PDB-5isb: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0435

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5isb

タイトル

Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0435

要素

Histone-arginine methyltransferase CARM1

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE /

CATALYTIC DOMAIN / CHROMATIN REGULATOR /

MRNA PROCESSING (転写後修飾) /

MRNA SPLICING /

NUCLEUS (細胞核) /

S-ADENOSYL-L-METHIONINE (S-アデノシルメチオニン) /

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) /

TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / negative regulation of dendrite development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Hassenboehler, P. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0435
著者: Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

履歴

登録	2016年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5isb.cif.gz	814.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5isb.ent.gz	693.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5isb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/5isb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/5isb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ih3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ih3-d 5ise-d 5tbh-d 2v74-d 5is9-d 6s70-d 5isg-d 4ikp-d 6s71-d 5isd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

167 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.430, 98.082, 205.678
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

#1: タンパク質

Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4

分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

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非ポリマー , 6種, 972分子

#2: 化合物	ChemComp-6CX / 5'-{[(3S)-3-amino-3-carboxypropyl][(1H-imidazol-4-yl)methyl]amino}-5'-deoxyadenosine 分子量: 447.448 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₅N₉O₅
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-M2M / 1-METHOXY-2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANE / ジグリム / ジグリム分子量: 134.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₃
#6: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 943 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.46 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Tris-HCl pH 8.0 100 mM PEG 2000 MME 19% NaCl 133 mM

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. obs: 102846 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 27.4 Å² / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 27.4
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.5 % / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1839	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3

解像度: 2→30 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.03

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1899	5116	4.98 %	Random selection
R_work	0.1536	-	-	-
obs	0.1555	102767	99.6 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10997	0	263	943	12203

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	11645
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.316	15742
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.325	4318
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1707
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1996

