PDB-5isf: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0705

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5isf

タイトル

Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0705

要素

Histone-arginine methyltransferase CARM1

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE /

CATALYTIC DOMAIN / CHROMATIN REGULATOR /

MRNA PROCESSING (転写後修飾) /

MRNA SPLICING /

NUCLEUS (細胞核) /

S-ADENOSYL-L-METHIONINE (S-アデノシルメチオニン) /

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) /

TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / negative regulation of dendrite development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Hassenboehler, P. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0705
著者: Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

履歴

登録	2016年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5isf.cif.gz	801.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5isf.ent.gz	683.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5isf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/5isf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/5isf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ih3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6s7b-d 5u4x-d 5tbi-d 6s71-d 5ih3-d 4ikp-d 5tbh-d 5lv3-d 5isc-d 5is6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

167 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.742, 98.137, 206.674
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

#1: タンパク質

Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4

分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

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非ポリマー , 8種, 405分子

#2: 化合物	ChemComp-6D4 / 5'-{[(3S)-3-amino-3-carboxypropyl][2-(triazan-1-yl)ethyl]amino}-5'-deoxyadenosine 分子量: 440.458 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₈N₁₀O₅
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-M2M / 1-METHOXY-2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANE / ジグリム / ジグリム分子量: 134.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₃
#7: 化合物	ChemComp-DXE / 1,2-DIMETHOXYETHANE / 1,2-ジメトキシエタン / 1,2-ジメトキシエタン分子量: 90.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#8: 化合物	ChemComp-SAO / 5'-S-[(3S)-3-azaniumyl-3-carboxypropyl]-5'-thioadenosine / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシル-L-ホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 385.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₁N₆O₅S
#9: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.97 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Tris-HCl pH 8.0 100 mM PEG 2000 MME 10 % NaCl 167 mM

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 73738 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 42.88 Å² / R_sym value: 0.092 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1980	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3

解像度: 2.22→20 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.38

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2013	3645	4.95 %	Random selection
R_work	0.1656	-	-	-
obs	0.1674	73679	97.14 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.22→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11004	0	235	384	11623

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	11585
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.736	15664
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.704	4182
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	1707
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1999

