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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jer | ||||||
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タイトル | Structure of Rotavirus NSP1 bound to IRF-3 | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Viral Immunity | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IRF3 mediated activation of type 1 IFN / MDA-5 signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / macrophage apoptotic process / host cytoskeleton / programmed necrotic cell death / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / signal transduction involved in regulation of gene expression / IRF3-mediated induction of type I IFN / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production ...IRF3 mediated activation of type 1 IFN / MDA-5 signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / macrophage apoptotic process / host cytoskeleton / programmed necrotic cell death / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / signal transduction involved in regulation of gene expression / IRF3-mediated induction of type I IFN / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / cGAS/STING signaling pathway / 転写 (生物学) / toll-like receptor 4 signaling pathway / TRAF6 mediated IRF7 activation / DNA-binding transcription activator activity / immune system process / type I interferon-mediated signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / antiviral innate immune response / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of type I interferon production / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / positive regulation of interferon-beta production / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Evasion by RSV of host interferon responses / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / promoter-specific chromatin binding / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / ISG15 antiviral mechanism / cellular response to virus / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / sequence-specific double-stranded DNA binding / TRAF3-dependent IRF activation pathway / regulation of inflammatory response / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to virus / host cell cytoplasm / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / 自然免疫系 / apoptotic process / DNA damage response / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / DNA binding / RNA binding / 核質 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rotavirus A (ロタウイルス A) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.913 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, B. / Li, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016 タイトル: Structural basis for concerted recruitment and activation of IRF-3 by innate immune adaptor proteins. 著者: Zhao, B. / Shu, C. / Gao, X. / Sankaran, B. / Du, F. / Shelton, C.L. / Herr, A.B. / Ji, J.Y. / Li, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5jer.cif.gz | 391.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5jer.ent.gz | 327.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5jer.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/5jer ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/5jer | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2257.318 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rotavirus A (ロタウイルス A) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99FX5*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 26901.416 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 189-427 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRF3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14653 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.16 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 200 mM MgCl2, 23% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→47.94 Å / Num. obs: 22409 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 15.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.913→47.94 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.1
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.913→47.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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