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万見
- PDB-5hzh: Crystal structure of photoinhibitable Rac1 containing C450A mutan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hzh
タイトルCrystal structure of photoinhibitable Rac1 containing C450A mutant LOV2 domain
要素Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1,NPH1-1,Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Photoswitch / Chimera
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / blue light photoreceptor activity / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / ruffle assembly / NTRK2 activates RAC1 ...regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / blue light photoreceptor activity / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / ruffle assembly / NTRK2 activates RAC1 / NADPH oxidase complex / engulfment of apoptotic cell / Inactivation of CDC42 and RAC1 / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / respiratory burst / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / cortical cytoskeleton organization / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / ruffle organization / thioesterase binding / negative regulation of fibroblast migration / cell projection assembly / regulation of stress fiber assembly / RHO GTPases activate CIT / Nef and signal transduction / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / regulation of nitric oxide biosynthetic process / PCP/CE pathway / RHO GTPases activate KTN1 / motor neuron axon guidance / positive regulation of neutrophil chemotaxis / Azathioprine ADME / Activation of RAC1 / regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of cell-substrate adhesion / MET activates RAP1 and RAC1 / DCC mediated attractive signaling / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling / lamellipodium assembly / regulation of cell size / DSCAM interactions / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / establishment or maintenance of cell polarity / small GTPase-mediated signal transduction / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / positive regulation of Rho protein signal transduction / NRAGE signals death through JNK / Rac protein signal transduction / RHO GTPases activate PAKs / positive regulation of focal adhesion assembly / semaphorin-plexin signaling pathway / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / ficolin-1-rich granule membrane / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / anatomical structure morphogenesis / RHO GTPases activate IQGAPs / localization / positive regulation of lamellipodium assembly / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of microtubule polymerization / regulation of cell migration / positive regulation of stress fiber assembly / GPVI-mediated activation cascade / RAC1 GTPase cycle / EPHB-mediated forward signaling / actin filament polymerization / positive regulation of endothelial cell migration / cell chemotaxis / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / 低分子量GTPアーゼ / secretory granule membrane / G protein activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / Signal transduction by L1 / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / RHO GTPases Activate Formins / 運動性 / actin filament organization / regulation of actin cytoskeleton organization / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / neuron migration / MAPK6/MAPK4 signaling / ゴルジ体 / Signaling by SCF-KIT / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / ruffle membrane / VEGFA-VEGFR2 Pathway / response to wounding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / recycling endosome membrane / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer
類似検索 - 分子機能
PAS-associated, C-terminal / PAS domain / PAC domain profile. / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Β-ラクタマーゼ / PAS domain ...PAS-associated, C-terminal / PAS domain / PAC domain profile. / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Β-ラクタマーゼ / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / PAS domain superfamily / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンモノヌクレオチド / グアノシン三リン酸 / non-specific serine/threonine protein kinase / Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Avena sativa (エンバク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Tarnawski, M. / Dagliyan, O. / Chu, P.H. / Shirvanyants, D. / Dokholyan, N.V. / Hahn, K.M. / Schlichting, I.
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Engineering extrinsic disorder to control protein activity in living cells.
著者: Dagliyan, O. / Tarnawski, M. / Chu, P.H. / Shirvanyants, D. / Schlichting, I. / Dokholyan, N.V. / Hahn, K.M.
履歴
登録2016年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1,NPH1-1,Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1506
ポリマ－37,0661
非ポリマー1,0845
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area16920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.050, 74.270, 58.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1,NPH1-1,Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 / Cell migration-inducing gene 5 protein / Ras-like protein TC25 / p21-Rac1


分子量: 37066.254 Da / 分子数: 1 / 変異: Q61L,Q61L,Q61L,Q61L,Q61L,Q61L,Q61L,Q61L,Q61L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Avena sativa (エンバク)
遺伝子: RAC1, TC25, MIG5, NPH1-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63000, UniProt: O49003

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非ポリマー , 5種, 32分子

#2: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M calcium acetate, 26% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97885 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97885 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 9516 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.685 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WKQ

2wkq


解像度: 2.6→37.135 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 28.14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2553 476 5.01 %
Rwork0.2037 --
obs0.2063 9506 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→37.135 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2529 0 66 27 2622
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022643
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.613594
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.029988
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.023407
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003452
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.97610.29731570.24292994X-RAY DIFFRACTION100
2.9761-3.7490.26841580.21342990X-RAY DIFFRACTION100
3.749-37.13880.23641610.18733046X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.50360.87231.25071.69890.38171.63190.20730.8068-0.9330.25450.2636-0.24020.23470.43370.69470.3350.0711-0.02670.3573-0.09210.41218.0649-15.540620.0128
20.56530.31610.40910.2310.18430.30850.05190.04420.12740.3105-0.3494-0.33380.16620.0393-00.561-0.03980.01820.61270.06410.492316.23452.639311.4368
30.51910.2063-0.16971.75970.35871.63350.0043-0.14840.02450.08230.0339-0.2121-0.06570.1102-00.2562-0.0168-0.00520.3590.02680.30442.569524.59982.4478
42.3034-0.0340.34351.641-0.14591.82850.0828-0.1688-0.08360.0936-0.03590.0681-0.00210.09050.01490.2316-0.01580.00960.1363-0.0090.203510.5887-10.417625.867
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 36 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 37 through 61 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 62 through 195 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 196 through 327 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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