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9951-2.0177	0.2333	172	0.1988	2999	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0177-2.0415	0.2086	177	0.1848	3164	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0415-2.0663	0.2299	177	0.1803	3242	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0663-2.0925	0.2279	154	0.1723	3253	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0925-2.12	0.2309	157	0.1724	3246	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.1491	0.2113	175	0.1607	3176	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1491-2.1797	0.2175	171	0.161	3271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1797-2.2123	0.1961	191	0.1563	3190	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2123-2.2468	0.1898	169	0.1572	3246	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2468-2.2837	0.2098	169	0.1594	3255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2837-2.323	0.2039	163	0.1541	3245	X-RAY DIFFRACTION	100
2.323-2.3652	0.1856	147	0.1483	3223	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3652-2.4107	0.2018	182	0.1493	3258	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4107-2.4599	0.1878	167	0.1484	3219	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4599-2.5134	0.1851	154	0.1468	3288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5134-2.5718	0.2003	181	0.15	3247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5718-2.6361	0.2057	166	0.1528	3214	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6361-2.7073	0.1967	167	0.1483	3252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7073-2.7869	0.2049	169	0.1548	3284	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7869-2.8768	0.1903	170	0.1553	3268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8768-2.9795	0.2008	156	0.1698	3271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9795-3.0987	0.2055	194	0.1694	3247	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0987-3.2396	0.2139	156	0.1711	3306	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2396-3.4101	0.2017	166	0.1616	3269	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4101-3.6234	0.1869	157	0.1498	3304	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6234-3.9026	0.1628	193	0.1433	3265	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9026-4.2943	0.1499	178	0.1285	3305	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2943-4.9133	0.1565	163	0.1185	3352	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9133-6.181	0.1632	179	0.1492	3368	X-RAY DIFFRACTION	100
6.181-29.6488	0.209	196	0.1812	3424	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4084	-0.2614	-0.386	1.5362	0.3176	1.5355	0.0881	-0.0888	0.1784	0.0066	-0.0865	0.1168	-0.2347	0.0181	-0.0182	0.1821	-0.05	0.0234	0.1993	-0.0511	0.1722	54.863	40.1885	132.2609
2	0.6741	-0.0136	0.3043	-0.0682	0.2742	0.5362	0.0632	-0.035	-0.0699	-0.0067	-0.0137	0.0091	0.0071	0.0579	0.0286	0.1248	-0.0235	0.0127	0.1649	-0.0037	0.2161	47.6252	11.5971	118.3863
3	0.4066	0.0079	-0.2313	1.764	0.2529	1.1285	0.0061	-0.0308	-0.0422	-0.1	0.0152	-0.0781	0.0449	0.0402	0.0176	0.1013	-0.0392	0.0268	0.2008	-0.0255	0.1826	60.0731	18.9092	118.5935
4	1.0326	-0.479	-0.8495	0.9679	0.517	2.2819	0.1932	0.1042	0.0836	-0.1272	-0.025	-0.0334	-0.4357	-0.1866	0.5276	0.2144	0.0573	0.0314	0.1528	0.0153	0.1898	19.0409	19.9071	114.4284
5	1.7449	0.817	0.6583	0.0632	-0.1199	0.1777	0.4097	-0.5385	-0.3879	0.2583	-0.2546	-0.1287	0.0791	0.1001	0.1363	0.2366	-0.0762	0.0409	0.3938	-0.043	0.2137	38.5988	29.3663	147.7916
6	0.173	-0.2298	-0.2031	0.6121	0.705	0.6316	0.1163	-0.1067	0.0417	0.1041	-0.0706	0.0425	-0.0179	-0.0337	0.0017	0.1918	-0.0189	0.0314	0.2522	-0.0002	0.2161	17.5368	21.9173	137.8006
7	0.7716	-0.0699	0.092	0.0456	0.6905	1.0998	0.1186	-0.1846	-0.0748	0.0775	-0.0126	-0.0136	-0.0133	-0.0765	0.0709	0.2307	-0.017	0.0341	0.2457	0.0187	0.1902	17.3935	22.9501	139.514
8	0.5972	0.1027	0.4828	0.407	0.1437	0.3497	0.2588	-0.0273	0.0043	-0.162	-0.1041	-0.2863	-0.2839	0.0387	-0.0018	0.3764	-0.0415	0.0824	0.4466	-0.0672	0.3301	25.1898	29.9357	140.9351
9	1.7201	0.3932	-0.8518	1.4003	-0.158	1.5724	0.0903	0.0946	0.1565	0.0878	-0.0153	-0.0337	-0.2272	0.048	0.0004	0.2926	0.0549	-0.0028	0.2391	0.0234	0.2369	22.9906	42.4858	174.2937
10	0.683	-0.0693	0.2402	0.105	-0.2658	0.3347	0.0411	0.0184	-0.1708	0.0773	-0.0011	0.183	-0.0871	-0.0347	-0.0001	0.2644	0.0228	0.0179	0.1728	-0.01	0.2391	26.1779	20.704	189.6787
11	0.7871	-0.1998	-0.4424	1.6703	-0.1774	1.1005	-0.0483	0.0529	-0.2183	0.134	-0.0108	0.2605	0.0714	-0.0363	-0.044	0.2532	0.0365	0.0494	0.2061	-0.0263	0.3163	16.3325	20.2438	189.3804
12	1.1031	0.6807	-0.6556	0.9565	-0.2705	1.419	0.13	-0.0456	0.0578	0.0667	-0.0578	-0.0392	-0.1779	0.0801	0.0004	0.2723	0.0053	-0.0082	0.1744	-0.0076	0.2387	57.0912	18.0915	194.4148
13	0.2913	-0.5382	-0.021	0.063	0.0333	-0.1589	0.2534	0.195	-0.2111	-0.2159	-0.1674	0.0688	0.0267	-0.023	0.0003	0.3192	0.0672	0.0026	0.475	-0.0067	0.2626	39.5612	28.6657	162.3932
14	0.124	0.1066	-0.1702	0.2443	-0.3737	0.5311	-0.1416	0.2864	-0.028	-0.0934	0.0792	-0.0853	-0.2365	0.4479	-0.0011	0.3449	0.017	0.0224	0.3476	-0.0115	0.2897	63.0678	23.2456	173.4569
15	0.3758	0.3533	-0.1103	0.3549	0.033	0.3958	0.0109	0.184	-0.0844	-0.1541	-0.0165	-0.0894	0.1671	0.0401	0.0001	0.3076	0.0487	0.0282	0.3053	-0.0298	0.2404	58.109	17.8484	168.6924
16	0.4413	-0.004	0.4679	0.0836	-0.1108	0.4099	0.0251	0.3145	-0.1165	0.1455	-0.0892	0.1375	-0.0994	-0.409	-0.0002	0.4291	0.0682	0.0697	0.4515	-0.0144	0.2933	54.2992	29.8907	167.5378

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 136:282)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 283:349)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 350:478)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 136:293)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 294:336)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 337:365)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 366:445)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 446:478)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 136:257)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 258:336)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 337:478)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 136:293)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 294:344)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 345:372)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 373:430)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 431:477)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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