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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5hyb | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of myristoylated Y81A mutant MMTV matrix protein | |||||||||||||||||||||
要素 | Matrix Protein基質タンパク質 | |||||||||||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Myristoylated protein (ミリストイル化) / MMTV mutant | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding via host ESCRT complex / viral nucleocapsid / structural constituent of virion / nucleotide binding / DNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス) | |||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.94 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Brynda, J. / Dostal, J. / Zabransky, A. / Dolezal, M. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | チェコ, 6件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of myristoylated Y81A mutant MMTV matrix protein 著者: Brynda, J. / Dostal, J. / Zabransky, A. / Dolezal, M. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5hyb.cif.gz | 49.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5hyb.ent.gz | 38.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5hyb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/5hyb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/5hyb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10396.958 Da / 分子数: 2 / 変異: Y81A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mouse mammary tumor virus (strain BR6) (マウス乳癌ウイルス) 遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P10258 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.23 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 25% (v/v) PEG 550 MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月29日 |
放射 | モノクロメーター: Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→50 Å / Num. obs: 13822 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 35.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→2.05 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.906 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / % possible all: 80.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.94→45.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 5.417 / SU ML: 0.149 / SU R Cruickshank DPI: 0.2255 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.202 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 89.9 Å2 / Biso mean: 27.27 Å2 / Biso min: 12.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.94→45.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.942→1.992 Å / Total num. of bins used: 20
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