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- PDB-5j2z: PRV UL37 N-terminal half (R2 mutant) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j2z
タイトルPRV UL37 N-terminal half (R2 mutant)
要素UL37
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Herpesvirus (ヘルペスウイルス科) / Tegument / R2 mutant
機能・相同性Herpesvirus UL37 / Herpesvirus UL37 tegument protein / virion assembly / metal ion binding / 酢酸塩 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / UL37
機能・相同性情報
生物種Suid herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Heldwein, E.E. / Pitts, J.D.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)F32AI116044 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI056346 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01-NS077003 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2017
タイトル: The pUL37 tegument protein guides alpha-herpesvirus retrograde axonal transport to promote neuroinvasion.
著者: Richards, A.L. / Sollars, P.J. / Pitts, J.D. / Stults, A.M. / Heldwein, E.E. / Pickard, G.E. / Smith, G.A.
履歴
登録2016年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.32022年4月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UL37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,51722
ポリマ－53,2511
非ポリマー1,26621
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: UL37
ヘテロ分子

A: UL37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,03444
ポリマ－106,5022
非ポリマー2,53242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_657-x+1,y,-z+5/21
Buried area9650 Å2
ΔGint-277 kcal/mol
Surface area38020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.281, 68.696, 156.226
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 UL37 / UL37 protein


分子量: 53251.098 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-496 / 変異: Q324A, D362A, R365A, H421A, H425A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Suid herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: ul37, UL37 / Variant: R2 mutant / プラスミド: PJP55 / 詳細 (発現宿主): R2 mutant in pJP23 plasmid / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): T7 Xpress / 参照: UniProt: Q911W0

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非ポリマー , 7種, 90分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O9
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 % / 解説: Thin plate-like crystals
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 30% PEG 1000, 0.3M calcium acetate, 0.1M Imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→48.723 Å / Num. obs: 19342 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.48→2.54 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.262 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 67.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K70

4k70


解像度: 2.5→48.723 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.8
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2366 1719 8.94 %Random selection
Rwork0.1781 ---
obs0.1834 19218 96.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.723 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3610 0 63 69 3742
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073721
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7795066
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0792221
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043586
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005672
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.57360.28021070.19471093X-RAY DIFFRACTION73
2.5736-2.65660.28811310.19661334X-RAY DIFFRACTION91
2.6566-2.75160.26071460.18431477X-RAY DIFFRACTION99
2.7516-2.86170.26661450.18361479X-RAY DIFFRACTION100
2.8617-2.9920.26761440.19051464X-RAY DIFFRACTION100
2.992-3.14970.24291440.18771468X-RAY DIFFRACTION100
3.1497-3.3470.25671470.18731498X-RAY DIFFRACTION100
3.347-3.60530.24271470.17851495X-RAY DIFFRACTION100
3.6053-3.9680.20431480.15291512X-RAY DIFFRACTION100
3.968-4.54180.22641490.15161505X-RAY DIFFRACTION100
4.5418-5.72080.20731510.17171548X-RAY DIFFRACTION100
5.7208-48.73250.23041600.20191626X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5259-2.3421-1.0648.6561.89197.20010.336-0.34011.2491-0.6271-0.1171-0.5696-1.275-0.0137-0.20980.4569-0.0830.0410.5007-0.17940.487427.801326.1293219.4875
24.0644-0.1547-0.26514.60612.97496.20450.0815-0.92260.53450.210.0841-0.04230.0411-0.0091-0.0720.1744-0.02780.00920.439-0.07340.256219.88513.4385218.4602
30.76850.70270.81934.3344.63386.09860.0799-0.1578-0.11560.2535-0.0789-0.01460.444-0.1661-0.00210.2383-0.0287-0.0060.27020.04630.187413.8921-1.6358198.2462
43.6934-0.86351.41523.03580.37724.07230.17230.3958-0.421-0.0172-0.0719-0.21690.67970.493-0.03150.39070.03040.00090.2556-0.04010.2916.4152-17.8995171.116
50.9308-0.56260.51971.460.98966.1175-0.01810.0556-0.0139-0.03350.0741-0.0571-0.1551-0.0706-0.02830.1308-0.0260.00750.17770.01690.19217.84374.6292178.4344
63.3744-0.008-0.00766.38335.52478.44230.1187-0.15961.2298-0.53520.0087-0.3403-1.3695-0.0232-0.02610.59650.10460.02290.4703-0.10350.691110.315426.317212.2559
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 54 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 55 through 133 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 134 through 197 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 198 through 316 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 317 through 432 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 433 through 477 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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