	1	99.9
3.68-4.05	5.5	0.043	1	99.8
4.05-4.63	5.5	0.034	1	99.8
4.63-5.83	5.5	0.033	1	99.7
5.83-50	5.2	0.028	1	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0025	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XFIT		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 12.023 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.182
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2297	1250	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1821	-	-	-
obs	0.1844	23252	99.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 147.27 Å² / B_iso mean: 54.495 Å² / B_iso min: 23.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.87 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.85 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.15→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2890	0	27	132	3049
B_iso mean	-	-	68.57	53.17	-
残基数	-	-	-	-	368

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	2985
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.178	1.972	4048
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.842	5	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.139	24.412	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.463	15	516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.13	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	442
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	2272

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.378	115	-
R_work	0.29	1660	-
all	-	1775	-
obs	-	-	99.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0571	-0.2261	-0.0875	3.3868	-0.5191	1.5589	-0.0817	-0.2263	-0.6708	-1.2493	-0.0729	0.5926	0.6087	0.0861	0.1545	0.5925	0.0368	-0.1175	0.1259	0.0004	0.289	19.8932	12.2014	1.9128
2	0.348	0.4219	-0.611	3.2136	-0.5074	1.1293	-0.1908	0.0712	0.0376	-0.8258	0.2144	0.6444	0.387	-0.0588	-0.0236	0.3422	0.0041	-0.1938	0.1259	-0.0366	0.1782	21.5779	17.0729	2.7056
3	0.5219	-0.0472	0.3887	3.703	-0.6104	1.6098	0.0868	0.015	0.0203	-0.1043	-0.0331	0.0943	0.0305	0.0983	-0.0538	0.019	0.0016	0.0047	0.1004	-0.0149	0.0237	30.6576	28.6705	14.0506
4	0.6491	-0.1049	0.2964	3.3976	-0.33	1.9017	-0.0056	-0.1275	-0.1338	0.2768	0.0984	0.9976	0.1988	-0.3178	-0.0928	0.13	-0.0697	0.0541	0.1484	0.0411	0.3375	16.945	13.2437	23.488
5	0.6637	-0.103	0.9769	2.8782	-0.9389	3.5141	0.0264	-0.1641	-0.0165	0.4061	0.0992	1.0949	0.0437	-0.5316	-0.1256	0.1297	-0.0269	0.1364	0.1677	0.0333	0.4614	14.885	21.2816	22.8952
6	0.0743	-0.4943	0.0337	3.7707	-1.287	2.7664	-0.0263	-0.0013	-0.1367	0.3149	0.1928	0.9857	-0.3254	-0.2826	-0.1665	0.0473	0.0322	0.0711	0.1381	0.0154	0.3054	16.9571	41.4909	15.0949
7	0.2176	-1.009	0.0024	5.0454	-0.4214	2.3898	0.1108	-0.0202	-0.0761	-0.2428	0.1304	0.6033	-0.3473	-0.1701	-0.2413	0.1874	0.0216	0.0344	0.1212	-0.0012	0.2363	20.4886	47.9506	5.7046
8	0.3145	-0.2915	0.2382	3.2962	-0.7249	1.497	0.0962	-0.0205	-0.0013	0.0461	0.0233	0.6264	-0.0116	-0.1259	-0.1194	0.0389	-0.0104	0.0281	0.0938	-0.0048	0.1402	22.2194	31.6639	14.8877

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	110 - 149
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	150 - 189
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	190 - 269
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	270 - 309
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	310 - 374
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	375 - 394
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	395 - 414
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	415 - 478

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関連情報:EMDBヘッダ

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