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- PDB-5j8x: CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI PBP5 WITH 2C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j8x
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI PBP5 WITH 2C
要素D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacA
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / antibiotic resistance (抗微生物薬耐性) / penicillin binding protein / boronic acid (ボロン酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan metabolic process / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / carboxypeptidase activity / cell wall organization / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / regulation of cell shape ...peptidoglycan metabolic process / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / carboxypeptidase activity / cell wall organization / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / regulation of cell shape / outer membrane-bounded periplasmic space / protein homodimerization activity / タンパク質分解 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan synthesis regulatory factor (PBP3), Domain 2 / D-Ala-D-Ala carboxypeptidase, C-terminal domain / D-Ala-D-Ala carboxypeptidase, C-terminal domain superfamily / Peptidase S11, D-Ala-D-Ala carboxypeptidase A, C-terminal / Penicillin-binding protein 5, C-terminal domain / Penicillin-binding protein 5, C-terminal domain / Penicillin-binding protein, C-terminal domain superfamily / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A, N-terminal / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase ...Peptidoglycan synthesis regulatory factor (PBP3), Domain 2 / D-Ala-D-Ala carboxypeptidase, C-terminal domain / D-Ala-D-Ala carboxypeptidase, C-terminal domain superfamily / Peptidase S11, D-Ala-D-Ala carboxypeptidase A, C-terminal / Penicillin-binding protein 5, C-terminal domain / Penicillin-binding protein 5, C-terminal domain / Penicillin-binding protein, C-terminal domain superfamily / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A, N-terminal / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase / Β-ラクタマーゼ / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / サンドイッチ / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OK3 / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Brem, J. / Cain, R. / McDonough, M.A. / Clifton, I.J. / Fishwick, C.W.G. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural basis of metallo-beta-lactamase, serine-beta-lactamase and penicillin-binding protein inhibition by cyclic boronates.
著者: Brem, J. / Cain, R. / Cahill, S. / McDonough, M.A. / Clifton, I.J. / Jimenez-Castellanos, J.C. / Avison, M.B. / Spencer, J. / Fishwick, C.W. / Schofield, C.J.
履歴
登録2016年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年10月30日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.name ..._chem_comp.formula / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8402
ポリマ－42,4831
非ポリマー3571
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.223, 61.606, 138.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacA / DD-peptidase / Beta-lactamase / Penicillin-binding protein 5 / PBP-5


分子量: 42483.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dacA, pfv, b0632, JW0627 / プラスミド: pdacA Nhis / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0AEB2, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase, Β-ラクタマーゼ
#2: 化合物 ChemComp-OK3 / (4~{R})-4-[[4-(aminomethyl)phenyl]carbonylamino]-3,3-bis(oxidanyl)-2-oxa-3-boranuidabicyclo[4.4.0]deca-1(10),6,8-triene-10-carboxylic acid


分子量: 357.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18BN2O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5, 10% 2-Propanol, 20% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月22日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→28.497 Å / Num. obs: 14992 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 46.34 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.53-2.680.5931.79197.6
2.68-2.860.4042.82199.7
2.86-3.090.2524.64199.9
3.09-3.380.1656.96199.7
3.38-3.770.09612.46199
3.77-4.340.06617.82198.8
4.34-5.290.05620.35198.1
5.29-7.350.05720.84199.3
7.35-28.4970.03828.68197.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.97 Å28.5 Å
Translation5.97 Å28.5 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NZO

1nzo


解像度: 2.53→28.497 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2333 1496 10 %
Rwork0.2 --
obs0.2033 14959 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 119.06 Å2 / Biso mean: 54.1937 Å2 / Biso min: 27.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.53→28.497 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2546 0 25 27 2598
Biso mean--46.52 51.58 -
残基数----340
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032620
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5553558
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041400
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003468
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4361545
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.53-2.60740.33911290.29041163129297
2.6074-2.70050.29881340.259611981332100
2.7005-2.80860.26851350.250812291364100
2.8086-2.93630.28991330.235711921325100
2.9363-3.09090.27291360.233612181354100
3.0909-3.28430.26851320.234311991331100
3.2843-3.53740.22331350.213712161351100
3.5374-3.89260.19711380.18512321370100
3.8926-4.4540.20621370.162112401377100
4.454-5.60460.19811400.168312551395100
5.6046-28.49880.23421470.189113211468100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.82440.3015-0.91412.0391-0.40673.525-0.06270.7402-0.509-0.1113-0.032-0.12460.07550.16830.070.28410.0560.00730.3159-0.07170.267226.11757.1185291.8553
26.4657-0.7718-0.57464.4427-2.15259.77170.0738-0.44160.1979-0.0761-0.30270.41850.0579-1.10610.19720.39470.1059-0.03770.8517-0.01220.5377-0.095216.9629302.7943
36.3454-0.4076-1.33911.4668-0.46323.9624-0.03140.6168-0.4112-0.0052-0.03470.25130.1467-0.64640.08650.3166-0.0167-0.01370.3909-0.06460.360510.9587.6548294.3877
45.3619-0.3867-0.67013.75340.97594.66840.0847-0.13390.2066-0.04040.00480.0544-0.10110.0414-0.12280.27740.0149-0.0150.25140.00760.278922.855415.0632301.4103
58.46360.8967-3.13233.5469-0.47496.78380.0298-0.1925-0.67140.0981-0.3004-0.6574-0.50281.42560.06460.3871-0.0283-0.04820.4504-0.06040.326536.610212.7516295.2966
61.0919-1.42382.5404-0.0573-1.32925.6203-0.1824-0.0451-0.01450.37170.1240.2432-1.23690.45620.14230.8398-0.09860.04760.57070.02610.477832.635121.8112262.2344
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 60 )A4 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 61 through 95 )A61 - 95
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 96 through 175 )A96 - 175
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 176 through 246 )A176 - 246
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 247 through 266 )A247 - 266
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 267 through 358 )A267 - 358

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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