PDB-5j3o: Protruding domain of GII.4 human norovirus NSW0514 in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j3o

タイトル

Protruding domain of GII.4 human norovirus NSW0514 in complex with 3-fucosyllactose (3FL)

要素

VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

Viral capsid protein (カプシド) / Protruding domain /

Norovirus (ノロウイルス) / Human milk oligosaccharides

機能・相同性

機能・相同性情報

Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein /

Viral coat protein subunit ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Norovirus Hu/GII.4/Sydney/NSW0514/2012/AU (ノロウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Singh, B.K. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Structural basis for GII.4 norovirus inhibition by human milk oligosaccharides.
著者: Singh, B.K. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2016年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5j3o.cif.gz	360.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5j3o.ent.gz	298.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j3o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/5j3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/5j3o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5iyrC 5iywC 5j35C 4oosS 5hza 5hzb C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5iyr-d 4opo-d 5kon-d 4x06-d 5j35-d 3skb-2 4wze-d 4wzt-d 4x05-2 4wzk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: VP1

B: VP1

ヘテロ分子

69.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.070, 55.570, 115.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.280, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

VP1

分子量: 34215.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Norovirus Hu/GII.4/Sydney/NSW0514/2012/AU (ノロウイルス)
プラスミド: MBP-HTSHP / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: K4LM89

#2: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル /

エチレングリコール

分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#3: 糖

ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス /

フコース

タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₅

#4: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 747 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.55 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Sodium formate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.9677 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9677 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.32→42.72 Å / Num. obs: 137290 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 8 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 8.17

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.32-1.35		0.365	2.26	1	69.9
1.35-1.39		0.338	2.82	1	93.5
1.39-1.43		0.3	3.49	1	98.8
1.43-1.47		0.269	4.36	1	99.8
1.47-1.52		0.218	5.2	1	99.8
1.52-1.57		0.192	5.94	1	99.8
1.57-1.63		0.167	6.53	1	99.6
1.63-1.7		0.157	7.3	1	99.7
1.7-1.78		0.139	8.17	1	99.7
1.78-1.86		0.117	9.4	1	99.8
1.86-1.96		0.098	10.32	1	99.8
1.96-2.08		0.097	11.45	1	99.6
2.08-2.23		0.09	11.79	1	99.5
2.23-2.41		0.078	12.33	1	99.7
2.41-2.63		0.07	12.95	1	99.6
2.63-2.95		0.074	14.12	1	99.7
2.95-3.4		0.063	14.97	1	99.6
3.4-4.17		0.078	14.89	1	99.4
4.17-5.89		0.065	15.95	1	99.8
	5.89	0.06	16.16	1	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4OOS

4oos

解像度: 1.47→42.716 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 46.41

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2005	5062	5 %
R_work	0.1716	-	-
obs	0.173	101291	99.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 41.64 Å² / B_iso mean: 11.2991 Å² / B_iso min: 2.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.47→42.716 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4812	0	46	747	5605
B_iso mean	-	-	22.58	21.75	-
残基数	-	-	-	-	618

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5210
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.262	7166
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	788
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	962
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.656	1946

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.47-1.4867	0.2814	167	0.2637	3175	3342	99
1.4867-1.5042	0.2888	170	0.2572	3219	3389	100
1.5042-1.5225	0.2894	166	0.248	3163	3329	99
1.5225-1.5418	0.2742	171	0.2371	3231	3402	99
1.5418-1.5621	0.2629	165	0.2308	3123	3288	99
1.5621-1.5835	0.2636	169	0.2245	3267	3436	99
1.5835-1.6061	0.2398	166	0.2166	3138	3304	99
1.6061-1.6301	0.2543	170	0.223	3212	3382	99
1.6301-1.6556	0.2931	168	0.2135	3177	3345	99
1.6556-1.6827	0.2532	170	0.2046	3220	3390	100
1.6827-1.7117	0.2299	167	0.2018	3200	3367	99
1.7117-1.7429	0.2246	168	0.194	3203	3371	99
1.7429-1.7764	0.2	169	0.1963	3228	3397	99
1.7764-1.8126	0.2196	167	0.1809	3153	3320	100
1.8126-1.8521	0.1941	170	0.1774	3218	3388	99
1.8521-1.8951	0.1983	171	0.1799	3228	3399	99
1.8951-1.9425	0.2016	166	0.1775	3215	3381	100
1.9425-1.9951	0.2046	166	0.171	3186	3352	99
1.9951-2.0538	0.1971	168	0.165	3188	3356	99
2.0538-2.1201	0.2082	169	0.1585	3221	3390	100
2.1201-2.1958	0.1979	168	0.1637	3201	3369	99
2.1958-2.2837	0.1676	170	0.1534	3204	3374	99
2.2837-2.3877	0.1839	170	0.1481	3216	3386	99
2.3877-2.5135	0.16	170	0.1515	3232	3402	100
2.5135-2.671	0.1952	169	0.1514	3230	3399	99
2.671-2.8772	0.1754	169	0.1496	3207	3376	100
2.8772-3.1666	0.171	170	0.1467	3251	3421	99
3.1666-3.6246	0.1848	171	0.1465	3245	3416	99
3.6246-4.5658	0.1453	173	0.1328	3270	3443	99
4.5658-42.7337	0.1607	169	0.1479	3208	3377	95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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