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Yorodumi- PDB-5hva: Crystal structure of DR2231 in complex with dUMPNPP and magnesium. -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hva | ||||||
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Title | Crystal structure of DR2231 in complex with dUMPNPP and magnesium. | ||||||
Components | DR2231 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / alpha helix | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Deinococcus radiodurans (radioresistant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Mota, C.S. / Goncalves, A.M.D. / de Sanctis, D. | ||||||
Funding support | Portugal, 1items
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Citation | Journal: FEBS J. / Year: 2016 Title: Deinococcus radiodurans DR2231 is a two-metal-ion mechanism hydrolase with exclusive activity on dUTP. Authors: Mota, C.S. / Goncalves, A.M. / de Sanctis, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5hva.cif.gz | 232.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5hva.ent.gz | 187.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5hva.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/5hva ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/5hva | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5hwuC 5hx1C 5hylC 5hzzC 5i0jC 5i0mC 2yfcS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15233.110 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Deinococcus radiodurans (radioresistant) Gene: DR_2231 / Plasmid: pET151/D-TOPO / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: Q9RS96 #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.77 % / Mosaicity: 0.15 ° |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: evaporation / pH: 7.5 / Details: Lithium Acetate, PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-4 / Wavelength: 0.976 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 30, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→43.56 Å / Num. obs: 35444 / % possible obs: 97.2 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 26.82 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/av σ(I): 10.217 / Net I/σ(I): 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2YFC Resolution: 2.1→43.56 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.11 / Phase error: 24.5
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 104.63 Å2 / Biso mean: 35.1636 Å2 / Biso min: 7.23 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→43.56 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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