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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5i7a | ||||||
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タイトル | Mycobacterium tuberculosis CysM in complex with the Urea-scaffold inhibitor 1 [3-(3-(3,4-Dichlorophenyl)ureido)benzoic acid] | ||||||
![]() | O-phosphoserine sulfhydrylase![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() [CysO sulfur-carrier protein]-thiocarboxylate-dependent cysteine synthase / Cysteine synthesis from O-phosphoserine / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schnell, R. / Maric, S. / Schneider, G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Inhibitors of the Cysteine Synthase CysM with Antibacterial Potency against Dormant Mycobacterium tuberculosis. 著者: Brunner, K. / Maric, S. / Reshma, R.S. / Almqvist, H. / Seashore-Ludlow, B. / Gustavsson, A.L. / Poyraz, O. / Yogeeswari, P. / Lundback, T. / Vallin, M. / Sriram, D. / Schnell, R. / Schneider, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 245.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 196 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 34724.117 Da / 分子数: 4 / 変異: T2A, Lys51 covalent modification with PLP / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Lys51 covalent modification with PLP 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: cysM, MT1377 / プラスミド: pET28a 詳細 (発現宿主): N-terminal His6-tag, Thrombin cleavage site for removal 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P9WP52, UniProt: P9WP53*PLUS, [CysO sulfur-carrier protein]-thiocarboxylate-dependent cysteine synthase #2: 化合物 | ChemComp-68Q / #3: 化合物 | ChemComp-PLP / ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M BT pH 5.5, 25% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月21日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.08→47.7 Å / Num. obs: 80146 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 2.08→2.12 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 81 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 3DKI 解像度: 2.08→75.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.968 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.707 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.08→75.8 Å
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拘束条件 |
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