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Yorodumi- PDB-5i7f: Crystal structure of B. pseudomallei FabI in complex with NAD and... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5i7f | ||||||
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Title | Crystal structure of B. pseudomallei FabI in complex with NAD and PT405 | ||||||
Components | Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / enoyl-ACP reductase / diphenyl ethers / Burkholderia pseudomallei / slow binding inhibitors | ||||||
Function / homology | Function and homology information enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Burkholderia pseudomallei (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Eltschkner, S. / Tonge, P.J. / Kisker, C. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2017 Title: Rationalizing the Binding Kinetics for the Inhibition of the Burkholderia pseudomallei FabI1 Enoyl-ACP Reductase. Authors: Neckles, C. / Eltschkner, S. / Cummings, J.E. / Hirschbeck, M. / Daryaee, F. / Bommineni, G.R. / Zhang, Z. / Spagnuolo, L. / Yu, W. / Davoodi, S. / Slayden, R.A. / Kisker, C. / Tonge, P.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5i7f.cif.gz | 1.6 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5i7f.ent.gz | 1.4 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5i7f.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/5i7f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/5i7f | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5i7eC 5i7sC 5i7vC 5i8wC 5i8zC 5i9lC 5i9mC 5i9nC 5iflC 4bkuS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29325.391 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia pseudomallei (bacteria) Gene: fabI, fabI_2, ACT79_25590, AM256_11615, AM257_11635, AMS56_08605, DP46_2957, DP49_6839, ERS012314_03793, ERS012372_03823, SY87_14645, TR70_1075, VU09_13745 Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: A0A069B9A4, UniProt: A0A0H3HP34*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) #2: Chemical | ChemComp-NAD / #3: Chemical | ChemComp-68O / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.98 Å3/Da / Density % sol: 58.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M Bistris, pH 6.5 20 % PEG 400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.976 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 24, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→48.99 Å / Num. obs: 101650 / % possible obs: 94.8 % / Redundancy: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 6.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.73 Å / Redundancy: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.685 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 95.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4BKU Resolution: 2.7→47.171 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.82
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→47.171 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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