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Yorodumi- PDB-5iln: Crystal structure of Aspartate Transcarbamoylase from Plasmodium ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5iln | ||||||
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Title | Crystal structure of Aspartate Transcarbamoylase from Plasmodium falciparum (PfATC) with bound citrate | ||||||
Components | Aspartate carbamoyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Plasmodium / Malaria / Aspartate / Pyrimidine Biosynthesis | ||||||
Function / homology | Function and homology information aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / : / amino acid metabolic process / amino acid binding / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / membrane => GO:0016020 / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.21 Å | ||||||
Authors | Lunev, S. / Bosch, S.S. / Batista, F.D.A. / Wrenger, C. / Groves, M.R. | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of truncated Aspartate Transcarbamoylase from Plasmodium falciparum Authors: Lunev, S. / Bosch, S.S. / Batista, F.D.A. / Wrenger, C. / Groves, M.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5iln.cif.gz | 313.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5iln.ent.gz | 245.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5iln.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/5iln ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/5iln | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 44539.012 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (eukaryote) Gene: atcasE, MAL13P1.221 / Plasmid: pASK-IBA3-PfATC-full / Details (production host): full length pfATC / Cell line (production host): Rosetta 2(DE3) pLysS / Production host: Escherichia coli K-12 (bacteria) / References: UniProt: Q8IDP8, aspartate carbamoyltransferase #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-FLC / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 47 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M Potassium citrate tribasic monohydrate, 20 % w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cryostream - 700 series |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-1 / Wavelength: 0.965 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Feb 2, 2015 |
Radiation | Monochromator: Diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.965 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.21→45.1 Å / Num. obs: 69115 / % possible obs: 97.7 % / Redundancy: 2.9 % / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 5 |
Reflection shell | Resolution: 2.21→2.29 Å / Redundancy: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 83.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PfATC-Met3 Resolution: 2.21→45.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 13.546 / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.19 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 51.616 Å2
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Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.21→45.1 Å
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Refine LS restraints |
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