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- PDB-5jd0: crystal structure of ARAP3 RhoGAP domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jd0
タイトルcrystal structure of ARAP3 RhoGAP domain
要素Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / ARAP3 / RhoGAP
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / CDC42 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / vesicle-mediated transport / ruffle / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / lamellipodium ...phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / CDC42 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / vesicle-mediated transport / ruffle / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / lamellipodium / 細胞骨格 / シグナル伝達 / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
ARAP, RhoGAP domain / Phosphatidylinositol 3-kinase; Chain A / Rho GTPase activation protein / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / Ras-associating (RA) domain profile. ...ARAP, RhoGAP domain / Phosphatidylinositol 3-kinase; Chain A / Rho GTPase activation protein / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / PH domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bao, H. / Li, F. / Wu, J. / Shi, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for the Specific Recognition of RhoA by the Dual GTPase-activating Protein ARAP3
著者: Bao, H. / Li, F. / Wang, C. / Wang, N. / Jiang, Y. / Tang, Y. / Wu, J. / Shi, Y.
履歴
登録2016年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 3
B: Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3722
ポリマ－48,3722
非ポリマー00
水1,60389
1
A: Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1861
ポリマ－24,1861
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1861
ポリマ－24,1861
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.510, 108.510, 95.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 3 / Centaurin-delta-3 / Cnt-d3


分子量: 24185.779 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 906-1107 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARAP3
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: Q8WWN8
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 100 mM HEPES, 10% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→76.728 Å / Num. all: 25608 / Num. obs: 25608 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 36.17 Å2 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.147 / Rsym value: 0.138 / Net I/av σ(I): 3.304 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 232624
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.429.40.6421.23452236840.2190.6790.6423.8100
2.42-2.579.40.4061.93296635240.1390.4290.4065.6100
2.57-2.759.30.282.73065232850.0960.2960.287.5100
2.75-2.979.30.1993.62876130990.0680.2110.1999.7100
2.97-3.259.30.1424.82634228450.0490.1510.14212.8100
3.25-3.6490.1175.22333925820.0410.1240.11715.599.2
3.64-4.28.50.1363.81794421160.050.1450.1361791.8
4.2-5.148.70.1095.31731619850.0390.1160.10918.8100
5.14-7.278.50.0876.31329515670.0310.0930.08718.2100
7.27-38.3648.10.0776.774879210.0290.0830.07719.798.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
SCALAデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EE5

2ee5


解像度: 2.3→38.364 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2596 1301 5.09 %
Rwork0.2202 --
obs0.2222 25555 99.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.364 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3088 0 0 89 3177
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083135
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9164250
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2631906
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052500
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006555
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3001-2.39210.3431150.2492685X-RAY DIFFRACTION100
2.3921-2.5010.29511480.23182671X-RAY DIFFRACTION100
2.501-2.63280.28591570.22292665X-RAY DIFFRACTION100
2.6328-2.79770.27091410.21782679X-RAY DIFFRACTION100
2.7977-3.01370.30391550.2452685X-RAY DIFFRACTION100
3.0137-3.31680.27771380.24212704X-RAY DIFFRACTION100
3.3168-3.79640.27171330.23352518X-RAY DIFFRACTION92
3.7964-4.78160.23841470.19182761X-RAY DIFFRACTION100
4.7816-38.36940.21871670.21022886X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.8014 Å / Origin y: -39.1162 Å / Origin z: 11.9869 Å
111213212223313233
T0.2057 Å20.0438 Å2-0.0466 Å2-0.1564 Å2-0.0209 Å2--0.2862 Å2
L2.0313 °20.4299 °2-0.5279 °2-0.975 °20.4514 °2--1.3472 °2
S-0.084 Å °-0.0079 Å °-0.0635 Å °0.0467 Å °0.0682 Å °-0.0497 Å °0.08 Å °-0.002 Å °0.0257 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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