PDB-5isd: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0592

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5isd

タイトル

Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0592

要素

Histone-arginine methyltransferase CARM1

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE /

CATALYTIC DOMAIN / CHROMATIN REGULATOR /

MRNA PROCESSING (転写後修飾) /

MRNA SPLICING /

NUCLEUS (細胞核) /

S-ADENOSYL-L-METHIONINE (S-アデノシルメチオニン) /

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) /

TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / negative regulation of dendrite development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.601 Å

データ登録者

Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Hassenboehler, P. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0592
著者: Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

履歴

登録	2016年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5isd.cif.gz	791 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5isd.ent.gz	675.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5isd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/5isd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/5isd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ih3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6s70-d 6s7c-d 2y1w-d 5isg-d 5k8v-d 5is6-d 5ish-d 5lv2-2 6s71-d 5tbh-d 5is9-d 5k8x-d 5isa-d 5ise-d 5lv2-1 5isb-d 6s7a-d 6s77-d 5u4x-d 5tbj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

166 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.555, 98.446, 205.792
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

#1: タンパク質

Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4

分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 182分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-M2M / 1-METHOXY-2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANE / ジグリム / ジグリム分子量: 134.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₃
#5: 化合物	ChemComp-SAO / 5'-S-[(3S)-3-azaniumyl-3-carboxypropyl]-5'-thioadenosine / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシル-L-ホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 385.419 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₁N₆O₅S
#6: 化合物	ChemComp-6CZ / 5'-{[(3S)-3-amino-3-carboxypropyl](3-ethoxy-2,3-dioxopropyl)amino}-5'-deoxyadenosine 分子量: 481.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₇N₇O₈
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.77 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Tris-HCl pH 8.0 100 mM PEG 2000 MME 19 % NaCl 133 mM

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 47090 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 47.83 Å² / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 24.1
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1951	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3

解像度: 2.601→19.996 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.77

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2263	2346	4.99 %	Random selection
R_work	0.1926	-	-	-
obs	0.1943	47011	99.32 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.601→19.996 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10947	0	178	165	11290

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	11412
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.09	15444
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.575	4155
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1688
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2000