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2199-2.2491	0.2436	79	0.2054	1579	X-RAY DIFFRACTION	57
2.2491-2.2799	0.2259	145	0.207	2656	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2799-2.3124	0.2541	127	0.1989	2696	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3124-2.3469	0.253	124	0.2014	2717	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3469-2.3835	0.2265	126	0.1954	2747	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3835-2.4225	0.2489	164	0.2031	2671	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4225-2.4642	0.2207	143	0.1925	2706	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4642-2.5089	0.2582	128	0.1878	2717	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5089-2.5571	0.2501	151	0.1934	2705	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5571-2.6092	0.2448	135	0.1961	2684	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6092-2.6658	0.2281	147	0.1953	2739	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6658-2.7277	0.2419	135	0.1864	2722	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7277-2.7957	0.2383	142	0.1905	2706	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7957-2.8711	0.2402	141	0.1972	2720	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8711-2.9553	0.2377	126	0.2001	2719	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9553-3.0504	0.2197	156	0.2011	2730	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0504-3.159	0.2291	150	0.1979	2733	X-RAY DIFFRACTION	99
3.159-3.285	0.2249	139	0.1899	2750	X-RAY DIFFRACTION	99
3.285-3.4338	0.2143	134	0.176	2768	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4338-3.6139	0.1944	126	0.1664	2750	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6139-3.8389	0.183	157	0.1508	2731	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8389-4.1329	0.1808	162	0.1374	2783	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1329-4.5445	0.1522	148	0.1234	2764	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5445-5.1923	0.1651	130	0.12	2810	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1923-6.5053	0.1834	160	0.1594	2829	X-RAY DIFFRACTION	99
6.5053-20.1879	0.1872	170	0.1626	2902	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6104	-0.4666	-0.1346	0.6952	0.0665	0.6685	0.0504	-0.0807	0.1115	0.0852	-0.0475	0.078	-0.1148	-0.0103	0	0.3706	-0.0804	0.0363	0.3453	-0.0715	0.3338	55.0773	40.2205	133.0741
2	0.8201	0.1937	0.301	-0.274	0.0652	0.3349	0.0707	-0.0109	0.0273	-0.0076	-0.0513	0.0633	0.0336	0.0432	-0	0.2546	-0.0218	0.0097	0.2698	-0.0144	0.3829	47.6661	11.8587	118.8904
3	0.922	0.1684	-0.1869	1.1312	-0.0396	1.2628	-0.0238	-0.0397	-0.0443	-0.0385	-0.0128	-0.0983	0.0749	0.0179	-0	0.2441	-0.0488	0.0467	0.3021	-0.0212	0.3148	60.3116	19.1472	119.0121
4	0.8031	-0.4234	-0.4752	0.6111	0.2687	1.5821	0.1323	0.0776	0.029	-0.0007	0.0351	-0.0674	-0.1908	-0.119	0	0.2809	0.0384	0.0341	0.2661	0.0373	0.3476	18.8381	19.7152	115.0054
5	0.3894	0.2539	0.1349	-0.2458	-0.1396	0.0037	0.2	-0.0778	-0.311	0.1956	-0.0049	-0.0283	-0.0301	0.0387	0	0.4524	-0.0794	0.0803	0.5056	-0.0401	0.4363	38.3592	29.274	148.2216
6	0.1094	-0.1141	-0.1581	0.5032	0.6323	0.6789	0.1018	-0.0976	0.0704	0.064	-0.0676	-0.0082	0.0604	-0.2029	-0	0.3609	0.0011	0.067	0.4295	0.0368	0.4595	17.1416	21.9114	137.7075
7	0.6149	0.0684	-0.1365	-0.2006	0.3612	0.9752	0.1339	-0.1177	-0.0706	0.0133	0.0108	-0.049	-0.1255	-0.0194	0	0.3753	-0.0037	0.0419	0.3983	0.0367	0.3528	17.0149	22.613	140.0579
8	0.5623	0.1587	0.666	0.4342	0.2204	0.5513	0.0915	-0.1863	0.0687	0.0524	-0.0919	-0.2624	-0.178	0.0975	0	0.3945	-0	0.1016	0.4314	-0.0133	0.4489	24.916	29.7106	141.4542
9	0.9667	0.5248	-0.5571	0.4811	-0.2899	1.0841	0.0047	0.0822	0.1599	0.0851	0.0484	0.026	-0.1278	0.0362	0	0.5955	0.0706	0.0249	0.5525	0.0319	0.4909	23.0648	42.268	175.1614
10	0.2146	-0.0742	0.148	0.2571	-0.2328	0.3754	0.01	0.0044	-0.0943	0.1193	0.0276	0.1302	-0.0807	-0.0589	0	0.4397	0.0335	0.0191	0.3924	0.0011	0.4328	26.1044	20.8529	190.5235
11	0.5118	0.084	-0.5221	0.6387	0.0779	0.4405	-0.0272	0.085	-0.1429	0.0853	-0.0573	0.1658	-0.0324	-0.0181	-0	0.4904	0.0596	0.0585	0.4794	-0.0105	0.4599	16.2268	20.2073	190.5146
12	0.9814	0.4612	-0.4343	0.7297	-0.389	0.79	0.1281	-0.1137	-0.0432	0.0335	-0.0834	-0.0552	-0.1019	0.1015	0	0.5063	-0.0176	0.004	0.4345	-0.0148	0.4247	57.1698	18.0832	195.3036
13	0.2665	-0.5498	0.2866	-0.0516	0.0671	0.061	0.239	0.3724	-0.2439	-0.1699	-0.1275	0.1375	0.0115	0.0206	0	0.512	0.0282	0.0762	0.5812	-0.0278	0.4948	39.7214	28.258	163.4703
14	0.3293	-0.1299	-0.1366	0.1586	-0.166	0.3459	-0.1747	0.0898	-0.1459	0.0166	-0.0246	0.1258	-0.0718	0.5287	-0.0001	0.4987	-0.0003	0.0415	0.551	-0.0177	0.4552	63.6242	23.4056	174.9814
15	0.1712	0.2319	-0.3397	0.1094	-0.211	0.3288	-0.0194	0.0176	-0.1288	0.0013	-0.0848	-0.0222	0.1177	0.0312	-0	0.5529	0.0301	0.0519	0.4866	-0.0465	0.4294	58.3834	17.6591	169.6154
16	0.2986	-0.0049	0.3521	0.1886	0.0325	0.3017	0.0175	0.136	-0.1401	0.0709	-0.1642	0.1598	-0.195	0.0124	-0	0.551	0.0663	0.0753	0.5488	-0.0574	0.4808	53.851	29.1427	168.772

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 136:282)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 283:349)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 350:478)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 136:293)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 294:336)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 337:365)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 366:445)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 446:478)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 136:257)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 258:336)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 337:478)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 136:293)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 294:344)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 345:372)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 373:430)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 431:478)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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