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万見
- PDB-5hvg: Crystal Structure of Thrombin-activatable Fibrinolysis Inhibitor ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hvg
タイトルCrystal Structure of Thrombin-activatable Fibrinolysis Inhibitor in Complex with an Inhibitory Nanobody (VHH-a204)
要素
  • Carboxypeptidase B2
  • VHH-a204
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / procarboxypeptidase U / thrombin-activatable fibrinolysis inhibitor / TAFI / procarboxypeptidase R / plasma procarboxypeptidase B / nanobody (ナノボディ) / antibody fragment / protein complex (タンパク質複合体) / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxypeptidase U / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / negative regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of plasminogen activation / metallocarboxypeptidase activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / negative regulation of fibrinolysis / fibrinolysis / Regulation of Complement cascade / liver regeneration ...carboxypeptidase U / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / negative regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of plasminogen activation / metallocarboxypeptidase activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / negative regulation of fibrinolysis / fibrinolysis / Regulation of Complement cascade / liver regeneration / cellular response to glucose stimulus / protein catabolic process / 凝固・線溶系 / response to xenobiotic stimulus / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase B2 / Metallocarboxypeptidase-like / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Peptidase family M14 domain profile. / Zn_pept / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zinc carboxypeptidase / Zn peptidases ...Carboxypeptidase B2 / Metallocarboxypeptidase-like / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Peptidase family M14 domain profile. / Zn_pept / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zinc carboxypeptidase / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Carboxypeptidase B2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Zhou, X. / Weeks, S.D. / Strelkov, S.V. / Declerck, P.J.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
FWO-VlaanderenG072915N ベルギー
引用ジャーナル: J.Thromb.Haemost. / 年: 2016
タイトル: Elucidation of the molecular mechanisms of two nanobodies that inhibit thrombin-activatable fibrinolysis inhibitor activation and activated thrombin-activatable fibrinolysis inhibitor activity.
著者: Zhou, X. / Weeks, S.D. / Ameloot, P. / Callewaert, N. / Strelkov, S.V. / Declerck, P.J.
履歴
登録2016年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月3日Group: Database references
改定 1.22016年8月31日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carboxypeptidase B2
B: VHH-a204
C: Carboxypeptidase B2
D: VHH-a204
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,69814
ポリマ－120,2294
非ポリマー2,46910
水0
1
A: Carboxypeptidase B2
B: VHH-a204
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8138
ポリマ－60,1152
非ポリマー1,6996
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area21710 Å2
手法PISA
2
C: Carboxypeptidase B2
D: VHH-a204
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8856
ポリマ－60,1152
非ポリマー7704
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area20940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.266, 193.266, 111.767
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Carboxypeptidase B2 / / Carboxypeptidase U / CPU / Plasma carboxypeptidase B / pCPB / Thrombin-activable fibrinolysis inhibitor / TAFI


分子量: 46080.176 Da / 分子数: 2 / 変異: S305C-T325I-T329I-H333Y-S335Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPB2 / プラスミド: pPIC9 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): M5 / 参照: UniProt: Q96IY4, carboxypeptidase U
#2: 抗体 VHH-a204


分子量: 14034.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / プラスミド: pHEN6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6

-
糖 , 3種, 6分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M bis-Tris, 16 % w/v PEG-10k

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月7日 / 詳細: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors
放射モノクロメーター: channel cut cryogenically cooled monochromator crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→48.38 Å / Num. obs: 45398 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 70.48 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.24 / Rpim(I) all: 0.142 / Rrim(I) all: 0.279 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 173375 / Scaling rejects: 280
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.05-3.163.82.1531713244550.2291.2732.5060.7100
11.81-48.383.60.03328948070.9860.0210.0419.898.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.10.2精密化
Aimless0.3.6データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P10

4p10


解像度: 3.05→48.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8949 / SU R Cruickshank DPI: 0.469 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.42 / SU Rfree Blow DPI: 0.268 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.28
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2124 2006 4.42 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.1805 45377 99.98 %-
原子変位パラメータBiso max: 199.66 Å2 / Biso mean: 85.02 Å2 / Biso min: 28.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.4997 Å20 Å20 Å2
2---11.4997 Å20 Å2
3---22.9994 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.415 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.05→48.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8330 0 155 0 8485
Biso mean--137.41 --
残基数----1042
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2971SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes201HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1267HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8717HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1150SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9771SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8717HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg11866HARMONIC21.11
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.88
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.15
LS精密化 シェル解像度: 3.05→3.13 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2945 148 4.46 %
Rwork0.2697 3174 -
all0.2708 3322 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.48910.4361-1.39072.473-1.54874.6037-0.2176-0.0897-0.28120.0654-0.1223-0.10070.18290.02240.33990.1250.04030.0138-0.2726-0.0217-0.30496.5875-2.3848-23.3684
22.49810.6042-0.70586.0059-0.54295.99450.04780.1180.2003-0.1373-0.15340.7416-0.1068-0.54040.10560.12190.02040.0217-0.1929-0.1012-0.197274.9851-16.37188.7734
31.06710.2485-0.21191.4856-0.05133.8891-0.09410.13240.0107-0.0333-0.08960.0780.1458-0.46380.1837-0.0437-0.07350.0645-0.1289-0.0757-0.170779.5566-48.6606-10.8668
43.9645-0.2636-2.82152.5031-0.93388.3155-0.1028-0.5738-0.40520.3910.14560.38560.0762-0.1224-0.04280.28130.10220.18360.018-0.0141-0.30473.1791-42.81929.0901
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - 401}A1 - 401
2X-RAY DIFFRACTION2{B|1 - 122}B1 - 122
3X-RAY DIFFRACTION3{C|2 - 401}C2 - 401
4X-RAY DIFFRACTION4{D|2 - 120}D2 - 120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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