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- PDB-5j67: Structure of Astrotactin-2, a conserved vertebrate-specific and p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j67
タイトルStructure of Astrotactin-2, a conserved vertebrate-specific and perforin-like membrane protein involved in neuronal development
要素Astrotactin-2
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / MACPF / annexin-like / fibronectin (フィブロネクチン) / neural guidance
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of body hair planar orientation / cell pole / inositol 1,3,4,5 tetrakisphosphate binding / neuron cell-cell adhesion / negative regulation of protein localization to cell surface / protein localization to cell surface / クラスリン / neuron migration / protein transport / late endosome ...establishment of body hair planar orientation / cell pole / inositol 1,3,4,5 tetrakisphosphate binding / neuron cell-cell adhesion / negative regulation of protein localization to cell surface / protein localization to cell surface / クラスリン / neuron migration / protein transport / late endosome / 細胞皮質 / perikaryon / エンドソーム / エンドソーム / calcium ion binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Astrotactin / Astrotactin-2, C-terminal beta-hairpin domain / Annexin-like domain / Astrotactin-1/2, EGF-like and Fn(III) domains / Astrotactin-1/2, N-terminal / Annexin-like domain / Astrotactin-2 C-terminal beta-hairpin domain / Astrotactin 1/2 N-terminal / ASTN1/2 Fn3 domain / membrane-attack complex / perforin ...Astrotactin / Astrotactin-2, C-terminal beta-hairpin domain / Annexin-like domain / Astrotactin-1/2, EGF-like and Fn(III) domains / Astrotactin-1/2, N-terminal / Annexin-like domain / Astrotactin-2 C-terminal beta-hairpin domain / Astrotactin 1/2 N-terminal / ASTN1/2 Fn3 domain / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Fibronectin type III superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / Astrotactin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Ni, T. / Harlos, K. / Gilbert, R.J.C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/N000331/1 英国
引用ジャーナル: Open Biology / 年: 2016
タイトル: Structure of astrotactin-2: a conserved vertebrate-specific and perforin-like membrane protein involved in neuronal development.
著者: Ni, T. / Harlos, K. / Gilbert, R.
履歴
登録2016年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月15日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_src_gen / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _entity_src_gen.entity_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Astrotactin-2
B: Astrotactin-2
C: Astrotactin-2
D: Astrotactin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,67116
ポリマ－260,2204
非ポリマー9,45112
水0
1
A: Astrotactin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4184
ポリマ－65,0551
非ポリマー2,3633
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Astrotactin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4184
ポリマ－65,0551
非ポリマー2,3633
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Astrotactin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4184
ポリマ－65,0551
非ポリマー2,3633
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Astrotactin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4184
ポリマ－65,0551
非ポリマー2,3633
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.240, 108.190, 111.360
Angle α, β, γ (deg.)87.18, 84.50, 65.67
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23C
14A
24C
15A
25C
16A
26D
17B
27C
18B
28C
19B
29D
110B
210C
111B
211D
112C
212D
113C
213D
114C
214D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A717 - 1232
2010B717 - 1232
1020A1234 - 1286
2020B1234 - 1286
1030A717 - 1137
2030C717 - 1137
1040A1139 - 1232
2040C1139 - 1232
1050A1234 - 1287
2050C1234 - 1287
1060A717 - 1284
2060D717 - 1284
1070B717 - 1137
2070C717 - 1137
1080B1139 - 1232
2080C1139 - 1232
1090B717 - 1232
2090D717 - 1232
10100B1234 - 1286
20100C1234 - 1286
10110B1234 - 1284
20110D1234 - 1284
10120C717 - 1137
20120D717 - 1137
10130C1139 - 1232
20130D1139 - 1232
10140C1234 - 1284
20140D1234 - 1284

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14

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要素

#1: タンパク質
Astrotactin-2 /


分子量: 65054.977 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASTN2, KIAA0634 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75129
#2: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1721.527 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,10,9/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_f6-i1_g2-h1_i2-j1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASTN2, KIAA0634 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-I3P / D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / イノシト-ル1,4,5-トリスりん酸 / イノシトールトリスリン酸


分子量: 420.096 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H15O15P3 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASTN2, KIAA0634 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12% PEG 20000, 150 mM KSCN, 0.1 M Bis-tris propane pH7.5 - 8.5
PH範囲: 7.5-8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.16→98.58 Å / Num. obs: 73362 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル最高解像度: 3.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.89

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
SHELXDE位相決定
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.16→98.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 52.166 / SU ML: 0.384 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.428 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25855 3722 5.1 %RANDOM
Rwork0.23343 ---
obs0.2347 69639 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 136.337 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.99 Å2-0.04 Å2-3.66 Å2
2--0.52 Å22.32 Å2
3---0.41 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.16→98.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18450 0 0 0 18450
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01918909
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0217558
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3572.00525729
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.992340647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.34252223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.66223.878838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.479153193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.48715122
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.22991
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02120511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.024179
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8359.5858934
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8359.5858933
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.95314.37711143
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.95314.37711144
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.69810.0639975
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.69710.0589971
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.65114.99114581
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.97575.5419768
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.97575.54719769
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A606620.04
12B606620.04
21A53020.04
22B53020.04
31A490220.03
32C490220.03
41A113440.04
42C113440.04
51A53320.04
52C53320.04
61A672440.04
62D672440.04
71B490000.03
72C490000.03
81B113580.03
82C113580.03
91B603980.04
92D603980.04
101B52920.05
102C52920.05
111B50320.07
112D50320.07
121C488880.04
122D488880.04
131C113240.04
132D113240.04
141C50480.07
142D50480.07
LS精密化 シェル解像度: 3.16→3.242 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 290 -
Rwork0.365 5089 -
obs--99.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.54430.2316-0.16090.19720.01130.7428-0.0567-0.0166-0.22280.0607-0.0443-0.0899-0.07970.10990.1010.119-0.06070.01930.04720.02080.104429.596382.488515.6357
21.15940.33580.90631.33961.19692.07070.0333-0.41430.3502-0.0035-0.20350.0752-0.0795-0.38230.17030.2289-0.08350.09590.6752-0.02440.4272-3.66776.906660.4403
30.5635-0.28490.53842.17380.01330.756-0.06610.0717-0.00150.0631-0.03780.01140.0747-0.0750.10390.20030.0330.13640.29130.02280.1281-20.13468.36188.3759
41.64850.0237-0.35911.480.94791.17930.07580.0771-0.45230.1511-0.09570.11570.0372-0.20730.01990.059-0.0296-0.02020.76230.14610.260847.931585.599874.3594
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A717 - 1288
2X-RAY DIFFRACTION2B717 - 1287
3X-RAY DIFFRACTION3C717 - 1288
4X-RAY DIFFRACTION4D717 - 1285

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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