+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5j9c | ||||||
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Title | Crystal structure of peroxiredoxin Asp f3 C31S/C61S variant | ||||||
Components | peroxiredoxin Asp f3 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / peroxiredoxin / Aspergillus | ||||||
Function / homology | Function and homology information thioredoxin-dependent peroxiredoxin / IgE binding / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / peroxisome / cellular response to oxidative stress / protein homodimerization activity / mitochondrion / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Neosartorya fumigata (mold) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.956 Å | ||||||
Authors | Bzymek, K.P. / Williams, J.C. / Hong, T.B. / Bagramyan, K. / Kalkum, M. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2016 Title: The Crystal Structure of Peroxiredoxin Asp f3 Provides Mechanistic Insight into Oxidative Stress Resistance and Virulence of Aspergillus fumigatus. Authors: Hillmann, F. / Bagramyan, K. / Straburger, M. / Heinekamp, T. / Hong, T.B. / Bzymek, K.P. / Williams, J.C. / Brakhage, A.A. / Kalkum, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5j9c.cif.gz | 154.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5j9c.ent.gz | 120 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5j9c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/5j9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/5j9c | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5j9bSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19328.744 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C31S,C61S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (mold) Strain: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / Gene: pmp20, AFUA_6G02280 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O43099, peroxiredoxin #2: Chemical | ChemComp-MG / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M Tris pH 7.2, 22% PEG 3350, 0.3 M MgCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Aug 8, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.956→30.56 Å / Num. obs: 23741 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 4.2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.96→2.01 Å / Redundancy: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 90.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5J9B Resolution: 1.956→30.558 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 17.98
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.956→30.558 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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