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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5hxc | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structural mechanisms of extracellular ion exchange and induced binding-site occlusion in the sodium-calcium exchanger NCX_Mj soaked with 20 mM Na+ and zero Ca2+ | ||||||||||||||||||
要素 | sodium,calcium exchanger | ||||||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Na+/Ca2+ exchange / Calcium signalling (カルシウムシグナリング) / membrane transporter (膜輸送体) / induced conformational change | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 calcium, potassium:sodium antiporter activity / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / intracellular calcium ion homeostasis / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | ||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.101 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Liao, J. / Jiang, Y.X. / Faraldo-Gomez, J.D. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016 タイトル: Mechanism of extracellular ion exchange and binding-site occlusion in a sodium/calcium exchanger 著者: Liao, J. / Marinelli, F. / Lee, C. / Huang, Y. / Faraldo-Gomez, J.D. / Jiang, Y. #1: ジャーナル: Science / 年: 2012 タイトル: Structural insight into the ion-exchange mechanism of the sodium/calcium exchanger. 著者: Liao, J. / Li, H. / Zeng, W. / Sauer, D.B. / Belmares, R. / Jiang, Y. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5hxc.cif.gz | 84 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5hxc.ent.gz | 59.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5hxc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/5hxc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/5hxc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5hwxC 5hwyC 5hxeC 5hxhC 5hxrC 5hxsC 5hyaC 5jdfC 5jdgC 5jdhC 5jdlC 5jdmC 5jdnC 5jdqC 3v5uS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 32331.480 Da / 分子数: 1 / 変異: L2V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌) 株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 遺伝子: MJ0091 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57556 |
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-非ポリマー , 7種, 88分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MYC / #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.99 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月2日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 20791 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 32.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 1.375 / Net I/av σ(I): 20.574 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 147318 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3V5U 解像度: 2.101→37.718 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.53 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 117.4 Å2 / Biso mean: 36.4059 Å2 / Biso min: 16.28 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.101→37.718 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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