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6005-2.6535	0.3153	144	0.2588	2546	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6535-2.711	0.2753	127	0.247	2572	X-RAY DIFFRACTION	99
2.711-2.7739	0.3151	130	0.244	2547	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7739-2.8431	0.2929	131	0.2496	2603	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8431-2.9198	0.2886	127	0.245	2573	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9198-3.0054	0.2592	132	0.2352	2598	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0054-3.1021	0.2576	158	0.224	2588	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1021-3.2125	0.2676	126	0.2302	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2125-3.3406	0.2313	134	0.2213	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3406-3.4918	0.2498	126	0.1946	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4918-3.6749	0.2075	130	0.1895	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6749-3.9035	0.2133	156	0.1817	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9035-4.2023	0.2037	144	0.1586	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2023-4.6205	0.1706	139	0.1474	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6205-5.2783	0.1874	129	0.1461	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2783-6.61	0.1972	150	0.1997	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
6.61-19.9967	0.2363	163	0.1918	2783	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1147	-0.9781	-0.1706	2.7231	-0.0683	2.7878	0.0668	-0.149	0.3341	0.2117	-0.052	0.1392	-0.3262	0.0066	0.013	0.4259	-0.1109	0.0518	0.3611	-0.0722	0.444	54.8171	40.3861	132.4524
2	3.0652	1.2182	1.2085	0.4685	0.5557	1.2988	0.1759	-0.114	-0.0969	0.0923	-0.0498	-0.0009	0.0587	0.0958	-0.1063	0.2095	-0.0461	0.0526	0.2527	-0.0129	0.3803	47.703	11.9121	118.4746
3	1.1524	0.193	-0.1234	3.4697	0.3637	2.1234	0.0245	-0.0319	-0.0439	-0.1462	0.0352	-0.1384	0.0175	0.1267	-0.0407	0.192	-0.0944	0.0764	0.3773	-0.0171	0.3596	59.9615	19.2509	118.5692
4	1.6265	-0.689	-0.7482	2.2365	0.6963	3.0353	0.2481	0.2144	0.2181	-0.0675	-0.0474	0.053	-0.5821	-0.4072	-0.1786	0.336	0.1157	0.0745	0.3296	0.0531	0.4044	18.7555	18.8279	114.1936
5	6.9946	3.419	-0.8346	1.6697	-0.4153	0.171	0.5041	-0.4612	-0.1815	0.5967	-0.1979	0.037	-0.0987	0.0584	-0.3086	0.5632	-0.0504	0.0803	0.5002	0.0012	0.4145	38.4063	29.3481	147.757
6	3.0239	-0.9958	1.6543	1.9681	0.3139	3.9312	0.3004	-0.104	0.33	-0.0656	-0.1616	-0.1049	0.1052	-0.4115	-0.1849	0.3647	0.0239	0.1634	0.4071	0.0225	0.4987	17.2707	21.8247	137.1631
7	2.1577	0.3638	0.7427	1.1159	1.2828	3.8695	0.0711	-0.3498	-0.0953	0.0707	-0.0328	0.0291	-0.3329	-0.0725	-0.0561	0.378	0.0682	0.0926	0.3889	0.0818	0.3449	17.1287	22.6386	139.4243
8	2.45	-0.6853	0.2879	2.3343	0.1729	5.3247	0.1694	0.1447	-0.0641	-0.3671	-0.1555	-0.6264	-0.4665	0.0193	0.0837	0.5025	-0.0174	0.1353	0.3981	0.0325	0.5776	24.9803	29.6442	140.8607
9	4.5448	0.8845	-0.8733	2.4258	-0.1234	3.1158	0.021	0.1431	0.4551	0.1773	0.123	0.011	-0.5269	-0.1426	-0.093	0.7689	0.1727	0.0633	0.4945	0.0456	0.4676	22.9324	42.394	174.2835
10	0.9679	-0.2538	0.1529	0.7886	-0.3062	1.0004	0.1131	0.1249	-0.13	-0.0075	-0.0189	0.3173	-0.2978	-0.2639	-0.0895	0.377	0.0876	0.0384	0.3403	-0.0283	0.328	25.9673	21.1493	189.6523
11	1.6529	-0.2963	-0.6468	3.2845	-0.1527	1.9875	0.0339	0.1063	-0.1182	-0.0549	-0.1136	0.2378	-0.1205	-0.3274	0.0621	0.3754	0.1522	0.0683	0.4839	-0.0349	0.4106	16.1455	20.1608	189.6191
12	2.3301	0.6291	-0.329	2.339	-0.0889	3.0347	0.1379	-0.1304	0.1483	0.0179	-0.0748	-0.1415	-0.526	0.4376	-0.049	0.4097	-0.1124	0.0517	0.3962	-0.0246	0.3452	57.0191	18.2026	194.5799
13	4.4849	-3.2329	-0.7393	2.2127	0.5165	0.1753	0.3983	0.8145	-0.2508	-0.3075	-0.3045	0.1556	-0.4922	-0.0631	-0.0682	0.5747	0.0502	0.0661	0.6016	-0.0431	0.4145	39.4015	28.3743	162.4367
14	2.2513	0.2802	0.9342	2.2383	0.7371	4.0461	-0.2301	0.154	-0.1836	0.2097	0.0581	0.0255	-0.1887	0.7807	0.1701	0.4528	-0.1117	0.1117	0.5983	0.0146	0.3777	63.3121	23.5291	174.2063
15	1.5005	-0.2525	1.1738	1.3696	-1.5812	3.1102	0.045	0.1741	0.0096	-0.112	-0.1042	-0.0745	0.0131	0.332	0.0146	0.4867	-0.046	0.0829	0.592	-0.099	0.4777	58.1205	17.814	168.7783
16	2.1256	0.4903	1.9756	1.4709	0.2545	3.2786	-0.092	-0.0832	-0.2604	0.3909	-0.2553	0.4513	-0.5089	-0.227	0.2787	0.6103	0.0626	0.1626	0.4622	-0.0144	0.4648	54.0214	29.5815	167.6581

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 136:282)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 283:349)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 350:478)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 136:293)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 294:336)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 337:365)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 366:445)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 446:478)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 136:257)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 258:336)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 337:478)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 136:293)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 294:344)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 345:372)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 373:430)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 431:477)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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