[日本語] English
万見
- PDB-5il5: Crystal structure of the dehydratase domain of MlnD from Bacillus... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5il5
タイトルCrystal structure of the dehydratase domain of MlnD from Bacillus amyloliquefaciens
要素MlnD
キーワードLYASE (リアーゼ) / polyketide (ポリケチド) / macrolactin / trans-AT / pKS / AT-less / dehydratase (脱水酵素) / hydrolase (加水分解酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase ...Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Phosphopantetheine attachment site / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus methylotrophicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Jakob, R.P. / Herbst, D.A. / Maier, T.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structures of Dehydratase Domains from trans-AT Polyketide Biosynthetic Pathways
著者: Jakob, R.P. / Muller, R. / Herbst, D.A. / Maier, T.
履歴
登録2016年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MlnD
B: MlnD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8912
ポリマ－69,8912
非ポリマー00
水2,990166
1
A: MlnD

A: MlnD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8912
ポリマ－69,8912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,y,-z1
2
B: MlnD

B: MlnD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8912
ポリマ－69,8912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)76.050, 37.950, 166.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.28, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1676-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 MlnD


分子量: 34945.383 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1231-1540 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus methylotrophicus (バクテリア)
株: DSM 23117 / BGSC 10A6 / FZB42 / 遺伝子: mlnD, RBAM_014360 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A7Z473
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG3350, 0.1M Hepes pH7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→83.149 Å / Num. obs: 10580 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10pre_2131: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KG9

3kg9


解像度: 2.91→83.149 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.74
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2699 523 5.02 %
Rwork0.2279 --
obs0.2299 10422 96.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→83.149 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3974 0 0 166 4140
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054050
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8475470
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1342454
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053595
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006721
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9101-3.2030.30131470.28082357X-RAY DIFFRACTION94
3.203-3.66640.29431290.22972406X-RAY DIFFRACTION96
3.6664-4.61930.24191160.2012540X-RAY DIFFRACTION98
4.6193-83.1980.25671310.22742596X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0025-0.6706-1.19241.16910.89592.35740.1964-0.0610.0568-0.0325-0.0745-0.0183-0.4437-0.00410.24020.38090.04-0.00690.7611-0.0130.073274.86748.27685.8303
20.9784-0.6731-0.62180.9872-0.20121.1613-0.0068-0.24070.09050.12740.0333-0.35-0.23850.4391-0.08840.4328-0.09090.03490.86180.01570.16970.03669.81819.4196
35.3595-1.0387-1.24691.9351-0.95891.36480.19820.1873-0.4978-0.2285-0.25920.06880.22240.05470.00080.46240.08340.02760.57360.02120.095172.3557-1.063911.3178
46.925-2.0973-1.76441.611-0.13790.90990.23050.1317-0.5178-0.179-0.22460.30660.2629-0.0996-0.04330.45580.0287-0.0260.61880.00560.185360.83681.180715.0899
50.9410.03760.89642.15560.62171.013-0.0957-0.5314-0.06140.1788-0.02620.5683-0.1085-1.1390.36670.7881-0.01440.0641.2139-0.19950.420141.348316.097233.4416
61.5783-0.0778-0.84890.57910.28321.7153-0.036-0.6622-0.13640.3778-0.00470.1158-0.1555-0.46120.28290.5545-0.06930.04030.9328-0.02020.137555.247316.92632.3743
72.5052-0.8735-0.34062.39050.95111.6175-0.13890.1180.02190.10940.032-0.10690.1089-0.33430.3230.3631-0.02640.05140.7050.02940.167257.934910.257722.0469
84.213-0.76230.04632.81241.38322.43430.1612-0.0987-0.0731-0.55450.063-0.04950.77620.0094-0.15140.39320.02220.00070.53260.04660.062651.73344.710424.9717
91.42840.3865-1.19580.45820.35452.49750.02130.40660.0671-0.14380.00890.0422-0.2933-0.34110.00610.0894-0.01240.0007-0.14620.00020.417639.45813.191567.436
101.65530.1764-0.35321.3223-0.18741.4303-0.10240.1773-0.2048-0.1016-0.0237-0.31650.04230.18250.05320.08620.02650.02390.0025-0.02670.418152.52862.657259.3189
113.37130.50770.80132.3612-0.39522.4681-0.03030.04540.0172-0.123-0.08010.0877-0.0341-0.20490.18990.07310.02220.02030.0367-0.00190.310854.93521.648759.7129
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1259 through 1278 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1279 through 1338 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1339 through 1356 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1357 through 1382 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1383 through 1394 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1395 through 1430 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1431 through 1481 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 1482 through 1515 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1258 through 1338 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1339 through 1430 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1431 through 1517 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る