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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5i7h | ||||||
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タイトル | Mycobacterium tuberculosis CysM in complex with the Urea-scaffold inhibitor 6 [3-(3-(4-Bromophenyl)ureido)benzoic acid] | ||||||
要素 | O-phosphoserine sulfhydrylase | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / Cysteine biosynthesis / sulphur metabolism / inhibitor (酵素阻害剤) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [CysO sulfur-carrier protein]-thiocarboxylate-dependent cysteine synthase / Cysteine synthesis from O-phosphoserine / O-phosphoserine sulfhydrylase activity / cysteine biosynthetic process / cysteine synthase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process from serine / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å | ||||||
データ登録者 | Schnell, R. / Maric, S. / Schneider, G. | ||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016 タイトル: Inhibitors of the Cysteine Synthase CysM with Antibacterial Potency against Dormant Mycobacterium tuberculosis. 著者: Brunner, K. / Maric, S. / Reshma, R.S. / Almqvist, H. / Seashore-Ludlow, B. / Gustavsson, A.L. / Poyraz, O. / Yogeeswari, P. / Lundback, T. / Vallin, M. / Sriram, D. / Schnell, R. / Schneider, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5i7h.cif.gz | 233.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5i7h.ent.gz | 186.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5i7h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/5i7h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/5i7h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34724.117 Da / 分子数: 4 / 変異: T2A, Lys51 covalent modification with PLP / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Lys51 covalent modification with PLP 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: cysM, Rv1336, MTCY130.21 / プラスミド: pET28a 詳細 (発現宿主): N-terminal His6-tag, Thrombin site for tag-removal 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P9WP53, [CysO sulfur-carrier protein]-thiocarboxylate-dependent cysteine synthase #2: 化合物 | ChemComp-68V / #3: 化合物 | ChemComp-PLP / #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 % / 解説: rod / needle |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 0.2 M MgCl2, 25% (W/Vol) PEG6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91843 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月16日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91843 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.57→75.25 Å / Num. obs: 42814 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 4.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.57→2.66 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 92.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3DKI 解像度: 2.57→75.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 13.845 / SU ML: 0.292 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.785 / ESU R Free: 0.331 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.716 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.57→75.25 Å
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拘束条件 |
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